これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-sasa です。
プログラム：
NAME
gmx-sasa - 溶媒にアクセス可能な表面積を計算する
SYNOPSIS
gmx ササ [-f [<.xtc / .trr / ...>]] [-s [<.tpr / .gro / ...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [または [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[-テレビ [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-あなた ] [-xvg ] [-[no] rmpbc]
[-[no] pbc] [-sf ] [-セルポス ] [-調査 ]
[-ndots ] [-[いいえ]プロット] [-dgs ]
[-表面 ] [-出力 ]
DESCRIPTION
GMX ササ 溶媒が到達可能な表面積を計算します。 アイゼンハーバー F、ラインザード P、アルゴスを参照
P、サンダー C、およびシャーフ M (1995) J. Comput. 化学。 使用されるアルゴリズムについては、16, 273-284 を参照してください。 と
-q、コノリー曲面も同様に生成できます。 .pdb ノードが存在するファイル
はアトムとして表され、最も近いノードを接続するエッジは CONECT レコードとして表されます。 -odg
原子ごとの溶媒和エネルギーから溶媒和自由エネルギーを推定できます。
露出した表面積。
プログラムでは、表面計算の選択を指定する必要があります。
-表面。 これは常に系内のすべての非溶媒原子で構成されている必要があります。 のエリア
このグループは常に計算されます。 オプションで、 -出力 追加の選択を指定できます。
これは計算グループのサブセットである必要があります。 これらの溶媒にアクセス可能な領域
グループもサーフェス全体から抽出されます。
軌道上の領域の平均と標準偏差は、次のように計算できます。
残基と原子 (オプション) または -oa).
-テレビ オプションで、分子の総体積と密度を計算できます。 と
-pbc (デフォルト)、分子/表面グループが複数の領域に分割されていないことを確認する必要があります。
PBC。 そうしないと、意味のない結果が得られます。 どうかも考慮してください。
この場合、通常のプローブ半径が適切であるか、あるいは 0 などを使用するかどうかが適切です。
体積と密度の結果は非常に近似的なものであることに留意してください。
たとえば、氷の中では水分子が細孔に簡単に収まり、
体積が小さすぎる、表面積と密度が両方とも高すぎる。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.xtc / .trr / ...>] （traj.xtc） （オプション）
入力軌道または単一構成： xtc てら CPT gro g96 pdb tng
-s [<.tpr / .gro / ...>] （topol.tpr） （オプション）
入力構造： tpr gro g96 pdb 壊れた
-n [<.ndx>] （index.ndx） （オプション）
追加のインデックスグループ
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.xvg>] (エリア.xvg)
時間の関数としての総面積
-odg [<.xvg>] (dgsolv.xvg) （オプション）
時間の関数としての推定溶媒和自由エネルギー
または [<.xvg>] (resarea.xvg) （オプション）
残基あたりの平均面積
-oa [<.xvg>] (atomarea.xvg) （オプション）
原子あたりの平均面積
-テレビ [<.xvg>] (ボリューム.xvg) （オプション）
時間の関数としての総体積と密度
-q [<.pdb>] (コノリー.pdb) （オプション）
コノリー曲面の PDB ファイル
その他のオプション：
-b (0)
軌道から読み取る最初のフレーム（ps）
-e (0)
軌道から読み取る最後のフレーム（ps）
-DT (0)
t MOD dt ==初回（ps）の場合にのみフレームを使用します
-あなた （ps）
時間値の単位：fs、ps、ns、us、ms、s
-xvg （xmgrace）
プロットの書式設定：なし、xmgrace、xmgr
-[no] rmpbc （はい）
フレームごとに分子全体を作成する
-[no] pbc （はい）
距離計算に周期境界条件を使用する
-sf
ファイルからの選択を提供する
-セルポス （原子）
選択参照位置：atom、res_com、res_cog、mol_com、mol_cog、
全体_res_com、whole_res_cog、whole_mol_com、whole_mol_cog、part_res_com、
part_res_cog、part_mol_com、part_mol_cog、dyn_res_com、dyn_res_cog、dyn_mol_com、
dyn_mol_cog
-調査 (0.14)
溶媒プローブの半径 (nm)
-ndots (24)
球ごとのドットの数。ドットが多いほど精度が高くなります。
-[いいえ]プロット （はい）
タンパク質を Connolly に出力します .pdb ファイルも
-dgs (0)
面積あたりの溶媒和自由エネルギーのデフォルト値 (kJ/mol/nm^2)
-表面
曲面計算の選択
-出力
出力選択
onworks.net サービスを使用して gmx-sasa をオンラインで使用する
