gmx-sham - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

gmx-sham - ヒストグラムから自由エネルギーまたは他のヒストグラムを計算します

SYNOPSIS

gmx シャム [-f [<.xvg>]] [-与える [<.xvg>]] [-エネ [<.xvg>]] [-距離 [<.xvg>]]
[-ヒスト [<.xvg>]] [-置き場 [<.ndx>]] [-lp [<.xpm>]]
[-ls [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-lss [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.log>]] [-[今] [-xvg ]
[-[時間がない] [-b ] [-e ] [-ttol ]
[-n ] [-[いいえ]d] [-[いいえ]偽物] [-ツァム ]
[-pmin ] [-薄暗い ] [-ngrid ]
[-xmin ] [-xmax ] [-pmax ]
[-gmax ] [-エミン ] [-emax ]
[-nlevels ]

DESCRIPTION

GMX 偽物 多次元の自由エネルギー、エンタルピー、エントロピーのプロットを作成します。 GMX 偽物 読み込み
1つ以上 .xvg ファイルを作成し、データセットを分析します。 基本的な目的 GMX 偽物 プロットすることです
ギブズ フリー エネルギー ランドスケープ (オプション) -ls) 多次元を反転するボルツマンによる
ヒストグラム（オプション） -lp) ですが、エンタルピーを生成することもできます (オプション -lsh) とエントロピー (オプション
-lss) プロット。 ヒストグラムは、ユーザーが指定した任意の量に対して作成できます。 ラインイン
入力ファイルは時刻で始まる場合があります (オプションを参照) -時間）および任意の数の y-値は可能性があります
フォローする。 &(オプション)で区切って複数のセットを読み込むこともできます -n）、この中で
ケースはXNUMXつだけ y-value は各行から読み取られます。 # と @ で始まるすべての行は、
スキップしました。

オプション -与える アンサンブルがそうでない場合に、ファイルに自由エネルギーを供給するために使用できます。
ボルツマン アンサンブルですが、この自由エネルギーによってバイアスされる必要があります。 XNUMX つの自由エネルギー値は、
の各 (多次元) データ ポイントに必要です。 -f 入力。

オプション -エネ ファイルにエネルギーを供給するために使用できます。 これらのエネルギーは、
Kumar らによる単一ヒストグラム分析手法における重み付け関数。 いつ
温度は (ファイルの XNUMX 番目の列として) 提供され、実験的な重み付けが行われます。
という制度が適用されます。 さらに、値はエンタルピーとエントロピーのプロットを作成するために使用されます。

オプションを使用すると -薄暗い、距離に対して寸法を与えることができます。 距離が2または
3 次元、XNUMX つの粒子によってサンプリングされた円周または表面は、次のように増加します。
距離が伸びること。 何を見せたいかに応じて、修正を選択できます
このボリューム効果のヒストグラムと自由エネルギー。 確率は r で正規化されます
2 次元と 2 次元の場合はそれぞれ r^3 です。 値 -1 は、
XNUMX つのベクトル間の角度 (度単位): sin(角度) 正規化が適用されます。 Note
ベクトル間の角度については、内積または余弦が自然量であるということです。
同じ容量のビンが生成されるため、使用してください。

OPTIONS

入力ファイルを指定するオプション：

-f [<.xvg>] (グラフ.xvg)
xvgr / xmgrファイル

-与える [<.xvg>] (gibbs.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-エネ [<.xvg>] (esham.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

出力ファイルを指定するオプション：

-距離 [<.xvg>] (ener.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-ヒスト [<.xvg>] (編集.xvg) （オプション）
xvgr / xmgrファイル

-置き場 [<.ndx>] (bindex.ndx) （オプション）
インデックスファイル

-lp [<.xpm>] (確率xpm) （オプション）
XPixMap互換のマトリックスファイル

-ls [<.xpm>] (gibbs.xpm) （オプション）
XPixMap互換のマトリックスファイル

-lsh [<.xpm>] (エンタルピー.xpm) （オプション）
XPixMap互換のマトリックスファイル

-lss [<.xpm>] (エントロピー.xpm) （オプション）
XPixMap互換のマトリックスファイル

-ls3 [<.pdb>] (gibbs3.pdb) （オプション）
タンパク質データバンクファイル

-g [<.log>] (シャムログ.ログ) （オプション）
ログファイル

その他のオプション：

-[今 （いいえ）
出力を表示 .xvg, .xpm, .eps & .pdb ファイル

-xvg
xvgプロットのフォーマット：xmgrace、xmgr、なし

-[時間がない （はい）
入力の時間を予想します

-b （-1）
初めてセットから読み込む

-e （-1）
最後にセットから読み取った時間

-ttol (0)
適切な単位 (通常は ps) での時間の許容誤差

-n (1)
アンパサンドのみを含む行で区切られたこの数のセットを読み取ります

-[いいえ]d （いいえ）
導関数を使用する

-[いいえ]偽物 （はい）
エネルギーが与えられてもエネルギー重み付けをオフにする

-ツァム (298.15)
単一ヒストグラム分析の温度

-pmin (0)
最小確率。 これより低い値はゼロに設定されます

-薄暗い (1 1 1)
距離の寸法、体積補正に使用 (最大 3 つの値、寸法 > 3)
最後と同じ値が得られます)

-ngrid （32 32 32）
エネルギー ランドスケープのビンの数 (最大 3 つの値、ディメンション > 3 の場合は
前回と同じ値）

-xmin (0 0 0)
エネルギーランドスケープの軸の最小値 (3 次元以上については上記を参照)

-xmax (1 1 1)
エネルギーランドスケープの軸の最大値（3 次元以上については上記を参照）

-pmax (0)
出力の最大確率、デフォルトは計算です

-gmax (0)
出力の最大自由エネルギー、デフォルトは計算です

-エミン (0)
出力の最小エンタルピー、デフォルトは計算です

-emax (0)
出力の最大エンタルピー、デフォルトは計算です

-nlevels (25)
エネルギーランドスケープのレベル数

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