これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 2 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gmx-xXNUMXtop です。
プログラム：
NAME
gmx-x2top - 座標からプリミティブ トポロジを生成する
SYNOPSIS
gmx x2top [-f [<.gro / .g96 / ...>]] [-o [<.top>]] [-r [<.rtp>]]
[-ff ] [-[no] v] [-nexcl ] [-[いいえ]H14]
[-[いいえ]オールディ] [-[いいえ]レムディ] [-[いいえ]ペア] [-名前 ]
[-[no] pbc] [-[いいえ]pdbq] [-[いいえ]パラメータ] [-[いいえ]ラウンド]
[-キロバイト ] [-kt ] [-kp ]
DESCRIPTION
GMX x2トップ 座標ファイルからプリミティブ トポロジを生成します。 プログラムはすべてを想定しています
原子名と原子数からハイブリダイゼーションを定義する場合、水素が存在します。
絆。 プログラムでは、 .rtp エントリを .rtp
データベース。
日時 -パラメータ が設定されると、平衡距離と角度、および力定数が印刷されます。
すべてのインタラクションのトポロジーに含まれます。 平衡距離と角度は次から取得されます。
入力座標、力定数はコマンド ライン オプションで設定されます。 力
現在ある程度サポートされているフィールドは次のとおりです。
G53a5 GROMOS96 53a5 フォースフィールド（正規配布）
oplsaa OPLS-AA/L 全原子力場 (2001 アミノ酸二面体)
対応するデータ ファイルは、次の名前のライブラリ ディレクトリにあります。
アトム名2タイプ.n2t。 ファイル形式の詳細については、マニュアルの第 5 章を確認してください。
デフォルトでは、力フィールドの選択は対話型ですが、 -ff オプション
代わりに、コマンドラインで上記の短縮名のいずれかを指定してください。 その場合 GMX x2トップ
対応するファイルを探すだけです。
OPTIONS
入力ファイルを指定するオプション：
-f [<.gro / .g96 / ...>] （conf.gro）
構造ファイル： gro g96 pdb 壊れた ent esp tpr
出力ファイルを指定するオプション：
-o [<.top>] (アウト.トップ) （オプション）
トポロジファイル
-r [<.rtp>] (out.rtp) （オプション）
pdb2gmx で使用される残基タイプ ファイル
その他のオプション：
-ff (オプルサ)
シミュレーション用の力場。 対話的に選択するには「select」と入力します。
-[no] v （いいえ）
最上位ファイルに詳細な出力を生成します。
-nexcl (3)
除外の数
-[いいえ]H14 （はい）
水素原子に 3 次隣接相互作用を使用する
-[いいえ]オールディ （いいえ）
すべての適切な上反角を生成する
-[いいえ]レムディ （いいえ）
不適切な結合と同じ結合上の二面角を削除します
-[いいえ]ペア （はい）
1 ～ 4 の相互作用 (ペア) をトポロジ ファイルに出力します
-名前 （氷）
分子の名前
-[no] pbc （はい）
周期的な境界条件を使用します。
-[いいえ]pdbq （いいえ）
で提供される B ファクターを使用します。 .pdb 原子電荷のファイル
-[いいえ]パラメータ （はい）
出力にパラメータを出力する
-[いいえ]ラウンド （はい）
測定値を四捨五入する
-キロバイト (400000)
結合力定数 (kJ/mol/nm^2)
-kt (400)
角度力定数 (kJ/mol/rad^2)
-kp (5)
二面角力定数 (kJ/mol/rad^2)
KNOWN 問題
· 原子タイプの選択は原始的です。 実質的に化学知識は使用されません
· 周期的な境界条件が結合を台無しにする
・不適切な上反角が生成されない
· アトムからアトムタイプへの変換テーブルが不完全です (アトム名2タイプ.n2t 内のファイル
データディレクトリ）。 延長して結果を GROMACS スタッフに返送してください。
onworks.net サービスを使用して gmx-x2top をオンラインで使用する
