これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド gt-chseqids です。
プログラム：
NAME
gt-chseqids - マッピング ファイルで指定されたマッピングによってシーケンス ID を変更します。
SYNOPSIS
gt chseqids [オプション ...] mapping_file [GFF3_file]
DESCRIPTION
-選別 [はい|いいえ]
シーケンス ID を変更した後、GFF3 機能を並べ替えます (メモリ消費量は
入力ファイルのサイズに比例します) (デフォルト: no)
-v [はい|いいえ]
冗長にする（デフォルト：いいえ）
-o [ファイル名]
指定されたファイルに出力をリダイレクトします（デフォルト：未定義）
-gzip [はい|いいえ]
gzip圧縮出力ファイルの書き込み（デフォルト：no）
-bzip2 [はい|いいえ]
bzip2圧縮出力ファイルの書き込み（デフォルト：no）
-力 [はい|いいえ]
出力ファイルへの書き込みを強制します（デフォルト：no）
-助けて
ヘルプを表示して終了します
-バージョン
バージョン情報を表示して終了します
mapping_file のファイル形式:
提供されたマッピング ファイルは、「chseqids」という名前のマッピング テーブルを定義します。 それは
GFF3_file で指定されたシーケンス領域エントリを他の名前に変更します。 次のように定義できます。
以下：
chseqid = {
chr1 = "seq1",
chr2 = "seq2"
}
この例を使用すると、すべてのシーケンス ID「chr1」が「seq1」に変更され、すべてが「seqXNUMX」に変更されます。
シーケンス ID「chr2」から「seq2」。
報告 バグ
バグを報告する[メール保護]>.
onworks.net サービスを使用してオンラインで gt-chseqids を使用する
