hhmake-クラウドでのオンライン

プログラム：

NAME

hhmake-入力アライメントからHMMを構築するか、HMMER形式とHHsearchの間で変換します
形式でアーカイブしたプロジェクトを保存します．

SYNOPSIS

うーんメイク -i file [オプション]

DESCRIPTION

HHmakeバージョン2.0.16（2013年2月）A3M、AXNUMXM、またはの入力アライメントからHMMを構築します
FASTA形式、またはHMMER形式（.hmm）とHHsearch形式（.hhm）の間で変換します。 Remmert
M、Biegert A、Hauser A、およびSoding J. HHblits：超高速の反復タンパク質配列
HMM-HMMアラインメントによる検索。 ナットメソッド9：173-175（2011）。 （C）Johannes Soeding、
Michael Remmert、Andreas Biegert、Andreas Hauser

-i
クエリアラインメント（A2M、A3M、またはFASTA）、またはクエリHMM

出力 オプション：
-o
書き込まれるHMMファイル（デフォルト= ）。

-a
追加するHMMファイル

-v
詳細モード：0：画面出力なし1：警告のみ2：詳細

-seq
最大表示されるクエリ/テンプレートシーケンスの数（def = 10）オーバーフローに注意してください！ 全て
これらのシーケンスはメモリに保存されます。

-短所 クエリMSAのコンセンサスシーケンスマスターシーケンスを作成します

-名前
HMMにはこの名前を使用します（デフォルト：最初のシーケンスの名前を使用します）

フィルタクエリのマルチプルアラインメント

id [0,100]最大ペアワイズ配列同一性（％）（def = 90）

-差分 [0、inf [
最も多様なシーケンスのセットを選択してMSAをフィルタリングし、少なくともこれだけの数を維持します
長さ50の各MSAブロックのシーケンス（def = 100）

-cov [0,100]クエリによる最小カバレッジ（％）（def = 0）

-qid [0,100]クエリを使用した最小シーケンスID（％）（def = 0）

-qsc [0,100]クエリを使用した列あたりの最小スコア（def = -20.0）

-ネフ [1、inf]
アラインメントのターゲットダイバーシティ（デフォルト=オフ）

入力 アラインメント フォーマット：
-M a2m use A2M / A3M（デフォルト）：大文字=一致; 小文字=挿入; '-' =削除; '。' =
インサートに合わせたギャップ（省略可能）

-M 最初の
FASTAを使用：最初のシーケンスに残基がある列は一致状態です

-M 【0,100]
FASTAを使用：ギャップがX％未満の列は一致状態です

疑似カウント （pc） オプション：
-pcm 0-2pc混合物の位置依存性'tau'（pcモード、デフォルト= 0）

0：疑似カウントなし：
タウ=0

1：一定
タウ=a

2：多様性に依存：tau = a /（1 +（（Neff [i] -1）/ b）^ c）（Neff [i]：数
列i）周辺のローカルMSAの有効シーケンス3：一定の多様性疑似カウント

-pca [0,1]全体的な疑似カウント混合（def = 1.0）

-PCB [1、inf [のNeffしきい値 -pcm 2（def = 1.5）

-pcc [0,3]絶滅指数c -pcm 2（def = 1.0）

-pre_pca 【0,1]
PREFILTER疑似カウント混合物（def = 0.8）

-pre_pcb [1、inf [NeffのPREFILTERしきい値（def = 1.8）

コンテキスト固有 疑似カウント：
-nocontxt
コンテキスト固有の疑似カウントの代わりにsubstitution-matrixを使用する

-context コンテキスト固有の疑似カウントを計算するためのコンテキストファイル
（デフォルト= ./ data / context_data.lib）

-cslib
高速データベースプレフィルタリング用の列状態ファイル（デフォルト= ./ data / cs219.lib）

例：hhmake -i テスト.a3m

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