これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 2 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド hmmXNUMXfetch です。
プログラム：
NAME
hmm2fetch - HMM データベースから HMM を取得します
SYNOPSIS
うーん2fetch [オプション] データベース 名
DESCRIPTION
うーん2fetch という HMM を取得する小さなユーティリティです。 名 HMMER モデル データベースから
呼ばれます データベース。 新しいフォーマットでそのモデルを標準出力に出力します。 例えば、
うーん2fetch プファム rrm 場合、Pfam から RRM (RNA 認識モチーフ) モデルを取得します。
環境変数 HMMERDB は、Pfam データベースの場所に設定されます。 回収したもの
HMM ファイルは HMMER 2 ASCII 形式で記述されます。
データベースには、関連付けられた GSI インデックス ファイルが必要です。 HMM データベースにインデックスを付けるには、
プログラム うーん2インデックス。
OPTIONS
-h 簡単なヘルプを印刷します。 バージョン番号とすべてのオプションの概要が含まれます。
エキスパートのオプション。
-n 解釈する 名 名前の代わりに HMM 番号として。 番号付けは 0 から始まります。
たとえば、次のように呼ばれる HMM データベースから最初の HMM をフェッチするには、 ふー、 あなたがするだろう
うーん2fetch -n 0 foo。
onworks.net サービスを使用してオンラインで hmm2fetch を使用する
