これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドipcressです。
プログラム：
NAME
ipcress-インシリコPCR実験シミュレーションシステム
SYNOPSIS
アイクレス [ オプション ] <プライマー ファイル> <シーケンス パス>
DESCRIPTION
アイクレス は In-シリコ PCR法 E実験 Sエミュレーション Sシステム。
これは、PCR実験のシミュレーション用のツールです。 プライマーを含むファイルを提供します
シーケンスのセットであり、PCR産物を予測します。
IpcressはNCBIのe-PCRプログラムに似ていますが、はるかに高速であり、
プライマーの近くにあいまいな記号がある場合、一致を識別する際に問題が発生します
終了します。
多くのプライマーペアを一緒に提供する場合、ipcressは次のPCR実験をシミュレートします。
並行して、多数の実験のゲノムワイドシミュレーションを可能にします。 それは多くを使用します
からのライブラリ 謝罪する シーケンス比較ツール。
入力 FORMAT
ipcressの入力は、XNUMXつの実験を説明する単純な空白で区切られたファイルです。
ライン。 各行には、次の5つのフィールドが含まれています。
id この実験の識別子
prime_A 最初のプライマーの配列
prime_B XNUMX番目のプライマーのシーケンス
min_product_len レポートする最小製品長
max_product_len レポートする製品の最大長
この形式の行の例を次に示します。
ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100
出力 FORMAT
出力フォーマットは、ラインごとにXNUMXつのPCR産物を記述します。
接頭辞は「ipcress：」で、その後に次の11個のフィールドが続きます。
シーケンス ID シーケンス識別子
Experiment_id PCR実験ID
製品の長さ PCR産物の長さ
prime_5 5 'プライマー（AまたはBのいずれか）
pos_5 5 'プライマーの位置
不一致_5 5 'プライマーのミスマッチの数
prime_3 |
pos_3 | 3 'プライマーの同じフィールド
不一致_3 |
説明 PCR産物の説明
説明フィールドは、次の4つの文字列のいずれかです。
フォワード 通常の製品、プライマーAの後にB
回転圧縮 通常の製品、プライマーBの後にA
シングルA prime_Aのみによって生成された不良製品
シングル_B prime_Bのみによって生成された不良製品
人間が読める形式の出力も表示されますが、解析用には設計されていません（以下を参照）。
-かなり下）。
全般的な OPTIONS
ほとんどの引数には短い形式と長い形式があります。 長い形式
時間の経過とともに安定する可能性が高いため、スクリプトで使用する必要があります。
ipcressを呼び出します。
-h | --ショートヘルプ
ヘルプを表示します。 これにより、使用可能なオプション、デフォルトの簡潔な要約が表示されます
および現在設定されている値。
- 助けて
これにより、デフォルト、現在設定されている値、
各パラメータの設定に使用できる環境変数。 そこになります
どのオプションが必須であるかを示します。 必須オプションにはありません
デフォルトであり、ipcressを実行するには値を指定する必要があります。 必須オプションの場合
順番に使用される場合、それらのフラグはコマンドラインからスキップできます（例を参照）
未満）。 このマニュアルページとは異なり、このオプションの情報は常に表示されます
プログラムの最新バージョンで日付を記入します。
-v | - バージョン
バージョン番号を表示します。 ビルド日などの他の情報も表示します
使用されるglibバージョン。
FILE 入力 OPTIONS
-i | - 入力
上記のipcressファイル形式のPCR実験データ。
-s | - 順序
シーケンスを指定します。 ここで複数のファイルを指定できるため、FSMが削減されます
オーバーヘッドを構築し、プロセスを実行するよりもipcressを高速に実行します
別々に。
ＩＰＣＲＥＳＳ パラメーター
-m | - ミスマッチ
プライマーごとに許可されるミスマッチの数を指定します。 不一致を許可すると、
大規模なプライマー近隣としてのプログラムの速度を構築する必要があり、
シーケンスの各スキャンの前に、より少ない実験をメモリに組み込むことができます
データベース。
-M | - メモリー
プログラムが使用するメモリの量を指定します。 より多くのメモリが作られました
利用可能なipcressは、より多くのPCR実験を実行できるため、実行速度が速くなります。
配列データベースの各スキャンで。 これには、中に使用されたメモリは含まれません
スキャン（部分的な結果とシーケンスを保存するため）、したがって実際の量
使用されるメモリはわずかに高くなります。
-p | - かわいい
結果は、解析用に設計されたものではなく、人間が読める形式で表示されます。
-P | - 製品
PCR産物をFASTA形式の配列として表示します。
-S | - シード
FSMのワードネイバーフッドのシード長を指定します。 ゼロに設定すると、
フルプライマーが使用されます。 短い単語は近所のサイズを縮小しますが、
ipcressが誤検知の一致をフィルタリングするのにかかる時間を増やします。
ENVIRONMENT
まだ文書化されていません。
例
アイクレス test.ippress シーケンス.fasta
これは、ipcressを使用できる最も簡単な方法です。
アイクレス dbsts_human.ipcress - 順序 ncbi30/*。fasta - ミスマッチ 1
入力ファイルを一連のfastaファイルと比較し、それぞれにXNUMXつの不一致を許可します
プライマー。
VERSION
このドキュメントは、exonerateパッケージのバージョン2.2.0に付属しています。
onworks.netサービスを使用してオンラインでipcressを使用する
