これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド LAshow です。
プログラム：
NAME
LAshow - .las ファイルからローカル アライメントを表示します
SYNOPSIS
LAショー [-カロUF] [-iint型(4)] [-wint型(100)][-bint型(10)] src1:db|ダム [src2:db|ダム] 整列:ラス
[読み取り:ファイル | 読み取り:範囲 ...]
DESCRIPTION
LAショー 指定された .las に含まれるローカル アライメントの印刷リストを生成します。
ファイル、a-read と b-read の由来 src1 またはから src1 & src2、 それぞれ。 もし
ファイルまたは読み取り範囲のリストが指定されている場合、a-read が含まれるオーバーラップのみが指定されます。
ファイルまたはリストで指定されたセットが表示されます。 見る DBショー(1) の説明については、
ファイルと読み取り範囲のリストがどのように解釈されるか。
OPTIONS
-F 表示内の a- 読み取りと b- 読み取りの役割を逆転します。
-U DNA 配列にはデフォルトの小文字の代わりに大文字を使用します
-iインデント
要求に応じて、漫画や配置表示のインデントを設定します。
（デフォルト：4）
-bシンボル数
線形内の整列されたセグメントの両側のシンボルの数を設定します。
画面。 (デフォルト: 10)
-ww このパラメータは、によって指定された表示モードに使用されます。 -a & -r。 （デフォルト：
100）
-o 適切なオーバーラップ、つまりシーケンスの終了位置のみを表示します。
アライメントの両端で発生します
DISPLAY モード
-c アライメントの漫画レンダリング
-a、 -r ローカル線形の線形を表示します
-a オプションは正確に配置します w ディスプレイのセグメントあたりの列数は、 -r オプション
正確に置く w a-ディスプレイの各セグメントのシンボルを読み取ります。 の -r 表示モードは
同じ a-read を含む XNUMX つのアライメントを視覚的に比較したい場合に便利です。 もし
の組み合わせ -c, -a, -r フラグが設定されている場合、漫画が最初に表示され、次に -a
アライメント、そして最後に -r アライメント。
onworks.net サービスを使用してオンラインで LAshow を使用する
