これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの 2 つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド macsXNUMX_bdgopt です。
プログラム：
NAME
macs2_bdgopt - ChIP シーケンスのためのモデルベースの解析
DESCRIPTION
使用法: Macs2 bdgopt [-h] -i IFILE [-m {乗算、加算、p2q}]
[-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]] [--outdir OUTDIR] -o
ファイル
任意 引数：
-h, - 助けて
このヘルプメッセージを表示して終了します
-i IFILE、 --ifile IFILE
bedGraph の MACS スコア。 注: これは、全体をカバーする bedGraph ファイルである必要があります。
ゲノム。 必要
-m {乗算、加算、p2q}、 - 方法 {乗算、加算、p2q}
bedGraphファイルのスコア列を変更するメソッド。 利用可能な選択肢は次のとおりです。
乗算、加算、または p2q。 1) 乗算の場合、EXTRAPARAM は必須であり、
スコア列に乗算されます。 スコア列を X で割る場合は、次を使用します。
EXTRAPARAM として 1/X の値。 2) 追加します。EXTRAPARAM は必須であり、に追加されます。
スコア欄。 スコア列を X だけ減算する場合は、次の値を使用します。 -X
EXTRAPARAMとして。 3) p2q、これは、次を使用して p 値スコアを q 値スコアに変換します。
ベンジャミニ・ホッホベルグ法。 EXTRAPARAM は必要ありません。 この方法は次のことを前提としています
スコアは -log10 MACS2 からの p 値。 他のタイプのスコアでは、
予期しないエラー。
-p [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]], --extra-param [EXTRAPARAM [EXTRAPARAM ...]]
METHOD の追加パラメータ。 の詳細を確認してください -m オプションを選択します。
--outdir 外向き
指定すると、すべての出力ファイルがそのディレクトリに書き込まれます。 デフォルト：
現在の作業ディレクトリ
-o OFILE、 --ofile ファイル
出力 BEDGraph ファイル名。
onworks.net サービスを使用してオンラインで macs2_bdgopt を使用する
