これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド maqview です。
プログラム：
NAME
Maqview - Maq アライメント インデクサおよびビューア
SYNOPSIS
マクインデックス -i|-v|-b [-c インチcns] in.map [CHR[:start[-end]] [...]]
マクビュー [-c インチcns] in.map
DESCRIPTION
マクビュー アライメント ファイルへの高速ランダム アクセスを実現するプログラムのセットです。
` によって生成されるマック 地図」を作成し、優れた GUI (グラフィカル ユーザー) で位置合わせを表示します。
インターフェース）。 速度、メモリ、ディスクの使用効率が非常に優れています。 マクビュー 〜に基づいています
OpenGL は、Mac OS X と Linux の両方で動作することが知られています。 Windowsへの移植は原則として
簡単です。
マクインデックス
マクインデックス -i|-v|-b [-c インチcns] in.map [CHR[:start[-end]] [...]]
-i アライメントファイルのインデックスを作成する
-v 指定された領域の位置合わせを「maq mapview」形式で出力します。
-b 指定された領域のアライメントをバイナリ .map 形式でダンプします。
-c FILE Maqview で同時に表示できるように Maq コンセンサス ファイルにインデックスを付けます
演奏曲目 マクインデックス maq アライメント ファイルのインデックスを作成します in.map または、すべての読み取りをすばやく取得します
XNUMX つまたは複数のリージョン。 の一つ -i, -v & -b を使用する必要があります。 のために -v or -b、 少なくとも一つの
`chrX'、`chrX:1000'、または `chrX:1,000-2,000' のような領域を指定する必要があります。 複数の地域
許可されています。
マクビュー
マクビュー [-c インチcns] in.map
-c FILE Maq コンセンサス ファイル
演奏曲目 マクビュー グラフィカルウィンドウに読み取りアライメントを表示します。 いつ インチcns is
指定された場合、先頭の配列が参照であり、その後に Maq コンセンサス配列が続きます。
それ以外の場合は、多数決による合意が計算されます。
Maqview には、シーケンス ビューとボックス ビューの XNUMX つのビューがあります。 シーケンスビューでシーケンスを読み取ります
画面に印刷されます。 濃い塩基は塩基の品質が低いことを示し、赤い塩基は塩基の品質を示します。
基準と比較した違いを示す場合 インチcns が指定されるか、
そうでない場合は多数決による合意。 ボックスビューでは、さまざまな種類のヌクレオチドが表示されます。
A は緑、C はシアン、G はオレンジ、T は赤、ダークはカラー ボックスとして表されます。
N の場合はグレー。色の彩度は、ベースの品質と線の太さを示します。
of read は、リードアライメントのマッピング品質を示します。 ズームイン/ズームアウトのみがサポートされています
ボックスビューで。 どちらのビューでも、ウィンドウの下部にあるステータス バーにいくつかのメッセージが表示されます。
キータッチに関する情報を取得し、マウスで指定された名前と基本品質を読み取ります。
配置の移動は、さまざまなキー バインディングによって実行されます。
· キーバインド:
? ヘルプを表示する
出口
シーケンスビュー
ボックスビュー
p 前のリファレンスシーケンスに切り替える
n 次の参照シーケンスに切り替えます
rリフレッシュ
で指定した位置に移動します
h / XNUMXベース左に移動
l / XNUMX つずつ右に移動します
k / XNUMX 行上に移動
j / XNUMX 行下に移動
> 次の読み取りに移動
< 前の読み取りに移動
グラム/ 現在の参照の先頭に移動します
G/ 現在の参照の末尾に移動します
あなた/ XNUMX ページ左に移動
/ XNUMX ページ分右に移動
100塩基ずつ移動
1000塩基ずつ移動
+ 新しいビューを追加
- 現在のビューを削除します
右自動スクロールのオン/オフを切り替えます
^b 左自動スクロールのオン/オフを切り替えます
+ ズームイン
- ズームアウトする
0 デフォルトのスケールにズームします
q マッピング品質の表示/非表示を切り替えます
e SE/PEマッピング品質の表示を切り替えます
o 新しいアライメントファイルを開きます
· 整数を入力して、 を押します。 必要な位置にジャンプします。
・整数を入力して、 以外のキーを押してください。 スクロールを高速化するには、
指定された係数。
· 四角形内の黄色の十字を左クリックしてドラッグし、シーケンスに沿って移動します。 右
参照をクリックして列を強調表示します。
onworks.net サービスを使用してオンラインで maqview を使用する
