mia-2dmyoica-nonrigid2 - クラウドでオンライン

プログラム：

NAME

mia-2dmyoica-nonrigid2 - 一連の 2D 画像のレジストレーションを実行します。

SYNOPSIS

mia-2dmyoica-nonrigid2 -i -o [オプション]

DESCRIPTION

mia-2dmyoica-nonrigid2 このプログラムは、灌流画像の非固定レジストレーションを実行します
各パスでは、最初に ICA 分析が実行され、周期的
動きと同様の強度で参照画像を作成します。
元の画像。 次に、「ssd + divcurl」コストを使用して非固定登録が実行されます
モデル。 B-スプラインの c-rate と divcurl のコストの重みは、パスごとに次のように変更されます。
与えられたパラメータに。最初のパスでは、LV 心筋の周囲のバウンディング ボックスが
計算を高速化するために抽出された この実装の特記事項: 登録は
内挿エラーの蓄積を避けるために、常に元の画像から実行します。

OPTIONS

ファイル-IO
-i --in-file=(入力、必須); 弦
入力灌流データセット

-o --out-file=(出力、必須); 弦
出力灌流データセット

-r --登録=登録
登録済みファイルのファイル名ベース

--save-croped=
切り取ったセットをこのファイルに保存します

--保存機能=
セグメンテーション特徴画像と初期 ICA 混合行列を保存

ICA
-C --コンポーネント=0
ICA コンポーネント 0 = 自動推定ICA コンポーネント 0 = 自動
推定

- ノーマライズ
IC を正規化しない

--ノー・ミーンストリップ
混合曲線から平均値を取り除かないでください

-s --segscale=0
LV (0=セグメンテーションなし) セグメントの周囲でクロップ ボックスをセグメント化し、スケーリングします。
LV を中心にクロップ ボックスをスケーリングします (0 = セグメンテーションなし)。

-k --スキップ=0
シリーズの最初の画像をスキップする
モダリティシリーズの最初の画像はスキップします。
他のモダリティです

-m --max-ica-iter=400
ICA の最大反復数ICA の最大反復数

-E --segmethod=機能
セグメンテーション方法
デルタピーク ‐ ピーク強調画像の違い
機能を使用 ‐ 特集画像
デルタ機能 ‐ 特徴画像の違い

参加申し込み
-O -​​-optimizer=gsl:opt=gd,step=0.1
最小化に使用されるオプティマイザー最小化に使用されるオプティマイザー
サポートされているプラ​​グインについては、PLUGINS:minimizer/singlecost を参照してください。

-a --start-c-rate=32
スパインの coefficinet レートを開始し、--c-rate-divider で割られます。
スパインのすべての passstart coefficinet レートは、 --c-rate-divider で除算されます
すべてのパスで

--c-rate-divider=4
各パスの係数レート分割器各パスの係数レート分割器

-d --start-divcurl=20
divcurl の重みを開始し、passstart ごとに --divcurl-divider で分割されます
divcurl の重みは、すべてのパスで --divcurl-divider によって除算されます

--divcurl-ディバイダー=4
それぞれの新しい passdivcurl ウェイト スケーリングによる divcurl ウェイト スケーリング
新しいパス

-w --imageweight=1
画像のコストの重み画像のコストの重み

-p --interpolator=bspline:d=3
画像補間カーネル画像補間カーネル サポートされているプラ​​グインの場合
PLUGINS:1d/splinekernel を参照してください。

-l --mg-レベル=3
マルチ解像度レベルマルチ解像度レベル

-P --パス=3
登録パス登録パス

カスタマーサービス & インフォ
-V --verbose=警告
出力の冗長性、指定されたレベルおよびより高い優先順位のメッセージを出力します。
最も低いレベルから始まるサポートされる優先度は次のとおりです。
info ‐ 低レベルのメッセージ
トレース ‐ 関数呼び出しトレース
失敗する ‐ テストの失敗を報告する
警告 ‐ 警告
エラー ‐ エラーを報告する
debug ‐ デバッグ出力
メッセージ ‐ 通常のメッセージ
致命的な ‐ 致命的なエラーのみを報告する

-著作権
著作権情報を印刷する

-h --ヘルプ
このヘルプを印刷する

-? - 使用法
短いヘルプを印刷する

- バージョン
バージョン番号を出力して終了します

処理
--スレッド=-1
処理に使用するスレッドの最大数。この数は小さくする必要があります。
またはマシン内の論理プロセッサ コアの数と同じです。 (-1:
自動推定)。処理に使用するスレッドの最大数。これは
数は、論理プロセッサ コアの数以下である必要があります。
この機械。 (-1: 自動推定)。

プラグイン: 1d/スプラインカーネル

bスプライン B スプライン カーネルの作成、サポートされているパラメータは次のとおりです。

d = 3; [0, 5] の整数
スプライン次数。

オモン OMoms-spline カーネルの作成、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

d = 3; [3, 3] の整数
スプライン次数。

プラグイン: ミニマイザー/単一コスト

グダス 自動ステップ サイズ補正を使用した勾配降下。サポートされているパラメーターは次のとおりです。

フトル = 0; double で [0, inf)
基準の相対変化が以下の場合は停止します。

最大ステップ = 2; (0, inf) を二重化します
最大絶対ステップ サイズ。

マキシター = 200; [1, inf) の単位
停止基準: 反復の最大数。

最小ステップ = 0.1; (0, inf) を二重化します
最小絶対ステップ サイズ。

エクストラ = 0.01; double で [0, inf)
x に適用された変更の inf-norm がこの値を下回る場合は停止します。

gdsq 二次ステップ推定による勾配降下法、サポートされているパラメーターは次のとおりです。

フトル = 0; double で [0, inf)
基準の相対変化が以下の場合は停止します。

グトラ = 0; double で [0, inf)
勾配の無限ノルムがこの値を下回る場合は停止します。

マキシター = 100; [1, inf) の単位
停止基準: 反復の最大数。

階段 = 2; (1, inf) を二重化します
フォールバック固定ステップ サイズ スケーリング。

手順 = 0.1; (0, inf) を二重化します
初期ステップ サイズ。

エクストラ = 0; double で [0, inf)
x-update の inf-norm がこの値を下回る場合は停止します。

GSL GNU Scientific Library の multimin オプティマイザーに基づくオプティマイザー プラグイン
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/、サポートされているパラメータは次のとおりです。

EPS = 0.01; (0, inf) を二重化します
勾配ベースのオプティマイザ: |grad| の場合に停止します。 < eps、シンプレックス: 次の場合に停止します
片面サイズ < eps..

それより = 100; [1, inf) の単位
最大反復回数。

オプト = gd; 口述
使用する特定のオプティマイザー。サポートされている値は次のとおりです。
BFGS ‐ ブロイデン・フレッチャー・ゴールドファーブ・シャン
bfgs2 ‐ ブロイデン-フレッチャー-ゴールドファーブ-シャン (最も効率的なバージョン)
cg-fr ‐ Flecher-Reeves 共役勾配アルゴリズム
gd ‐ 勾配降下法。
単体 ‐ Nelder と Mead のシンプレックスアルゴリズム
cg-pr ‐ Polak-Ribiere 共役勾配アルゴリズム

手順 = 0.001; (0, inf) を二重化します
初期ステップサイズ。

通行料 = 0.1; (0, inf) を二重化します
何らかの許容誤差パラメータ。

ない NLOPT ライブラリを使用したミニマイザー アルゴリズムについては、
オプティマイザーについては「」を参照してください。http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms '、サポートされているパラメータは次のとおりです。

フトラ = 0; double で [0, inf)
停止基準: 目標値の絶対変化が以下である
この値。

フトル = 0; double で [0, inf)
停止基準: 目標値の相対変化が以下である
この値。

より高い = inf; ダブル
より高い境界 (すべてのパラメータに等しい)。

ローカルオプト = なし; 辞書
メインに必要となる可能性のある局所最小化アルゴリズム
最小化アルゴリズム。サポートされている値は次のとおりです。
gn-orig-direct-l ‐ 長方形の分割 (オリジナルの実装、
局地的な偏見あり）
gn-direct-l-noscal ‐ 四角形の分割 (スケールなし、局所的にバイアスあり)
GN-ISRES ‐ 改良された確率的ランキング進化戦略
ld-tnewton ‐ 切頭ニュートン
gn-direct-l-rand ‐ 四角形の分割 (局所的に偏り、ランダム化)
インニューウォア ‐ 反復による微分を含まない制約のない最適化
構築された二次近似
gn-direct-l-rand-noscale ‐ 四角形の分割 (スケールなし、ローカル)
偏った、ランダム化された）
gn-orig-direct ‐ 長方形の分割（独自の実装）
ld-tnewton-precond ‐ 前処理済み切頭ニュートン
ld-tnewton-再起動 ‐ 最急降下再始動による切頭ニュートン
GNダイレクト ‐ 長方形の分割
ネルダーミード ‐ ネルダー・ミードシンプレックスアルゴリズム
ln-コビラ ‐ 線形近似による制約付き最適化
gn-crs2-lm ‐ 局所突然変異による制御されたランダム検索
ld-var2 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 2
ld-var1 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 1
LDMMA ‐ 漸近線の移動方法
ld-lbfgs-nocedal - なし
ld-lbfgs ‐ 低ストレージ BFGS
gn-direct-l ‐ 長方形の分割 (局所的に偏った)
なし ‐ アルゴリズムを指定しない
インボビーカ ‐ 微分を含まない境界制約付きの最適化
ln-sbplx ‐ ネルダー・ミードのサブプレックス変異体
ln-newuoa-bound ‐ 微分を含まない境界制約付き最適化
反復的に構築された二次近似
インプラクシス ‐ 主軸による勾配のない局所最適化
方法
gn 直接 noscal ‐ 長方形の分割（スケールなし）
ld-tnewton-precond-restart ‐ 前処理済みの切頭ニュートン
最急降下再始動

下側 = -inf; ダブル
下限 (すべてのパラメータに等しい)。

マキシター = 100; int in [1, inf)
停止基準: 反復の最大数。

オプト = ld-lbfgs; 口述
メインの最小化アルゴリズム。 サポートされている値は次のとおりです。
gn-orig-direct-l ‐ 長方形の分割 (オリジナルの実装、
局地的な偏見あり）
g-mlsl-lds ‐ マルチレベル単一リンケージ (低矛盾シーケンス、
ローカル勾配ベースの最適化と境界が必要)
gn-direct-l-noscal ‐ 四角形の分割 (スケールなし、局所的にバイアスあり)
GN-ISRES ‐ 改良された確率的ランキング進化戦略
ld-tnewton ‐ 切頭ニュートン
gn-direct-l-rand ‐ 四角形の分割 (局所的に偏り、ランダム化)
インニューウォア ‐ 反復による微分を含まない制約のない最適化
構築された二次近似
gn-direct-l-rand-noscale ‐ 四角形の分割 (スケールなし、ローカル)
偏った、ランダム化された）
gn-orig-direct ‐ 長方形の分割（独自の実装）
ld-tnewton-precond ‐ 前処理済み切頭ニュートン
ld-tnewton-再起動 ‐ 最急降下再始動による切頭ニュートン
GNダイレクト ‐ 長方形の分割
アウグラグエク ‐ 等式制約を伴う拡張ラグランジアン アルゴリズム
の
ネルダーミード ‐ ネルダー・ミードシンプレックスアルゴリズム
ln-コビラ ‐ 線形近似による制約付き最適化
gn-crs2-lm ‐ 局所突然変異による制御されたランダム検索
ld-var2 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 2
ld-var1 ‐ シフトされたメモリ制限付き変数メトリック、ランク 1
LDMMA ‐ 漸近線の移動方法
ld-lbfgs-nocedal - なし
g-mlsl ‐ マルチレベル単一リンケージ (ローカル最適化と
境界)
ld-lbfgs ‐ 低ストレージ BFGS
gn-direct-l ‐ 長方形の分割 (局所的に偏った)
インボビーカ ‐ 微分を含まない境界制約付きの最適化
ln-sbplx ‐ ネルダー・ミードのサブプレックス変異体
ln-newuoa-bound ‐ 微分を含まない境界制約付き最適化
反復的に構築された二次近似
オーラグ ‐ 拡張ラグランジアンアルゴリズム
インプラクシス ‐ 主軸による勾配のない局所最適化
方法
gn 直接 noscal ‐ 長方形の分割（スケールなし）
ld-tnewton-precond-restart ‐ 前処理済みの切頭ニュートン
最急降下再始動
ld-slsqp ‐ 逐次最小二乗二次計画法

手順 = 0; double で [0, inf)
勾配のないメソッドの初期ステップ サイズ。

stop = -inf; ダブル
停止基準: 関数の値がこの値を下回ります。

エクストラ = 0; double で [0, inf)
停止基準: すべての x 値の絶対変化がこれを下回る
の値です。

xtollr = 0; double で [0, inf)
停止基準: すべての X 値の相対変化がこれを下回っている
の値です。

実施例

自動ICA推定を使用して、「segment.set」で指定された灌流シリーズを登録します。
最初の XNUMX つの画像をスキップし、それ以外の場合はデフォルトのパラメーターを使用します。 保存する
'registered.set' になります。

mia-2dmyoica-nonrigid2 -i セグメント.セット -o 登録済み.セット -k 2

著者

ガート・ウォルニー

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オプション「--copyright」。

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