これは mia-3dimagefilter コマンドであり、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレータ、MAC OS オンライン エミュレータなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks の無料ホスティング プロバイダで実行できます。
プログラム：
NAME
mia-3dimagefilter - 3D 画像をフィルターします。
SYNOPSIS
mia-3dimagefilter -i -o [オプション]
DESCRIPTION
mia-3dimagefilter このプログラムは、グレースケール 3D 画像のフィルタリングと変換に使用されます。
OPTIONS
-i --in-file=(入力、必須); イオ
フィルタリングされる入力画像 サポートされているファイル タイプについては、を参照してください。
プラグイン:3dimage/io
-o --out-file=(出力、必須); イオ
フィルタリングされた出力画像 サポートされているファイルの種類については、
プラグイン:3dimage/io
カスタマーサービス & インフォ
-V --verbose=警告
出力の冗長性、指定されたレベルおよびより高い優先順位のメッセージを出力します。
最も低いレベルから始まるサポートされる優先度は次のとおりです。
info ‐ 低レベルのメッセージ
トレース ‐ 関数呼び出しトレース
失敗する ‐ テストの失敗を報告する
警告 ‐ 警告
エラー ‐ エラーを報告する
debug ‐ デバッグ出力
メッセージ ‐ 通常のメッセージ
致命的な ‐ 致命的なエラーのみを報告する
-著作権
著作権情報を印刷する
-h --ヘルプ
このヘルプを印刷する
-? - 使用法
短いヘルプを印刷する
- バージョン
バージョン番号を出力して終了します
処理
--スレッド=-1
処理に使用するスレッドの最大数。この数は小さくする必要があります。
またはマシン内の論理プロセッサ コアの数と同じです。 (-1:
自動推定)。処理に使用するスレッドの最大数。これは
数は、論理プロセッサ コアの数以下である必要があります。
この機械。 (-1: 自動推定)。
プラグイン: 1d/空間カーネル
cdiff 中央差分フィルター カーネル、ミラー境界条件が使用されます。
(パラメータなし)
ガウス 空間ガウス フィルター カーネル、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
w = 1; [0, inf) の単位
フィルター幅の半分。
プラグイン: 1d/スプラインbc
ミラー 境界上でミラーリングされるスプライン補間境界条件
(パラメータなし)
繰り返す 境界で値を繰り返すスプライン補間境界条件
(パラメータなし)
ゼロ 外側の値をゼロと仮定するスプライン補間境界条件
(パラメータなし)
プラグイン: 1d/スプラインカーネル
bスプライン B スプライン カーネルの作成、サポートされているパラメータは次のとおりです。
d = 3; [0, 5] の整数
スプライン次数。
オモン OMoms-spline カーネルの作成、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
d = 3; [3, 3] の整数
スプライン次数。
プラグイン: 3D画像/コンバイナ
絶対差 画像結合器「absdiff」
(パラメータなし)
加えます 画像結合器「追加」
(パラメータなし)
div要素 画像結合器「div」
(パラメータなし)
MUL 画像結合器「mul」
(パラメータなし)
以下 画像結合器「サブ」
(パラメータなし)
プラグイン: 3D画像/フィルター
バンドパス 強度バンドパス フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
マックス = 3.40282e+38; 浮く
バンドの最大値。
分 = 0; 浮く
バンドのミニマム。
二値化する 画像二値化フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
マックス = 3.40282e+38; 浮く
許容範囲の最大値。
分 = 0; 浮く
許容範囲の最小値。
閉じる 形態学的に近い場合、サポートされているパラメータは次のとおりです。
ヒント = 黒; 弦
メイン画像コンテンツ (黒|白) のヒント。
形状 = [球:r=2]; 工場
構造要素。 サポートされているプラグインについては、PLUGINS:3dimage/shape を参照してください。
コンバイナ 指定された結合演算子を使用して XNUMX つの画像を結合します。 「リバース」がに設定されている場合
false の場合、最初の演算子はフィルター パイプラインを通過した画像であり、
XNUMX 番目のイメージは、「image」パラメータで指定されたファイルからロードされます。
フィルターが実行される瞬間、サポートされるパラメーターは次のとおりです。
画像 =(入力、必須、文字列)
コンバイナーで必要な XNUMX 番目のイメージ。
op =(必須、工場出荷時)
画像に適用される画像コンバイナー。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:3dimage/combiner
逆 = 0; ブール
画像がコンバイナーに渡される順序を逆にします。
変換 画像ピクセル形式変換フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
a = 1; 浮く
線形変換パラメータ ａ．
b = 0; 浮く
線形変換パラメータ ｂ．
地図 = オプト; 口述
変換マッピング。 サポートされている値は次のとおりです。
オプト ‐ 実際の入力範囲をマップする線形変換を適用します。
全出力範囲
範囲 ‐ 入力データ型をマッピングする線形変換を適用する
range から出力データ型の範囲まで
copy ‐ 変換時にデータをコピーする
線形 ‐ 線形変換 x -> a*x+b を適用します
オプトスタット ‐ 入力平均に基づいてマッピングする線形変換を適用し、
全出力範囲までの変動
担当者 = ubyte; 口述
出力ピクセルタイプ。 サポートされている値は次のとおりです。
なし ‐ ピクセルタイプが定義されていません
フロート ‐ 浮動小数点 32 ビット
バイト ‐ 符号付き 8 ビット
ウーロン ‐ 符号なし64ビット
‐ 浮動小数点 64 ビット
シント ‐ 符号付き 32 ビット
ショート ‐ 符号なし16ビット
短い ‐ 符号付き 16 ビット
uint ‐ 符号なし32ビット
長い ‐ 符号付き 64 ビット
ビット ‐ バイナリデータ
ユバイト ‐ 符号なし8ビット
作物 画像の領域をトリミングします。領域は常に元の画像に固定されます
指定された範囲が維持されるという意味でのサイズ。サポートされているパラメータは次のとおりです。
end = [[4294967295,4294967295,4294967295]]; ストリーミング可能
トリミング範囲の終わり、最大値 = (-1,-1,-1)。
start = [[0,0,0]]; ストリーミング可能
トリミング範囲の始まり。
膨張する 3D 画像スタック拡張フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
ヒント = 黒; 弦
メイン画像コンテンツ (黒|白) のヒント。
形状 = [球:r=2]; 工場
構造要素。 サポートされているプラグインについては、PLUGINS:3dimage/shape を参照してください。
距離 画像の 3D 距離変換を評価します。 画像がバイナリマスクの場合、
各点の距離変換の結果はユークリッドに対応します。
マスクまでの距離。 入力画像がスカラー ピクセル値の場合、
このスカラーはハイフィールドとして解釈され、ピクセルごとの値が
距離。
(パラメータなし)
ダウンスケール 指定されたブロック サイズを使用して入力イメージをダウンスケールし、ダウンスケールを定義します。
要素。 スケーリングの前に、画像は平滑化フィルターによってフィルター処理されます。
高周波データを除去し、エイリアシングアーチファクトを回避します。、サポートされています。
パラメータは次のとおりです。
b = [[1,1,1]]; 3dバウンド
ブロックサイズ。
bx = 1; [1, inf) の単位
x方向のブロックサイズ。
by = 1; [1, inf) の単位
y 方向のブロックサイズ。
bz = 1; [1, inf) の単位
z 方向のブロックサイズ。
kernel = ガウス; 弦
適用される平滑化フィルター カーネル、フィルターのサイズが推定されます
ブロックサイズに基づいて..
浸食する 3D イメージ スタック侵食フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
ヒント = 黒; 弦
メイン画像コンテンツ (黒|白) のヒント。
形状 = [球:r=2]; 工場
構造要素。 サポートされているプラグインについては、PLUGINS:3dimage/shape を参照してください。
ガウス 等方性 3D ガウス フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
w = 1; int in [0, inf)
フィルター幅パラメーター。
学年 3D 画像から勾配ノルム フィルターへ
(パラメータなし)
グローマスク 入力バイナリ マスクと参照グレー スケール イメージを使用して領域拡張を実行します。
すでに追加されたピクセルの近傍ピクセルを追加することにより、ピクセルの値が低い場合に
指定されたしきい値を超える強度。サポートされているパラメーターは次のとおりです。
分 = 1; 浮く
マスク成長の下限閾値。
参照 =(入力、必須、文字列)
マスク領域拡張の参照画像。
形状 = 6n; 工場
近所のマスク。 サポートされているプラグインについては、PLUGINS:3dimage/shape を参照してください。
転倒 強度反転フィルター
(パラメータなし)
アイソボクセル このフィルタは画像を拡大縮小してボクセル サイズを等長にし、そのサイズを
指定された値に対応する場合、サポートされているパラメータは次のとおりです。
インタープ = [bspline:d=3]; 工場
使用する補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
サイズ = 1; (0, inf) の浮動小数点
等尺性ターゲットボクセルサイズ。
kmeans 3D 画像の K-means フィルター。 出力イメージでは、ピクセル値は
クラス メンバーシップとクラス センターは、画像内の属性として保存されます。
サポートされているパラメータは次のとおりです。
c = 3; int in [2, inf)
クラスの数。
ラベル バイナリ イメージの接続されたコンポーネントにラベルを付けるフィルター。サポートされています。
パラメータは次のとおりです。
n = 6n; 工場
近所のマスク。 サポートされているプラグインについては、PLUGINS:3dimage/shape を参照してください。
ラベルマップ ラベル ID を再マッピングする画像フィルター。 整数値を持つ画像にのみ適用されます
強度/ラベル。サポートされているパラメータは次のとおりです。
地図 =(入力、必須、文字列)
ラベルマッピングファイル。
ラベルスケール
入力ですでに作成されている出力ボクセルのみを作成するフィルター
画像。 スケーリングは、ターゲットを選択する投票アルゴリズムを使用して行われます。
の特定のラベルの最大ピクセル数に基づくピクセル値
対応するソース領域。 領域が同じラベルを持つ XNUMX つのラベルで構成されている場合
count、小さい数字を持つものが勝ちます。サポートされているパラメーターは次のとおりです。
アウトサイズ =(必須、3dbounds)
ターゲット サイズは、カンマ区切りの XNUMX つの値として指定されます。
負荷 ファイルから入力画像をロードし、それを使用してファイル内の現在の画像を置き換えます。
パイプライン。サポートされているパラメータは次のとおりです。
file =(入力、必須、文字列)
ロード元の入力ファイルの名前。
レベルダウンスケール
これはラベル投票ダウンスケール フィルターです。 3D 画像をブロック単位でダウンスケーリングします。
各ブロックについて、ブロック内で最も多く出現する (ゼロ以外の) ラベルは次のとおりです。
ターゲット イメージの出力ピクセルとして発行されます。 XNUMX つのラベルに同じ番号が表示される場合
多くの場合、絶対値が小さい方が優先されます。サポートされているパラメーターは次のとおりです。
b = [[1,1,1]]; 3dバウンド
ダウンスケーリングのブロックサイズ。 各ブロックは XNUMX つのピクセルで表されます
対象の画像では…
mask 画像をマスクします。XNUMX つの画像はパラメータ リストから取得され、もう XNUMX つはパラメータ リストから取得されます。
通常のフィルター入力。 両方の画像は同じ寸法である必要があり、一方の画像は同じである必要があります。
バイナリであること。 フィルター パイプラインを通過する画像の属性は次のとおりです。
保存されています。 出力ピクセル タイプは、そうでない入力イメージに対応します。
バイナリ。サポートされているパラメータは次のとおりです。
=(入力、必須、文字列)
XNUMX番目の入力画像ファイル名。
意味する 3D 画像平均フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
w = 1; int in [1, inf)
フィルター幅の半分。
中央値 メディアン 3D フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
w = 1; int in [1, inf)
フィルター幅パラメーター。
MLV 最小分散の平均 3D 画像フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
w = 1; int in [1, inf)
フィルター幅パラメーター。
msノーマライザー
3D 画像の平均シグマ正規化フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
w = 1; int in [1, inf)
フィルター幅の半分。
開いた 形態学的にオープンでサポートされているパラメータは次のとおりです。
ヒント = 黒; 弦
メイン画像コンテンツ (黒|白) のヒント。
形状 = [球:r=2]; 工場
構造要素。 サポートされているプラグインについては、PLUGINS:3dimage/shape を参照してください。
向きを変える 3D 画像の方向変更フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
地図 = xyz; 口述
適用される方向マッピング。 サポートされている値は次のとおりです。
p-zxy ‐ x->y->z->x を並べ替えます
r-x180 ‐ X 軸を中心に時計回りに 180 度回転
XYZ ‐ 方向を保つ
p-yzx ‐ x->z->y->x を並べ替えます
r-z180 ‐ Z 軸を中心に時計回りに 180 度回転
r-y270 ‐ y 軸を中心に時計回りに 270 度回転
f-xz ‐ xzを反転
fyz ‐ yzを反転
r-x90 ‐ X 軸を中心に時計回りに 90 度回転
r-y90 ‐ y 軸を中心に時計回りに 90 度回転
r-x270 ‐ X 軸を中心に時計回りに 270 度回転
r-z270 ‐ Z 軸を中心に時計回りに 270 度回転
r-z90 ‐ Z 軸を中心に時計回りに 90 度回転
f-xy ‐ xyを反転
r-y180 ‐ y 軸を中心に時計回りに 180 度回転
リサイズ 画像のサイズを変更します。 元のデータは、新しいサイズの画像の中央に配置されます。
サポートされているパラメータは次のとおりです。
サイズ = [[0,0,0]]; ストリーミング可能
画像の新しいサイズ。サイズ 0 は、そのサイズを維持することを示します。
対応する寸法..
サンドプ ソルトアンドペッパー 3D フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
脱穀 = 100; float in [0, inf)
しきい値。
w = 1; int in [1, inf)
フィルター幅パラメーター。
階段 指定されたターゲット サイズに合わせて拡大縮小する 3D 画像フィルター。サポートされているパラメーターは次のとおりです。
インタープ = [bspline:d=3]; 工場
使用する補間カーネル。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/スプラインカーネル
s = [[0,0,0]]; 3dバウンド
すべてのコンポーネントを一度に設定するターゲット サイズ (コンポーネント 0: 入力画像を使用)
サイズ）。
sx = 0; [0, inf) の単位
x 方向のターゲット サイズ (0: 入力画像サイズを使用)。
sy = 0; [0, inf) の単位
y 方向のターゲット サイズ (0: 入力画像サイズを使用)。
sz = 0; [0, inf) の単位
y 方向のターゲット サイズ (0: 入力画像サイズを使用)。
選択大きな 最も高い強度を表すバイナリマスクを作成するフィルター
ピクセル数。ピクセル値 0 は無視され、XNUMX つの強度が
ピクセル数が同じ場合、結果は未定義です。 入力ピクセルには
画素積分タイプ。
(パラメータなし)
セプコン 3D 画像強度の分離畳み込みフィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
kx = [ガウス:w=1]; 工場
カーネルを x 方向にフィルターします。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/spacialkernel
ky = [ガウス:w=1]; 工場
カーネルをy方向にフィルタリングします。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/spacialkernel
kz = [ガウス:w=1]; 工場
カーネルを Z 方向にフィルターします。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:1d/spacialkernel
ムハンマド 種を蒔いた水頭。 アルゴリズムは、初期値として正確に多くの領域を抽出します。
ラベルはシード イメージで指定されます。サポートされているパラメータは次のとおりです。
卒業生 = 0; ブール
入力画像をグラデーションとして解釈します。 。
マーク = 0; ブール
セグメント化された流域を特別なグレー スケール値でマークします。
n = [球:r=1]; 工場
水源地が成長する地域。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:3d画像/形状
シード =(入力、必須、文字列)
初期領域のラベルを含むシード入力イメージ。
tee 入力画像をファイルに保存し、次のフィルターにも渡します。
サポートされているパラメータは次のとおりです。
file =(出力、必須、文字列)
画像を保存する出力ファイルの名前も指定します。
間伐 3D 形態学的薄化、以下に基づく: Lee および Kashyap、「Building Skeleton Models」
3D 内側表面/軸間細化アルゴリズム、グラフィカル モデルおよび画像による
処理中、 56(6):462-478、1994。この実装は 26 のみをサポートします。
近所。
(パラメータなし)
変換 指定された変換を使用して入力画像を変換します。サポートされているパラメータ
には次の値があります:
file =(入力、必須、文字列)
変換を含むファイルの名前。
境界線 = ; 弦
画像補間境界条件をオーバーライドします。
画像カーネル = ; 弦
画像補間カーネルをオーバーライドします。
分散 3D 画像分散フィルター、サポートされているパラメーターは次のとおりです。
w = 1; int in [1, inf)
フィルター幅の半分。
ws 基本的な水頭セグメンテーション。サポートされているパラメーターは次のとおりです。
評価グラード = 0; ブール
入力イメージが勾配ノルム イメージを表さない場合は 1 に設定します。
マーク = 0; ブール
セグメント化された流域を特別なグレー スケール値でマークします。
n = [球:r=1]; 工場
水源地が成長する地域。 サポートされているプラグインについては、を参照してください。
プラグイン:3d画像/形状
脱穀 = 0; [0, 1) の浮動小数点数
相対勾配ノルムのしきい値。 実際の値のしきい値は次のとおりです。
thresh * (max_grad - min_grad) + min_grad。 勾配で区切られた盆地
より低いノルムを持つ人が参加します。
プラグイン: 3D画像/IO
分析します 7.5画像を分析する
認識されるファイル拡張子: .HDR、.hdr
サポートされている要素タイプ:
符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号付き 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、
浮動小数点64ビット
データプール 内部データプールとの間の仮想IO
認識されるファイル拡張子: .@
ディコム 3D としての Dicom 画像シリーズ
認識されるファイル拡張子: .DCM、.dcm
サポートされている要素タイプ:
符号付き16ビット、符号なし16ビット
HDF5 HDF5 3D画像IO
認識されるファイル拡張子: .H5、.h5
サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、符号付き 64 ビット、符号なし 64 ビット、浮動小数点
小数点32ビット、浮動小数点64ビット
インリア インリア画像
認識されるファイル拡張子: .INR、.inr
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット
MHD MetaIO VTK 実装を使用した 3D 画像 IO (実験的)。
認識されるファイル拡張子: .MHA、.MHD、.mha、.mhd
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット
気の利いた NIFTI-1 3D画像IO
認識されるファイル拡張子: .NII、.nii
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、符号付き 64 ビット、符号なし 64 ビット、浮動小数点 32
ビット、浮動小数点64ビット
VFF VFF Sun ラスター形式
認識されるファイル拡張子: .VFF、.vff
サポートされている要素タイプ:
符号なし8ビット、符号付き16ビット
ビスタ 3Dビュー
認識されるファイル拡張子: .V、.VISTA、.v、.vista
サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64
ビット
vti 3D 画像 VTK-XML の入力および出力 (実験的)。
認識されるファイル拡張子: .VTI、.vti
サポートされている要素タイプ:
符号付き 8 ビット、符号なし 8 ビット、符号付き 16 ビット、符号なし 16 ビット、符号付き 32
ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64 ビット
VTK 3D VTK 画像のレガシー入力および出力 (実験的)。
認識されるファイル拡張子: .VTK、.VTKIMAGE、.vtk、.vtkimage
サポートされている要素タイプ:
バイナリデータ、符号付き8ビット、符号なし8ビット、符号付き16ビット、符号なし16ビット、
符号付き 32 ビット、符号なし 32 ビット、浮動小数点 32 ビット、浮動小数点 64
ビット
プラグイン: 3D画像・形状
18n 18n 近隣 3D シェイプクリエーター
(パラメータなし)
26n 26n 近隣 3D シェイプクリエーター
(パラメータなし)
6n 6n 近隣 3D シェイプクリエーター
(パラメータなし)
球 指定された半径内のピクセルを含む閉じた球形の近傍
r.、サポートされているパラメータは次のとおりです。
r = 2; (0, inf) の浮動小数点
球の半径。
プラグイン: 3D変換/io
BBS 3D 変換のバイナリ (移植性のない) シリアル化 IO
認識されるファイル拡張子: .bbs
データプール 内部データプールとの間の仮想IO
認識されるファイル拡張子: .@
ビスタ 3D 変換の Vista ストレージ
認識されるファイル拡張子: .v、.v3dt
XML 3D 変換の XML シリアル化 IO
認識されるファイル拡張子: .x3dt
実施例
input.v で平均最小分散フィルターを実行し、次に 5 クラスの K 平均分類を実行します。
そして4番目のクラスを選択して二値化します。
mia-3dimagefilter -i image.v -o filtered.v mlv:w=2 kmeans:c=5 二値化:min=4,max=4
著者
ガート・ウォルニー
COPYRIGHT
このソフトウェアの著作権は 1999-2015 ライプツィヒ、ドイツおよびマドリード、スペインにあります。 来る
絶対的な保証はなく、GNU の規約に基づいて再配布できます。
GENERAL PUBLIC LICENSE バージョン 3 (またはそれ以降)。 詳細については、次のコマンドを使用してプログラムを実行してください。
オプション「--copyright」。
onworks.net サービスを使用してオンラインで mia-3dimagefilter を使用する
