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mipe2dbSTS-クラウドでのオンライン

Ubuntu Online、Fedora Online、Windows Onlineエミュレーター、またはMACOSオンラインエミュレーターを介してOnWorks無料ホスティングプロバイダーでmipe2dbSTSを実行します

これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションの2つを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できるコマンドmipeXNUMXdbSTSです。

プログラム:

NAME


mipe2dbSTS.pl-dbSTSに送信するための入力ファイルを生成します
出力に含まれる:dbSTS送信のSTSセクション
MIPEバージョンv1.1に基づく
引数:* mipe_file
*設定ファイル
*(オプション)PCRIDのリスト

構成ファイルは、等号('=')で区切られたキーと値を含む行で構成されます。
キーは、NCBI提出ファイルの小文字の名前(WebサイトdbSTSを参照)とそれに続くキーで構成されます。
そのファイルのフィールドのアンダースコアと小文字の名前。
次のフィールドを構成ファイルで定義する必要があります。
pub_title =
pub_authors =
source_name =
source_organism =
cont_name =
cont_fax =
cont_tel =
cont_email =
cont_lab =
cont_inst =
cont_addr =
protocol_name =
protocol_protocol =
buffer_name =
buffer_buffer =
sts_pcr_profile =
protocol_protocol、buffer_buffer、およびsts_pcr_profileの場合、より多くの行が必要です(例を参照)。

構成ファイルの例は次のようになります。
pub_title=ニワトリSNPの遺伝地図
pub_authors = Aerts、JA; ヴィーネンダール、T .; Crooijmans、RPMA; Groenen、MAM
source_name=チキンゲノムDNA
source_organism = Gallus gallus
cont_name = Jan Aerts
cont_fax = + 31 317 483929
cont_tel = + 31 317 483397
cont_email =[メール保護]
cont_lab=動物繁殖およびゲノミクスグループ
cont_inst=ヴァーヘニンゲン大学
cont_addr = PO Box 338、6700 AH Wageningen、オランダ
protocol_name = Protocol_Aerts
protocol_protocol =テンプレート:30〜60 ng
protocol_protocol = Primer:各4 uM
protocol_protocol = dNTPs:各200 uM
protocol_protocol = Taq:0.3単位
protocol_protocol = Volume:12 ul
buffer_name = Buffer_Aerts
buffer_buffer = MgCl2:1.5 mM
buffer_buffer =(NH4)2SO4:20 mM
buffer_buffer = Tris-HCl:75 mM
buffer_buffer = Tween 20:0.01%(w / v)
buffer_buffer = pH:8.8

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