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NCLconverter - クラウドでオンライン

Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーター上の OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで NCLconverter を実行します。

これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド NCLconverter です。

プログラム:

NAME


NCLconverter - NEXUS ファイルの内容のレポート

DESCRIPTION


NCLconverter はファイルを読み取り、その内容のレポートをファイル接頭辞に書き込みます。
(で指定 -o フラグ) を選択した出力形式 ( -e 国旗)。

当学校区の 最も 一般的な 使用 is 単に:
NCLコンバーター

OPTIONS


-h コマンドラインにこのヘルプメッセージが表示されます

-q ファイルの読み取り中に NCL ステータス メッセージを抑制する

-lファイルを読み取り、ファイルの各行を NEXUS ファイルへのパスとして処理します

-a AltNexus を出力 (ツリー内に変換テーブルなし)

-x ツリー内の内部ラベルを分類群ラベルとして検証しないでください

-X ツリー内の番号を分類群番号として扱わず、任意のものとして扱います。

ラベル (NEXUS ファイルでは使用しないでください)。

-sNEXUS の厳密性レベルを制御します。

デフォルトのレベルは以下と同等です -s2 プログラムを呼び出す -s3 またはそれ以上の
数値を指定すると、一部の警告が致命的なエラーに変換されます。 一緒に走る -s1 引き起こすだろう
危険な構造を受け入れるためのパーサーと実行 -s0 原因となります
パーサーはファイルの解析を完了するためにあらゆる試みを行います (非常に深刻な警告
エラー)。

に注意してください -s0 厳密性レベルが使用され、パーサーが終了しない場合、
多くの場合、レポートで報告されるエラーよりも前のエラーの結果です。
最後のメッセージ。

-i作成するインターリーブページの長さを指定します

-f予想される入力ファイル形式を指定します。

-fネクサス
NEXUS (これもデフォルトです)

-ファファスタ
fastaのアミノ酸データ

-fdnafast
fasta の DNA データ

-フラナファスタ
fasta の RNA データ

に続くことができる形式名の完全なリスト -f フラグは次のとおりです。

ネクサス dnafasta aafasta rnafasta dnaphylip rnaphylip aaphylip discretephylip
dnaphylipインターリーブrnaphilipinterleavedaaphylipinterleaved
ディスクリートフィリップインターリーブ dnarelaxedphilip rnarelaxedphilip aarelaxedphilip
離散リラックスしたフィリップ dnaリラックスしたフィリップインターリーブ rnリラックスしたフィリップインターリーブ
aarelaxedphilipinterleaved discreterelaxedphilipinterleaved dnaaln rnaaln aaaln
フィリップツリー リラックスフィリップツリー nexml dnafin aafin rnafin

-e予想される出力ファイル形式を指定します。

-エネクサス
「正規化された」NEXUS 出力

-エファスタ
fasta の文字データ (複数の出力ファイルが生成される可能性があります)

-エフィリップ
phylip 内のツリーと文字データ (複数の出力ファイルが生成される可能性があります)

-erelaxedフィリップ
リラックスしたフィリップのツリーと文字データ (複数の出力ファイルが生成される可能性があります)

-enexml
nexml 出力 (これはデフォルトでもあります)

-o出力プレフィックスを指定します。
適切なサフィックスと拡張子が追加されます

-d単一の出力先を指定します。 または、使用できます -d- それを示すために

出力は標準出力に送られる必要があります。このオプションを使用すると警告が発生する可能性があります
情報の個別の「ブロック」が連結されているため、無効な出力が発生します。
単一のファイルです!

-u NEXUS 以外の形式のアンダースコアをスペースに変換します。

-y「安全な」分類群名に変換し、新しい名前を NEXUS として保存します。

というファイルTaxaAssociation ブロックを使用します。 最初の分類群ブロック
関連ブロックには元の名前が保持され、XNUMX 番目のブロックには「安全な」名前が保持されます。


-Yのように振る舞う -yを除く -Y 翻訳ファイルは生成されます
元の名前がす​​でに「安全」だった場合

-zという NEXUS 形式のファイルを使用します。 TaxaAssociation ブロックを使用する

元の名前を復元します。
TaxaAssociation の最初の分類群ブロックが

ブロックには元の名前が保持され、XNUMX 番目のブロックが現在の名前になります。 この機能は
の効果を「元に戻す」のに役立ちます。 -y オプションを選択します。

-j NameTranslationFile の作成を抑制する

onworks.net サービスを使用してオンラインで NCLconverter を使用する


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