これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド NCLconverter です。
プログラム：
NAME
NCLconverter - NEXUS ファイルの内容のレポート
DESCRIPTION
NCLconverter はファイルを読み取り、その内容のレポートをファイル接頭辞に書き込みます。
（で指定 -o フラグ) を選択した出力形式 ( -e 国旗）。
当学校区の 最も 一般的な 使用 is 単に：
NCLコンバーター
OPTIONS
-h コマンドラインにこのヘルプメッセージが表示されます
-q ファイルの読み取り中に NCL ステータス メッセージを抑制する
-lファイルを読み取り、ファイルの各行を NEXUS ファイルへのパスとして処理します
-a AltNexus を出力 (ツリー内に変換テーブルなし)
-x ツリー内の内部ラベルを分類群ラベルとして検証しないでください
-X ツリー内の番号を分類群番号として扱わず、任意のものとして扱います。
ラベル (NEXUS ファイルでは使用しないでください)。
-sNEXUS の厳密性レベルを制御します。
デフォルトのレベルは以下と同等です -s2 プログラムを呼び出す -s3 またはそれ以上の
数値を指定すると、一部の警告が致命的なエラーに変換されます。 一緒に走る -s1 引き起こすだろう
危険な構造を受け入れるためのパーサーと実行 -s0 原因となります
パーサーはファイルの解析を完了するためにあらゆる試みを行います (非常に深刻な警告
エラー）。
に注意してください -s0 厳密性レベルが使用され、パーサーが終了しない場合、
多くの場合、レポートで報告されるエラーよりも前のエラーの結果です。
最後のメッセージ。
-i作成するインターリーブページの長さを指定します
-f予想される入力ファイル形式を指定します。
-fネクサス
NEXUS (これもデフォルトです)
-ファファスタ
fastaのアミノ酸データ
-fdnafast
fasta の DNA データ
-フラナファスタ
fasta の RNA データ
に続くことができる形式名の完全なリスト -f フラグは次のとおりです。
ネクサス dnafasta aafasta rnafasta dnaphylip rnaphylip aaphylip discretephylip
dnaphylipインターリーブrnaphilipinterleavedaaphylipinterleaved
ディスクリートフィリップインターリーブ dnarelaxedphilip rnarelaxedphilip aarelaxedphilip
離散リラックスしたフィリップ dnaリラックスしたフィリップインターリーブ rnリラックスしたフィリップインターリーブ
aarelaxedphilipinterleaved discreterelaxedphilipinterleaved dnaaln rnaaln aaaln
フィリップツリー リラックスフィリップツリー nexml dnafin aafin rnafin
-e予想される出力ファイル形式を指定します。
-エネクサス
「正規化された」NEXUS 出力
-エファスタ
fasta の文字データ (複数の出力ファイルが生成される可能性があります)
-エフィリップ
phylip 内のツリーと文字データ (複数の出力ファイルが生成される可能性があります)
-erelaxedフィリップ
リラックスしたフィリップのツリーと文字データ (複数の出力ファイルが生成される可能性があります)
-enexml
nexml 出力 (これはデフォルトでもあります)
-o出力プレフィックスを指定します。
適切なサフィックスと拡張子が追加されます
-d単一の出力先を指定します。 または、使用できます -d- それを示すために
出力は標準出力に送られる必要があります。このオプションを使用すると警告が発生する可能性があります
情報の個別の「ブロック」が連結されているため、無効な出力が発生します。
単一のファイルです！
-u NEXUS 以外の形式のアンダースコアをスペースに変換します。
-y「安全な」分類群名に変換し、新しい名前を NEXUS として保存します。
というファイルTaxaAssociation ブロックを使用します。 最初の分類群ブロック
関連ブロックには元の名前が保持され、XNUMX 番目のブロックには「安全な」名前が保持されます。
名
-Yのように振る舞う -yを除く -Y 翻訳ファイルは生成されます
元の名前がすでに「安全」だった場合
-zという NEXUS 形式のファイルを使用します。 TaxaAssociation ブロックを使用する
元の名前を復元します。
TaxaAssociation の最初の分類群ブロックが
ブロックには元の名前が保持され、XNUMX 番目のブロックが現在の名前になります。 この機能は
の効果を「元に戻す」のに役立ちます。 -y オプションを選択します。
-j NameTranslationFile の作成を抑制する
onworks.net サービスを使用してオンラインで NCLconverter を使用する
