これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド プラストです。
プログラム：
NAME
plast - 並列ローカル シーケンス アラインメント検索ツール
DESCRIPTION
プラスチック2.3.1
- ビルド日: 2016-02-09 09:47:45 - OS: Linux-4.3.0-1-amd64 - コンパイラ: /usr/bin/cc
(5.3.1) - ホスト CPU: 4 コアが利用可能
[*] は必須の引数を示します。
-p [*]：
プログラム名 [plastp、tplastn、plastx、tplastx または plastn]
-d [*]：
サブジェクト データベース ファイル
-i [*]：
クエリ データベース ファイル
-o : PLAST レポート出力ファイル
-e ：期待値
-n : アンギャップ拡張を実行する近傍のサイズ
-s : ギャップのないしきい値は、小さなギャップのある拡張機能をトリガーします
-g : 小さなギャップ拡張のしきい値
-b : 小さなギャップ拡張の帯域幅
-a : 使用するプロセッサの数
-G : ギャップを開くためのコスト
-E : ギャップを広げるためのコスト
-xdrop-unap :
Ungapped アライメントの X ドロップオフ値 (ビット単位) (20 はデフォルトの動作を呼び出します XNUMX
ビット）
-X : ギャップ配置の X ドロップオフ値 (ビット単位) (ゼロはデフォルトの動作を呼び出します)
-Z : ビット単位の最終的なギャップ配置の X ドロップオフ値 (0.0 はデフォルトの動作を呼び出します)
-インデックスしきい値 :
近隣間の類似度を計算するためのインデックスしきい値
-F : クエリ シーケンスのフィルター処理
-M : スコアマトリックス (BLOSUM62 または BLOSUM50)
-ストランド :
plastn のストランド: 'plus'、'minus' または 'both' (デフォルト)
-r : ヌクレオチド一致の報酬 (plastn)
-q : ヌクレオチドのミスマッチ (plastn) に対するペナルティ
-強制クエリ順序 :
出力ファイルでクエリの順序を強制します。
-最大データベースサイズ :
データベースの最大許容サイズ (バイト単位)。 大きい場合、データベースはセグメント化されます。
-クエリごとの最大ヒット数 :
クエリあたりの最大ヒット数。 0 の値はすべてのヒットをダンプします (デフォルト)
-ヒットごとの最大 hsp :
ヒットごとの最大アラインメント。 0 の値はすべてのヒットをダンプします (デフォルト)
-outfmt :
出力形式: 1 は集計 (デフォルト)、2 は拡張集計、4 は NCBI の場合
爆風っぽい。
-ストランドリスト :
ヌクレオチドを使用したアルゴリズムを使用する場合に使用するストランドのリスト (例: "1,2,6")
データベース。
-最適コドンストップ :
最後の無効な文字と次のストップの間の許容範囲のサイズ
コドン
-ファクトリーディスパッチャー :
ディスパッチャを作成するファクトリ。
-工場統計 :
統計ビルダーを作成するファクトリ。
-factory-indexation :
インデックス作成ビルダーを作成するファクトリ。
-ファクトリーヒットアンギャップ :
アンギャップ ヒット イテレータを作成するファクトリ。
-ファクトリーヒット-スモールギャップ :
小さなギャップ ヒット イテレータを作成するファクトリ。
-ファクトリーヒットフルギャップ :
完全なギャップ ヒット イテレータを作成するファクトリ。
-ファクトリーヒット構成 :
コンポジション ヒット イテレータを作成するファクトリ。
-factory-gap-結果 :
ギャップ アラインメントの結果を作成するファクトリ。
-factory-unap-result :
アンギャップ アラインメントの結果を作成するファクトリ。
-スプリッター :
アライメント スプリッターを作成するファクトリ。 文字列: 'normal' または 'banded' (既定)
-optim-filter-ungap :
アンギャップ アラインメントを介して除外する最適化。
-棒グラフ :
実行中に進行状況バーを表示します。
-棒グラフサイズ :
棒グラフの文字数。
-進行状況ファイル :
現在の実行率をファイルにダンプします。
-詳細 :
アルゴリズムの実行中に情報を表示します。
-完全な統計 :
アルゴリズム統計をダンプします。
-統計 :
一般的な統計をダンプします。
-統計-fmt :
統計の形式: 'raw' (デフォルト) または 'xml'
-統計-自動 :
統計ファイルの自動作成
-アライメントの進行状況 :
アルゴリズム中に増加する ungap/ungap アライメントの数をファイルにダンプします。
-リソース-進行状況 :
アルゴリズム中にリソースに関する情報をファイルにダンプします。
-プラストク :
plast 構成ファイルのパス名。
-xmlフィルター :
XML フィルター ファイルの URI。
-種子使用率 :
使用する種子の比率。
-シード-インデックス-フィルター :
索引付けフィルターに使用されるシードの長さ。
-完全な被験者データベース統計ファイル :
完全な被験者データベースの統計へのファイル パス
-W : 種の大きさ
-h ： ヘルプ
PLAST の引用: Nguyen VH, Lavenier D. (2009) PLAST: 並列ローカル アラインメント検索ツール
データベース比較用。 BMC バイオインフォマティクス、vol 10、no 329。
onworks.net サービスを使用して plast online を使用する
