予測タンパク質 - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

タンパク質を予測 - タンパク質配列を分析する

SYNOPSIS

予測タンパク質 [--blast-processors] [--num-cpus|c] [--debug|d] [--help] [--make-file|m]
[--makedebug] [--man] [--method] [--dryrun|n] [--numresmax] [--output-dir|o]
[--print-ext-method-map] [--profnumresmin] [--psicexe] [--prot-name|p] [--sequence|seq|s]
[--seqfile] [--spkeyidx] [--target]* [--version|v] [--work-dir|w]

タンパク質を予測する [--bigblastdb] [--big80blastdb] [--pfam2db] [--pfam3db] [--prodomblastdb]
[--prositedat] [--prositeconvdat] [--swissblastdb]

タンパク質を予測 [--setacl|acl] [--キャッシュマージ] [--強制キャッシュストア]
[--キャッシュを使用する]

DESCRIPTION

predictprotein は、一連のタンパク質配列解析メソッドを実行します。

スタンダード メソッド
これらのメソッドは、デフォルトのターゲット「all」によって実行されます。

機能ターゲット拡張マニュアルページ
------- ------ ------------- --------
原子移動度 profbval profbval、profb4snap 教授(1)
細菌膜貫通proftmb proftmb、proftmbdat プロフムブ(1)
ブレーンベータバレル
コイルドコイル コイルドコイル コイル、coils_raw コイルの巻き付け(1)
コイル(1)
ジスルフィド架橋 ジスルフィド ジスルフィド ジスルファインダー(1)
遺伝子オントロジー用語 metastudent metastudent.BPO.txt、 メタスタディ(1)
metastudent.CCO.txt、
メタスタディオン.MFO.txt
ローカルアライメントブラスト blastPsiOutTmp、chk、 ブラストRPG(1)
ブラストサイマット、
blastPsiAli、
blastpSwissM8 ブラストール(1)
ローカル複雑度 ncbi-seg segNorm、segNormGCG NCビセグ(1)
非正規二次ノルスプノス、合計ノルス ノルスプ(1)
構造
核局在予測nls nls、nlsDat、nlsSum 予測する(1)
Pfam スキャン hmmer v2 hmm2pfam hmm2pfam うーん2pfam(1)
Pfam スキャン hmmer v3 hmm3pfam hmm3pfam、hmm3pfamTbl、 うーんスキャン(1)
翻訳者
PROSITE スキャン プロサイト プロサイト プロサイトスキャン(1)
タンパク質-タンパク質プロフィシスISIS プロフィシス(1)
交流サイト
二次構造、prof profRdb 教授(1)
アクセシビリティ
シーケンスプロファイル
二次構造、prof prof1Rdb 教授(1)
アクセシビリティ
単一シーケンス
二次構造、reprof reprof 非難する(1)
アクセシビリティ
単一シーケンス
膜貫通 phd phdPred、phdRdb 教授(1)
らせん
非構造化ループ norsnet norsnet ノルズネット(1)

オプション メソッド
これらのメソッドは再配布不可であるか、再配布不可のソフトウェアに依存しています（
再配布不可のコンポーネントを自分で入手してからでないと、
これらの方法を使用します。

これらのメソッドは、ターゲット「オプション」によって実行されます。

機能ターゲット拡張マニュアルページ
------- ------ ------------- --------
無秩序な領域 メタ障害 mdisorder メタディスオーダー(1)
細胞内loctree3 {arch,bact,euka}.lc3 loctree3(1)
うーん* うーん な
タンパク質-RNA、somena somena サムナ(1)
タンパク質-DNA
交流サイト
位置固有の psic* psic、clustalngz サイコ（1）
独立したカウント 実行NewPSIC（1）
そしてそのベースマルチ クラスター(1)
ple アライメント
膜貫通ヘリックス tmhmm tmhmm na
tmseg tmseg テムセグ(1)
機能領域 consurf _consurf.grades コンサーフ(1)

その他情報
データベースのコマンドライン引数
-------- -----------------
大きな (Uniprot+PDB) ブラスト データベース --bigblastdb
big_80 (big @ 80% 配列同一性 --big80blastdb
冗長レベル）ブラストデータベース
スイスブラストデータベース --swissblastdb
pfam v2 データベース --pfam2db
pfam v3 データベース --pfam3db
prosite_convert.dat --prositeconvdat

その他情報 の 任意 ターゲット

データベースのコマンドライン引数
-------- -----------------
大きな (Uniprot+PDB) ブラスト データベース --bigblastdb
prosite.dat --prositedat
Swiss-Prot キーワードからアクセス --spkeyidx
loctree の「インデックス」

生成 その他情報
Wiktor Jurkowski 提供:

* rostlab-data-prosite_convert prosite.dat prosite_convert.dat
* perl /usr/share/loctree/perl/keyindex4loctree.pl < keyindex.txt > keyindex_loctree.txt
* hmmpress Pfam-A.hmm

出力 形式でアーカイブしたプロジェクトを保存します．
メソッドの出力は -- 出力ディレクトリ各メソッドには1つ以上のファイル名があります
関連する拡張機能については、上の表を参照してください。
詳細については、個々の方法を参照してください。拡張子が「gz」で終わるファイルは、
gzipとします。

参考文献

Rost, B., Yachdav, G., Liu, J. (2004). PredictProtein サーバー。Nucleic Acids Res、
32(Webサーバーの問題)、W321-6。

predictprotein とその中のツールが役に立つと思われる場合は、以下を引用してください:

* PredictProteinの参考文献については上記を参照

* 使用したツールの参考資料については、ツールのマニュアルページの「REFERENCES」を参照してください。

OPTIONS

--ブラストプロセッサ
使用するプロセッサの数、デフォルト = 1

-c, --CPU数
ジョブを作成する、デフォルト = 1

-d, - デバッグ
- 助けて
簡単なヘルプメッセージを印刷して終了します。

-m, --ファイルを作成する
使用する make ファイル、デフォルト = /usr/share/predictprotein/MakefilePP.mk

--makedebug
makeのデバッグ引数については、 make(1)

- 男
このドキュメントページ

- 方法
メソッド制御パラメータを記述し、実行するメソッドを要求します。 - 目標 ではありません
を. フォーマット例:

--method=norsp,win=50

* メソッド名で始まります。例: `norsp'

* メソッド制御パラメータをリストします。例: win=50

すべてのメソッドが、プリミティブな制御パラメータの受け渡しをサポートしているわけではない。
コマンドラインインターフェース。

-n, -ドライラン
実行せず、これから実行される内容のみを表示します

--numresmax
最大シーケンス長、デフォルト: 6000これ以上長いシーケンスは
predictprotein はそれぞれのエラー コードで失敗します。エラーを参照してください。

-o, -- 出力ディレクトリ
出力ファイルの最終的な場所。キャッシュが使用されない限り必須です。

--print-ext-method-map
拡張からメソッドへのマップを印刷します。一貫性チェッカーの入力ファイルとして役立ちます。
形式： 。

--プロフヌムレスミン
プロフェッショナルに必要な最小シーケンス長、デフォルト: 17これより短いシーケンス
それぞれのエラー コードで predictprotein が失敗します。ERRORS を参照してください。

--psicexe
psic ラッパー実行ファイル、デフォルト: /usr/share/rost-runpsic/runNewPSIC.pl

-p, --prot名
結果ファイルの基本名と、たとえば FASTA ファイル内のタンパク質名。デフォルト =
「クエリ」。

有効な名前は文字セット「[[:alnum:]._-]」です。

-s, --seq, - 順序
1文字のアミノ酸配列入力

--seqファイル
FASTAアミノ酸配列ファイル。`-'の場合は標準入力が読み込まれます

--spkeyidx
Swiss-Protキーワードから識別子への「インデックス」ファイル ロックツリーとします。

- 目標=string
実行するメソッドグループ。必要なターゲットごとにこの引数を指定します。デフォルト:
設定ファイル内の `default_targets' の値。指定されていない場合は `all' になります。

興味深いターゲット:

を GPLまたは非営利組織に再配布可能な方法

任意
当てはまらない方法 を

ターゲットのリストについては、/usr/share/predictprotein/MakefilePP.mkを参照してください（「ソース
ルーク」。

-v, - バージョン
パッケージバージョンを印刷

-w, --作業ディレクトリ
作業ディレクトリ（オプション）

データベース オプション
--bigblastdb
包括的な爆発データベースへの道

--big80blastdb
80%の配列同一性冗長レベルでの包括的なブラストデータベースへの道

--pfam2db
Pfam v2データベース、例 ファム_ls

--pfam3db
Pfam v3データベース、例 Pfam-A.hmm

--プロドムブラストdb
廃止されました。この引数は、古いバージョンとの互換性を維持するためだけに保持されています。

--プロサイトダット
`prosite.dat'ファイルへのパス。


--prositeconvdat
`prosite_convert.dat'ファイルへのパス。


--スイスブラストdb
SwissProtブラストデータベースへのパス

キャッシュ 関連する オプション
--acl, --setacl
アクセス制御リストを設定します。アクセス制御リストは の 結果が
キャッシュに保存されます。このオプションはそれ以外の場合は無効です。以前のACLはすべて
失われました - マージされません。読み取りビットは結果の閲覧可能性を制御します。他のビットは
使用される。例

u:lkajan:4,u:gyachdav:4,g:lkajan:4,o::0

--キャッシュマージ
--nocache-merge
結果をキャッシュにマージするかどうかを指定します。 --キャッシュマージ すでにキャッシュ内にある結果を再利用します。
これは --キャッシュの使用 自動的にオンになります。 --キャッシュマージ と互換性がありません
--force-cache-store.

--nocache-merge デフォルトは

· --キャッシュの使用 オンになっていて

· --noforce キャッシュストア 有効であり、

· - 目標 使用され、

· キャッシュが空ではない

--キャッシュマージ キャッシュが空の場合は黙って無視されます。

--force-cache-store
--noforce キャッシュストア
結果をキャッシュに強制保存するのを有効/無効にします。 --キャッシュの使用。 デフォルト：
--noforce キャッシュストア

自律的AI --noforce キャッシュストア 予測プロテインがキャッシュされた結果を見つけると、単にそれを取得するだけです
キャッシュからそれらを取り出し、処理は行いません（結果が不完全な場合でも）。
--force-cache-store predictproteinはキャッシュから何も取得しませんが、
結果を保存し、キャッシュされたものを完全に置き換えます。

--force-cache-store と互換性がありません --キャッシュマージ.

--キャッシュの使用
--キャッシュを使用しない
予測タンパク質の結果にキャッシュを使用するか使用しないかを指定します。デフォルト: --キャッシュを使用しない.

デフォルトを上書きするために、設定ファイルでオプション「use_cache」を指定できます。

エラー

253 シーケンスが長すぎます。 --numresmax

254 シーケンスが短すぎます。教授が要求する最小の長さより短いです。
--プロフヌムレスミン.

例

予測タンパク質 --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir /tmp/pp

予測タンパク質 --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --output-dir /tmp/pp --target query.profRdb --target loctree3

予測タンパク質 --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --output-dir /tmp/pp

キャッシュ 例
結果をキャッシュに保存し、ファイルの保存は気にしない -- 出力ディレクトリ:
予測プロテイン --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --use-cache --setacl g:rostlab:7

キャッシュストアにない場合は、キャッシュから結果を取得します。 -- 出力ディレクトリ:
予測プロテイン --seqfile /usr/share/doc/predictprotein/examples/tquick.fasta --method=norsp,win=100 --use-cache --setacl g:rostlab:7 --output-dir /tmp/pp

ENVIRONMENT

タンパク質の予測
他の設定を上書きして使用する predictproteinrc 設定ファイルの場所
ファイル

onworks.net サービスを使用して、predictprotein をオンラインで使用します。