これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド core_conservation です。
プログラム：
NAME
Score_conservation - タンパク質配列保存のスコア
SYNOPSIS
スコア_コンサベーション [オプション] ALIGNFILE
DESCRIPTION
タンパク質配列の保存性をスコア化する アラインファイル. アラインファイル FASTA、CLUSTAL、または
ストックホルム形式。
次の保存スコアリング方法が実装されています。
* ペアの合計
* ペアの加重合計
* シャノンのエントロピー
* プロパティ グループ化によるシャノン エントロピー (Mirny and Shakhnovich 1995、
ヴァルダーとソーントン、2001)
* プロパティグループによる相対エントロピー (Williamson 1995)
* フォン・ノイマンのエントロピー (Caffrey et al 2004)
* 相対エントロピー (Samudrala and Wang 2006)
* ジェンセンとシャノンの相違 (Capra and Singh 2007)
推定された逐次保存を組み込んだウィンドウベースの拡張機能
各列のスコアに含まれる隣接する残基も示されます。 このウィンドウアプローチでは、
保存スコアリング方法のいずれかに適用できます。
デフォルトパラメータの場合 スコア保存(1) の保存スコアを計算します。
ジェンセン・シャノン発散とウィンドウを使用した位置合わせ -w of 3.
シーケンス固有の出力は、次の保存入力として使用できます。 凹面とします。
保存は、触媒部位と結合付近の残基を特定する際に非常に予測的です。
リガンド。
参考文献
Capra JA および Singh M. 配列からの機能的に重要な残基の予測
保全。 バイオインフォマティクス、 23(15):1875-82、2007。
OPTIONS
-名前]
参考配列。 名前付きシーケンスを参照してスコアを出力します (ギャップは無視します)。
デフォルトでは列全体が印刷されます。
-b [0-1]
ウィンドウヒューリスティック線形結合用のラムダ。 デフォルト=.5.
方程式：
「スコア = (1 - ラムダ) * ウィンドウ周囲の平均スコア + ラムダ *
スコア_中”
-d [ファイル]
バックグラウンド配布ファイル、例: ディストリビューション/swissprot.distribution.
デフォルト = 内蔵 BLOSUM62。
-g [0-1)]
ギャップカットオフ。 ギャップ カットオフ分数を超えるギャップを含む列にはスコアを付けません。
デフォルト=.3.
-h ヘルプを出力します。
-l [true|false]
シーケンスの重み付けを使用します。 デフォルト=true.
-m [ファイル]
類似度マトリックス ファイル、例: マトリックス/blosum62.bla または.qij。 デフォルト=マトリックス/blosum62.bla.
いくつかの方法、例えば js_divergence、これは使用しないでください。
-n [true|false]
スコアを正規化します。 各列の生スコアの Z スコア (位置合わせ上) を出力します。
デフォルト=false.
-o ファイル
出力ファイル。 デフォルト: 標準出力ストリーム。
-p [true|false]
ギャップペナルティを使用します。 ギャップを含む列のスコアを、
ギャップのあるシーケンスの合計重み。 デフォルト=true.
-s [方法]
保全推定手法の一つ。 シャノン_エントロピー プロパティエントロピー
property_relative_entropy vn_entropy 相対エントロピー js_divergence ペアの合計.
デフォルト=js_divergence.
-w [0-INT]
ウィンドウのサイズ。 ウィンドウに含まれる両側の残基の数。 デフォルト=3.
例
注: を実行する前に、サンプル データ ファイルをコピーして解凍する必要がある場合があります。
以下の例。
以下の Jensen-Shannon 発散を使用して、アライメントの保存スコアを計算します。
デフォルト設定を使用してスコアを印刷します。
スコア_conservation /usr/share/doc/conservation-code/examples/2plc__hssp-filtered.aln
ジェンセン・シャノン発散、サイズ 3 のウィンドウ (どちらかの側) を使用してアライメントをスコアリングします。
残留物)、および swissprot バックグラウンド分布:
スコア_コンサベーション -s js_divergence -w 3 -d \
/usr/share/conservation-code/distributions/swissprot.distribution \
/usr/share/doc/conservation-code/examples/2plc__hssp-filtered.aln
onworks.net サービスを使用してオンラインでスコア_コンサベーションを使用する
