これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、MAC OS オンライン エミュレーターなど、複数の無料オンライン ワークステーションのいずれかを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド substitch.pl です。
プログラム：
NAME
substitch.pl -- ステッチ ファイルをステッチ ファイルに分割/マージする
SYNOPSIS
substitch.pl --split 5 allchromosomes.stitch #大きなステッチをほぼ均等に 5 つに分割
チャンク
substitch.pl --project allspecies.seqs sub.anchors #いくつかのアンカーを別の場所に投影する
座標空間 (ステッチ コンポーネント シーケンスが一致する限り)
OPTIONS
--verbose => より冗長になります --faketfidf => スコア統計に基づく偽の tfidf スコア
file
分割に関する注意: このプログラムは、最適な分割を生成するとは主張していません。 それは
ヒューリスティックを組み合わせ、結果を絞り込み、これまでに見つかった最良の配置を選択します。
技術的には、これは従来の「トランク パッキング問題」のバリエーションです。
少なくとも抽象的なケースでは) 15-251 を正しく覚えていれば、NP 困難です。 この特定の
ただし、さまざまなトランクパッキングは、より速く解決できるように思われます（最悪の場合、一部
n^k 動的計画法だと思いますが、この方法の方が速くて簡単だと思います
そこにあるケースの90％を書いてください）。 これを読んでいる人が「バカ、これは
すでに何千回も解決されています」というメッセージが表示された場合、その方法を教えてください: [メール保護]
onworks.net サービスを使用してオンラインで substitch.pl を使用する
