これは、Ubuntu Online、Fedora Online、Windows オンライン エミュレーター、または MAC OS オンライン エミュレーターなどの複数の無料オンライン ワークステーションの XNUMX つを使用して、OnWorks 無料ホスティング プロバイダーで実行できるコマンド theseus_align です。
プログラム：
NAME
theseus_align - タンパク質を重ね合わせる簡単で汚い方法
SYNOPSIS
テセウス_アライン [テセウス オプション] -NS pdbfile1.pdb pdbfile2.pdb ...
OPTIONS
スクリプトに指定されたオプションは、 テセウス。 完全な説明については、
のマニュアルページを参照してください テセウス とします。
DESCRIPTION
このマニュアル ページでは、スクリプトについて簡単に説明します。 テセウス_アライン、迅速な操作のために設計されています。
そして、異なる配列を持つタンパク質を ML で重ね合わせる汚い方法です。 とてもうまくいくはずです
タンパク質配列が比較的類似している場合は、ML 法でも問題はありませんが、
シーケンスが適度に発散している場合、最小二乗法よりもはるかに良い結果が得られます。
技術的には、この手順により、シーケンスベースの構造ベースの重ね合わせが行われます。
アライメント。 それ ありません 構造ベースの位置合わせを実行します。
まず、スクリプトで使用するのは、 テセウス に対応する FASTA 形式のシーケンス ファイルを作成します。
あなたが提供する pdb ファイルにある正確なタンパク質配列。
次に、これらの配列は、ソフトウェアの複数配列アラインメント プログラムを使用してアラインメントされます。
選択。 このスクリプトは、CLUSTALW、T_COFFEE、KALIGN、DIALIGN2、または
農林水産省生成できる限り、任意の多重配列アラインメント プログラムを使用できます。
clustal 形式のファイル。 ただし、私はどちらの場合にも、ボブ・エドガーの MUSCLE プログラムを強くお勧めします。
そのスピードと正確さ。 (詳細については、を参照してください http://www.drive5.com/muscle/ .)
第三に、 テセウス 配列アライメントを使用して構造の重ね合わせを実行します。
ガイド。
インストールされているバージョン テセウス_アライン 使用されます 筋肉 (1) 複数のシーケンスを実行する場合
アライメント。 上記の他のプログラムのいずれかを使用したい場合は、次のことを行う必要があります。
スクリプトを独自のディレクトリにコピーして編集します。
onworks.net サービスを使用してオンラインで theseus_align を使用する
