これはコマンドTransDecoder.Predictであり、Ubuntu Online、Fedora Online、Windowsオンラインエミュレーター、MACOSオンラインエミュレーターなどの複数の無料オンラインワークステーションのXNUMXつを使用してOnWorks無料ホスティングプロバイダーで実行できます。
プログラム：
NAME
トランスデコーダー-トランスクリプトームタンパク質予測
USAGE
必須：
-NS トランスクリプト.fasta
一般的なオプション：
--retain_long_orfs 他の証拠がなくても、これらの多くのヌクレオチドと等しいかそれより長いことがわかったすべてのORFを保持する
コーディングとしてマークします（デフォルト：900 bp => 300aa）
--retain_pfam_hits /path/to/pfam_db.hmmを検索します
hmmscanを使用する（PATH設定からアクセスできる必要があります）
--retain_blastp_hits
詳細オプション
- 列車タンパク質同定のためにマルコフModをトレーニングするためのORFを含むFASTAファイル。 それ以外は
使用された最長の非冗長ORF
-T --trainがない場合、マルコフモデルをトレーニングするための最も長いORF（hexamer stats）（デフォルト：500）
2015-12-28 TRANSDECODER.Predict(1)
TransDecoder.Predictをonworks.netサービスを使用してオンラインで使用する
