twofate - クラウド上のオンライン

プログラム：

NAME

twofeat - シーケンス内で隣接する特徴のペアを検索します

SYNOPSIS

二偉業 -シーケンス セコール [-ソース string] -atype string [-アセンス リスト] [-アミンスコア フロート]
[-アマックススコア フロート] [-aタグ string] [-価値 string] [-ソース string] -btype string
[-ブセンス リスト] [-bminscore フロート] [-bmaxscore フロート] [-btag string]
[-b値 string] [-オーバーラップ リスト] -最小範囲 整数 -最大範囲 整数
[-rangetype リスト] [-センス リスト] [-注文 リスト] [-ツーアウト トグル] -タイプアウト string
-outfile レポート

二偉業 -助けて

DESCRIPTION

二偉業 EMBOSS（「EuropeanMolecular BiologyOpen」のコマンドラインプログラムです。
ソフトウェアスイート」）。 これは、「フィーチャ テーブル」コマンド グループの一部です。

OPTIONS

入力
-シーケンス セコール

名 簡潔な オプション
-ソース string
デフォルトでは、フィーチャ テーブル内のすべてのフィーチャ ソースが許可されます。 これを次のように設定できます
許可するフィーチャ ソースと一致します。 ソース名は通常、次のいずれかの名前です。
機能を検出したプログラムの、または機能テーブル (例: EMBL)
この機能はから来ました。 ソースは「*」を使用してワイルドカード化できます。 許可したい場合は
複数のソースの場合は、名前を文字「|」で区切ります。例:gene* | エンブレム
デフォルト値：*

-atype string
デフォルトでは、機能テーブル内のすべての機能が許可されます。 これは任意に設定できます
許可する機能のタイプ。 見る http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ リストの
EMBL 機能タイプについては、Swissprot ユーザー マニュアルの付録 A を参照してください。
http://www.expasy.org/sprot/userman.html Swissprot 機能タイプのリストについては、「Swissprot 機能タイプのリスト」を参照してください。
タイプは「*」を使用してワイルドカード化できます。 複数のタイプを許可したい場合は、
名前は文字「|」で区切ります。例: *UTR | イントロン デフォルト値: *

-アセンス リスト
デフォルトでは、あらゆる機能センスが許可されます。 求められるセンスに合わせて設定できます。

-アミンスコア フロート
これが最大スコア以上の場合、任意のスコアが許可されます。
デフォルト値：0.0

-アマックススコア フロート
これが最大スコア以下の場合、任意のスコアが許可されます。
デフォルト値：0.0

-aタグ string
タグは、機能が持つ可能性のある追加の値のタイプです。 たとえばEMBLでは
特徴テーブルでは、「CDS」タイプの特徴にはタグ「/codon」、「/codon_start」、
'/db_xref'、'/EC_number'、'/evidence'、'/例外'、'/function'、'/gene'、'/label'、
'/map'、'/note'、'/number'、'/partial'、'/product'、'/protein_id'、'/pseudo'、
'/standard_name'、'/translation'、'/transl_Except'、'/transl_table'、または '/usedin'。
これらのタグの一部には値も含まれます。たとえば、「/gene」には、
遺伝子名。 デフォルトでは、機能テーブル内のすべての機能タグが許可されます。 設定できます
これは、許可したい機能タグと一致します。 タグは次を使用してワイルドカード化できます。
「*」。 複数のタグを許可する場合は、名前を文字で区切ります。
'|'、例: 遺伝子 | ラベル デフォルト値: *

-価値 string
タグ値は、機能タグに関連付けられた値です。 タグはエクストラの種類です
特徴が持つ可能性のある値。 たとえば、EMBL 機能テーブルでは、「CDS」タイプの
機能にはタグ「/codon」、「/codon_start」、「/db_xref」、「/EC_number」が含まれる場合があります。
'/evidence'、'/Exception'、'/function'、'/gene'、'/label'、'/map'、'/note'、'/number'、
'/partial'、'/product'、'/protein_id'、'/pseudo'、'/standard_name'、'/translation'、
'/transl_Except'、'/transl_table'、または '/usedin'。 これらのタグの一部のみを含めることができます
値、たとえば「/gene」には遺伝子名の値を含めることができます。 デフォルトではいずれか
機能テーブル内の機能タグ値が許可されます。 これを任意に一致するように設定できます
許可する機能タグの値。 タグ値は「*」を使用してワイルドカード化できます。 もし
複数のタグ値を許可したい場合は、名前を文字で区切ります。
'|'、例: pax* | 10 デフォルト値: *

秒 簡潔な オプション
-ソース string
デフォルトでは、フィーチャ テーブル内のすべてのフィーチャ ソースが許可されます。 これを次のように設定できます
許可するフィーチャ ソースと一致します。 ソース名は通常、次のいずれかの名前です。
機能を検出したプログラムの、または機能テーブル (例: EMBL)
この機能はから来ました。 ソースは「*」を使用してワイルドカード化できます。 許可したい場合は
複数のソースの場合は、名前を文字「|」で区切ります。例:gene* | エンブレム
デフォルト値：*

-btype string
デフォルトでは、機能テーブル内のすべての機能が許可されます。 これは任意に設定できます
許可する機能のタイプ。 見る http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ リストの
EMBL 機能タイプについては、Swissprot ユーザー マニュアルの付録 A を参照してください。
http://www.expasy.org/sprot/userman.html Swissprot 機能タイプのリストについては、「Swissprot 機能タイプのリスト」を参照してください。
タイプは「*」を使用してワイルドカード化できます。 複数のタイプを許可したい場合は、
名前は文字「|」で区切ります。例: *UTR | イントロン デフォルト値: *

-ブセンス リスト
デフォルトでは、あらゆる機能センスが許可されます。 求められるセンスに合わせて設定できます。

-bminscore フロート
これが最大スコア以上の場合、任意のスコアが許可されます。
デフォルト値：0.0

-bmaxscore フロート
これが最大スコア以下の場合、任意のスコアが許可されます。
デフォルト値：0.0

-btag string
タグは、機能が持つ可能性のある追加の値のタイプです。 たとえばEMBLでは
特徴テーブルでは、「CDS」タイプの特徴にはタグ「/codon」、「/codon_start」、
'/db_xref'、'/EC_number'、'/evidence'、'/例外'、'/function'、'/gene'、'/label'、
'/map'、'/note'、'/number'、'/partial'、'/product'、'/protein_id'、'/pseudo'、
'/standard_name'、'/translation'、'/transl_Except'、'/transl_table'、または '/usedin'。
これらのタグの一部には値も含まれます。たとえば、「/gene」には、
遺伝子名。 デフォルトでは、機能テーブル内のすべての機能タグが許可されます。 設定できます
これは、許可したい機能タグと一致します。 タグは次を使用してワイルドカード化できます。
「*」。 複数のタグを許可する場合は、名前を文字で区切ります。
'|'、例: 遺伝子 | ラベル デフォルト値: *

-b値 string
タグ値は、機能タグに関連付けられた値です。 タグはエクストラの種類です
特徴が持つ可能性のある値。 たとえば、EMBL 機能テーブルでは、「CDS」タイプの
機能にはタグ「/codon」、「/codon_start」、「/db_xref」、「/EC_number」が含まれる場合があります。
'/evidence'、'/Exception'、'/function'、'/gene'、'/label'、'/map'、'/note'、'/number'、
'/partial'、'/product'、'/protein_id'、'/pseudo'、'/standard_name'、'/translation'、
'/transl_Except'、'/transl_table'、または '/usedin'。 これらのタグの一部のみを含めることができます
値、たとえば「/gene」には遺伝子名の値を含めることができます。 デフォルトではいずれか
機能テーブル内の機能タグ値が許可されます。 これを任意に一致するように設定できます
許可する機能タグの値。 タグ値は「*」を使用してワイルドカード化できます。 もし
複数のタグ値を許可したい場合は、名前を文字で区切ります。
'|'、例: pax* | 10 デフォルト値: *

機能 関係 オプション
-オーバーラップ リスト
これにより、フィーチャ A と B の許容されるオーバーラップを指定できます。
重複があるかないか、重複する必要があるか重複してはならない、重複する必要があるか重複しないかを指定する
別のフィーチャ内に完全に囲まれていないこと。 デフォルト値: A

-最小範囲 整数
これが「maxrange」以上の場合、最小範囲または最大範囲は指定されません。

-最大範囲 整数
これが「minrange」以下の場合、最小範囲または最大範囲は指定されません。

-rangetype リスト
これにより、許容される最小値または最大値を開始する位置を指定できます。
フィーチャ間の距離が測定されます。 デフォルト値: N

-センス リスト
これにより、XNUMX つの機能がオンでなければならないという必要な意味を指定できます。 これ
タンパク質配列の特徴を調べるときは無視されます (常に「Any」)。 デフォルト値: A

-注文 リスト
これにより、XNUMX つの機能の必要な順序を指定できます。 注文は
フィーチャの開始位置から測定されます。 この基準は常に適用されます
指定されたオーバーラップ タイプが必要であるにもかかわらず。 デフォルト値: A

出力
-ツーアウト トグル
これを true に設定すると、XNUMX つの機能自体が書き出されます。 もしも
false のままにすると、XNUMX つの機能をカバーする XNUMX つの機能が書き出されます。
あなたが見つけた機能。 デフォルト値: N

-タイプアウト string
見つかった特徴のペアを次のように報告するように指定した場合、
出力に XNUMX つの機能がある場合、新しい機能の「タイプ」名を指定できます
ここ。 デフォルトでは、機能テーブル内のすべての機能が許可されます。 見る
http://www.ebi.ac.uk/embl/WebFeat/ EMBL機能タイプのリストについては、を参照してください。
のSwissprotユーザーマニュアルの付録A http://www.expasy.org/sprot/userman.html
Swissprot 機能タイプのリストについては、「Swissprot 機能タイプのリスト」を参照してください。 無効な機能タイプを指定した場合
name を指定した場合、デフォルト名「misc_feature」が使用されます。 デフォルト値:misc_feature

-outfile レポート

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