これは、オンライン Linux で実行する自動細胞系統再構成という名前の Linux アプリで、最新リリースは testData.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
自動細胞系統再構成という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linux でオンラインで実行する自動細胞系統再構築
DESCRIPTION
Amat et al.、Nature Methods、2014* より:「複雑な多細胞生物における細胞系統の包括的な再構成は、発生生物学の中心的な目標です。私たちは、細胞核のセグメンテーションと追跡を高精度かつ高速で行うためのオープンソースの計算フレームワークを提示します。私たちは、再構成することによって、その (1) 一般性を実証します。」 2 種類の異なる蛍光顕微鏡で取得したショウジョウバエ、ゼブラフィッシュ、およびマウス胚の 20,000 次元テラバイトサイズの画像データの細胞系統、(26,000) 時点ごとに最大 1 個の細胞を使用して発達の高度な段階を分析することによる拡張性(3) すべてのデータ セットにわたって 97.0 つのパラメータのみを調整し、効率的なデータ キュレーションのための視覚化および編集ツールを提供することにより、使いやすさを実現します。当社のアプローチは、平均 XNUMX% のリンク精度を達成します。すべての種と画像診断法にわたって。」
*このコードを研究に使用する場合は、この論文を引用してください。
Audience
科学/研究、エンドユーザー/デスクトップ
ユーザーインターフェース
コンソール/ターミナル
プログラミング言語
C ++、C
これは https://sourceforge.net/projects/tgmm/ から取得することもできるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
