これは codonPhyML という名前の Linux アプリで、最新リリースは codonPhyML_dev_1.00_201407.24.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
codonPhyML という名前のこのアプリを OnWorks で無料でオンラインでダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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コドンPhyML
DESCRIPTION
codonPhyMLは、系統再構成における進化のマルコフコドンモデルを使用します。 入力としてDNA配列によって特徴付けられる種のセットが与えられると、codonPhyMLは、それらの進化的関係を最もよく表す系統樹を返します。 codonPhyMLに関する論文が、ジャーナル「Molecular Biology andEvolution」（MBE）に掲載されました。 詳細については、次のリンクをたどってください。 http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/6/1270。 codonPhyMLはMBEの表紙を飾っています！ これをチェックしてください（2013年XNUMX月）： http://mbe.oxfordjournals.org/content/30/8.toc.CodonPhyMLのマルチモデルバージョンの場合は、「codonphyml_multi.tgz」tarballを使用してください。
特徴
- 進化のマルコフコドンモデル：Goldman＆Yang 1994、Muse＆Gaut 1994、Kosiol et al 2007、Schneider et al 2005、Yap et al 2010
- NNIおよびSPRツリートポロジ検索ヒューリスティック
- 最尤法によって推定された置換率パラメーター
- OpenMPによるマルチコアサポート
- 異なるモデル（つまり、AA、NT、およびCODON）間で比較可能な可能性
Audience
科学/研究、教育
ユーザーインターフェース
コンソール/ターミナル、コマンドライン
プログラミング言語
C
これは、https：//sourceforge.net/projects/codonphyml/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
