これはGMcloserという名前のLinuxアプリで、最新リリースはGMcloser-1.6.2.tar.gzとしてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティングプロバイダーOnWorksでオンラインで実行できます。
OnWorksでGMcloserという名前のこのアプリを無料でダウンロードしてオンラインで実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
GMクローザー
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DESCRIPTION
GMcloserは、スキャフォールドアセンブリ、特に次世代シーケンシング（NGS）リードを使用した全ゲノムのdenovoアセンブリによって生成されたギャップを埋めて閉じます。 NGSリードのみを使用する他のギャップクロージングツールとは異なり、GMcloserは、事前にアセンブルされたコンティグセットまたはロングリードセットをシーケンスとして使用してギャップを閉じ、ペアエンド（PE）リードと尤度ベースのアルゴリズムを使用してギャップの精度と効率を向上させます閉鎖。 ギャップクロージャーの効率は、異なるコンティグセットでの連続処理によって向上させることができます。付属のパッケージGMvalueは、コンティグとスキャフォールドの誤組み立て箇所を特定するためのツールです。 他の関連ツールとは異なり、GMvalueはいくつかのオプションでミスアセンブリカテゴリを定義でき、大きなサイズのゲノムのアセンブリに適用できます。 -eオプションを使用することにより、GMvalueは、誤ったアセンブルを分割または修正することにより、エラーのないアセンブリも生成します。
これは、https：//sourceforge.net/projects/gmcloser/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
