これは Linux オンラインで実行するための MspJI-seq_pipeline1.0 という Linux アプリで、最新リリースは pipeline1.0.tar.gz としてダウンロードできます。ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
MspJI-seq_pipeline1.0 というこのアプリをオンラインでダウンロードして実行すると、OnWorks を使用して Linux で無料でオンラインで実行できます。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
Linux でオンラインで実行するための MspJI-seq_pipeline1.0
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DESCRIPTION
MspJI-seq_pipeline1.0は、DNAメチル化研究におけるMspJI消化シーケンシングのパイプラインです。 次世代シーケンシングと組み合わせた修飾依存性制限エンドヌクレアーゼMspJI消化は、ハイスループットリードを参照配列にマッピングすることにより、ゲノム内の「CNNR」シトシン位置のメチル化状態を推定できます。 MspJI-seq_pipeline1.0は、MspJI-seqのこれらの特別な特性を処理するための汎用マッピングプログラムとして設計されています。 そのアラインメントはオープンソースプログラムSOAP（Short Oligo Alignment Program）に基づいており、mCNNRサイトの認識はperlの正規表現によって実行されます。Audience
科学/研究
プログラミング言語
パール
データベース環境
フラットファイル
これは、https：//sourceforge.net/projects/mspjiseqpipelin/からも取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティングシステムのXNUMXつから最も簡単な方法でオンラインで実行するために、OnWorksでホストされています。
