これは、Linux オンラインで実行する ParamIT という名前の Linux アプリで、最新リリースは ParamITPack-1.0.tar.bz2 としてダウンロードできます。ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
ParamIT という名前のこのアプリをオンラインでダウンロードして実行し、OnWorks を使用して Linux でオンラインで無料で実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
スクリーンショットは
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Linux でオンラインで実行する ParamIT
DESCRIPTION
ParamIT は、CHARMM 一般力場 (CGenFF) プロトコル内で、ドラッグのような小さな分子の分子機械力場パラメータ化の開発を支援するツールキットです。 開発されたツールキットは、1) 量子力学および分子力学プログラム用の複数の入力ファイルの作成を自動化し、2) 出力分析を自動化し、3) 完全な MM プログラムの使用をより高速な専用プログラムに置き換えることで研究者を支援します。 開発されたツールには、1) グラフィカル ユーザー インターフェイス (GUI) による分子と水の複合体の生成、2) シンボリックな位置エネルギー分布行列と最適化された内部座標の比較を使用した半自動周波数解析、3) 4 つのモードによる電荷フィッティングのための GUI が含まれます。 : 手動、モンテカルロ サンプリングまたはブルート フォース、および XNUMX) 二面体項フィッティング用の GUI。 これらのツールを使用すると、労力が減り、手動入力エラーが減り、正確な MM パラメータ化作業に必要な時間が短縮されます。Audience
科学/研究
ユーザーインターフェース
コマンドライン、Tk
プログラミング言語
C、Python
これは https://sourceforge.net/projects/paramit/ から取得することもできるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
