これは ProGraphMSA という名前の Linux アプリで、最新リリースは ProGraphMSA-20130709.tar.gz としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
ProGraphMSA という名前のこのアプリを OnWorks で無料でオンラインでダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOnWorksLinuxオンラインまたはWindowsオンラインエミュレーターまたはMACOSオンラインエミュレーターを起動します。
-5。起動したばかりのOnWorksLinux OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードし、インストールして実行します。
プログラムMSA
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DESCRIPTION
ProGraphMSA は、ガイド ツリーの分岐パターンにおける選択的スプライシングとエラーを許容することで堅牢性を維持しながら、系統発生学的に意味のあるギャップ パターンを生成する最先端の複数配列アライメント ツールです。 これは、POA と同様にグラフベースの配列表現を組み込み、それを Prank の系統認識アルゴリズムの利点と組み合わせることで実現されます。 さらに、推定されたアミノ酸頻度を使用し、CS-Blast のようにコンテキスト固有のプロファイルを実装することにより、置換パターンの変動を考慮します。ProGraphMSA の最新バージョンには、タンデム反復単位の挿入と削除をサポートするためのアライメント モデルの拡張機能が含まれています。
これは https://sourceforge.net/projects/prographmsa/ から取得できるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
