これは kSNP という名前の Windows アプリで、最新リリースは kSNP4.1-source-code.zip としてダウンロードできます。 ワークステーション用の無料ホスティング プロバイダー OnWorks でオンラインで実行できます。
kSNP with OnWorks という名前のこのアプリをオンラインで無料でダウンロードして実行します。
このアプリを実行するには、次の手順に従ってください。
-1。このアプリケーションをPCにダウンロードしました。
--2。ファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXに必要なユーザー名を入力します。
-3。このアプリケーションをそのようなファイルマネージャにアップロードします。
-4。このWebサイトからOSOnWorksオンラインエミュレーターを起動しますが、Windowsオンラインエミュレーターの方が優れています。
-5。起動したばかりのOnWorksWindows OSから、必要なユーザー名でファイルマネージャーhttps://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXXにアクセスします。
-6。アプリケーションをダウンロードしてインストールします。
-7.LinuxディストリビューションソフトウェアリポジトリからWineをダウンロードします。 インストールしたら、アプリをダブルクリックして、Wineで実行できます。 また、人気のあるWindowsプログラムやゲームのインストールに役立つWine上の豪華なインターフェイスであるPlayOnLinuxを試すこともできます。
WineはLinux上でWindowsソフトウェアを実行する方法ですが、Windowsは必要ありません。 Wineは、任意のLinuxデスクトップでWindowsプログラムを直接実行できるオープンソースのWindows互換性レイヤーです。 基本的に、Wineは、実際にWindowsを必要とせずに、これらすべてのWindowsアプリケーションを実行できるように、十分な数のWindowsを最初から再実装しようとしています。
kSNP
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DESCRIPTION
kSNP4 は、一連のゲノム配列内のパンゲノム SNP を識別し、それらの SNP に基づいて系統樹を推定します。 SNP の発見は k-mer 解析に基づいており、複数の配列アラインメントや参照ゲノムの選択を必要としないため、kSNP4 は数百の微生物ゲノムを入力として受け取ることができます。 SNP 遺伝子座は、中心の SNP 対立遺伝子を囲む長さ k のオリゴによって定義されます。 kSNP100 は、組み立てられたコンティグまたは組み立てられていない生のリードにおける完全な (完成した) ゲノムと未完成のゲノムの両方を分析できます。 完成したゲノムと未完成のゲノムを一緒に分析することができ、kSNP は完成したゲノムの Genbank ファイルを自動的にダウンロードし、それらのファイル内の情報を SNP アノテーションに組み込むことができます。
kSNP4 の使用にプログラミングのスキルは必要ありません
ガードナー、SN およびホール、BG、2013。 PLoS ONE、8(12):e81760.doi:10.1371/journal.pone.0081760
ガードナー、SN、T.スレザック、BG ホール。 2015 バイオインフォマティクス 31: 2877-2878 doi: 10.1093/bioinformatics/btv271
カテゴリー
これは https://sourceforge.net/projects/ksnp/ から取得することもできるアプリケーションです。 無料のオペレーティング システムの XNUMX つから最も簡単な方法でオンラインで実行できるように、OnWorks でホストされています。
