abyss-pe - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

abyss-pe - 읽기를 contig로 어셈블

개요

심연 [OPTION]... [매개 변수=VALUE]... [MAKE_TARGET] ...

기술

입력 파일의 읽기를 contig로 조립합니다. 읽기는 FASTA, FASTQ,
qseq, 내보내기, SRA, SAM 또는 BAM 형식이며 gz, bz2 또는 xz로 압축될 수 있으며 다음과 같을 수 있습니다.
타르

abyss-pe는 Makefile 스크립트입니다. make의 모든 옵션은 abyss-pe와 함께 사용할 수도 있습니다.

파라미터 of 심연
name, 직업 이름
이 어셈블리의 이름입니다. 결과 스캐폴드는 다음 위치에 저장됩니다.
${이름}-비계.fa.

in 입력 파일. 단일 라이브러리에서 데이터를 어셈블할 때 이 변수를 사용하십시오.

lib 공백으로 구분된 쌍을 이루는 라이브러리 이름의 인용된 목록입니다. 이 변수 사용
여러 쌍의 끝 라이브러리에서 데이터를 수집할 때. 의 각 라이브러리 이름에 대해
lib에서 사용자는 명령줄에서 같은 이름으로 변수를 정의해야 합니다.
해당 라이브러리에 대한 읽기 파일을 나타냅니다. 보다 사용 예 콘크리트 아래
사용 예.

pe unitig를 병합하는 데에만 사용될 페어드 엔드 라이브러리 목록
contigs이며 합의 순서에 기여하지 않습니다.

mp 스캐폴딩에 사용될 메이트 쌍 라이브러리 목록. 메이트 쌍 라이브러리
합의 순서에 기여하지 마십시오.

긴 재스캐폴딩에 사용될 긴 시퀀스 라이브러리의 목록입니다. 긴 시퀀스
라이브러리는 합의 순서에 기여하지 않습니다.

se 단일 엔드 읽기가 포함된 파일

a 거품의 최대 가지 수 [2]

b 기포의 최대 길이(bp) [10000]

c 단위의 최소 평균 k-mer 범위 [sqrt(중앙값)]

d 거리 추정치의 허용 오차(bp) [6]

e 최소 침식 k-mer 범위 [sqrt(중앙값)]

E 가닥당 최소 침식 k-mer 적용 범위 [1]

j 스레드 수 [2]

k k-mer의 크기(K가 설정되지 않은 경우) 또는 k-mer 쌍의 범위(K가 설정된 경우)

K k-mer 쌍에서 단일 k-mer의 크기(bp)

l 읽기의 최소 정렬 길이(bp) [k]

m 두 단위의 최소 중첩(bp) [30]

n contig 구축에 필요한 최소 쌍 수 [10]

N 건설 비계에 필요한 최소 쌍 수 [n]

p 거품의 최소 시퀀스 동일성 [0.9]

q 트리밍 시 최소 기본 품질 [3]
품질이 q보다 낮은 읽기의 끝에서 베이스를 자릅니다.

Q 최소 기본 품질 [0]
품질이 Q보다 낮은 모든 읽기 기반을 'N'으로 마스킹합니다.

s contig 구축에 필요한 최소 단위 크기(bp) [200]
시드 길이는 k 값의 XNUMX배 이상이어야 합니다. 더 많은 시퀀스가 ​​있는 경우
예상 게놈 크기보다 조립되면 s를 늘려보십시오.

S 스캐폴드를 구축하는 데 필요한 최소 콘티그 크기(bp) [s]

SS SS=--SS를 사용하여 가닥별 모드로 조립
모든 라이브러리가 가닥 특이적 RNA-Seq 라이브러리여야 합니다. 가정한다
읽기 쌍의 첫 번째 읽기는 역순으로 WRT로 순서가 지정됩니다.

t 최소 팁 크기(bp) [2k]

v v=-v는 자세한 로깅을 활성화합니다.

np, NS슬롯
MPI 어셈블리의 프로세스 수

음피룬 엠피룬으로 가는 길

정렬 자
읽기를 contigs [map]에 정렬하는 데 사용할 프로그램입니다.
허용되는 값은 map, kaligner, bwa, bwasw, bowtie, bowtie2, dida입니다. 참조
디다 did 옵션에 대한 추가 정보는 아래 섹션을 참조하십시오.

cs 색상 공간 콘티그를 조립 후 뉴클레오타이드 콘티그로 변환

옵션 of 확인
-n, -건조
실행될 명령을 인쇄하지만 실행하지는 마십시오.

확인 목표 for 심연
디폴트 값
'scaffolds scaffolds-dot stats'와 동일합니다.

단위
유닛을 조립합니다.

단위 점
단위 중첩 그래프를 출력합니다.

페삼 paired-end 읽기를 unitig에 매핑하고 SAM 파일을 출력합니다. SAM 파일은
다른 contig에 대한 읽기 매핑과 읽기 ID, 시퀀스 및 품질을 포함합니다.
문자열은 '*' 문자로 대체됩니다.

페밤 paired-end 읽기를 unitig에 매핑하고 BAM 파일을 출력합니다. BAM 파일은
다른 contig에 대한 읽기 매핑과 읽기 ID, 시퀀스 및 품질을 포함합니다.
문자열은 '*' 문자로 대체됩니다.

pe 인덱스
abyss-map에서 사용하는 단위의 인덱스를 생성합니다.

콘티그
콘티그를 조립합니다.

연속점
연속 중첩 그래프를 출력합니다.

MP-샘 메이트 쌍 읽기를 contig에 매핑하고 SAM 파일을 출력합니다. SAM 파일은
다른 contig에 대한 읽기 매핑과 읽기 ID, 시퀀스 및 품질을 포함합니다.
문자열은 '*' 문자로 대체됩니다.

MP 밤 메이트 쌍 읽기를 contig에 매핑하고 BAM 파일을 출력합니다. BAM 파일은
다른 contig에 대한 읽기 매핑과 읽기 ID, 시퀀스 및 품질을 포함합니다.
문자열은 '*' 문자로 대체됩니다.

MP 인덱스
abyss-map에서 사용하는 contig의 인덱스를 생성합니다.

발판
비계를 조립합니다.

비계 점
스캐폴드 겹침 그래프를 출력합니다.

비계
스캐폴드를 깨고 AGP 파일을 생성합니다.

긴 스카프
RNA-Seq 조립된 contig를 사용하여 재스캐폴드.

긴 비계 점
RNA 스캐폴드 겹침 그래프를 출력합니다.

통계 어셈블리 연속성 통계를 표시합니다.

황어 무리 중간 파일을 제거합니다.

버전
abyss-pe의 버전을 표시합니다.

버전
abyss-pe에서 사용하는 모든 프로그램의 버전을 표시합니다.

도움 유용한 메시지를 표시합니다.

디다

ABySS는 MPI 기반의 DIDA(Distributed Indexing Dispatched Alignment) 사용을 지원합니다.
여러 기계에서 시퀀스 정렬을 계산하기 위한 정렬 프레임워크. 사용
ABySS가 있는 DIDA, 먼저 DIDA를 다운로드하여 설치하십시오.
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/dida, 다음 값으로 `dida`를 지정하십시오.
전에, 정렬 자 에 매개 변수 심연.

DIDA 관련 심연 매개 변수
DIDA_MPIRUN
DIDA 작업을 실행하는 데 사용되는 `mpirun` 명령입니다.

DIDA_RUN_OPTIONS
MPI 순위당 스레드 수 및 환경 값과 같은 런타임 옵션
변수(예: PATH, LD_LIBRARY_PATH). 목록을 보려면 `abyss-dida --help`를 실행하십시오.
사용 가능한 옵션.

DIDA_OPTIONS
DIDA 바이너리에 직접 전달되는 옵션입니다. 예를 들어 다음을 사용할 수 있습니다.
최소 정렬 길이 임계값을 제어합니다. `dida-wrapper --help`를 실행하십시오.
사용 가능한 옵션 목록.

MPI 호환성
다중 스레딩을 사용하기 때문에 DIDA는 OpenMPI에서 교착 상태 문제가 발생하는 것으로 알려져 있습니다. 사용
MPICH MPI 라이브러리는 DIDA로 어셈블리를 실행할 때 강력히 권장됩니다. 테스트
--enable-threads=funneled로 컴파일된 MPICH 3.1.3으로 수행되었습니다.

예
DIDA에 권장되는 런타임 구성은 시스템당 1 MPI 순위 및 시스템당 1 스레드입니다.
CPU 코어. 예를 들어 각각 3개의 코어가 있는 12개의 클러스터 노드에서 어셈블리를 실행하려면 다음을 수행합니다.

abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa' aligner=dida
DIDA_RUN_OPTIONS='-j12' DIDA_MPIRUN='mpirun -np 3 -ppn 1 -보드에 바인딩'

이 예에서는 `mpirun`에 대해 MPICH 명령줄 옵션을 사용합니다. 여기서 `-np 3`은
MPI 순위의 수, `-ppn 1`은 "노드"당 MPI 순위의 수를 나타내며,
`-bind-to board`는 "노드"를 마더보드(즉, 전체 시스템)로 정의합니다.

환경 변수

명령줄에 지정할 수 있는 모든 매개변수는
환경 변수.

PATH ABySS 실행 파일이 설치된 디렉토리를 포함해야 합니다. 사용 '심연-
pe 버전`을 실행하여 PATH가 올바르게 구성되었는지 확인합니다.

TMPDIR 임시 파일에 사용할 디렉토리를 지정합니다.

스케줄러 완성
ABySS는 다음과 같은 클러스터 작업 스케줄러와 잘 통합됩니다.
* SGE(썬그리드 엔진)
* 휴대용 배치 시스템(PBS)
* 부하 공유 시설(LSF)
* IBM 로드레벨러

SGE 환경 변수 JOB_NAME, SGE_TASK_ID 및 NSLOTS를 사용하여
매개변수 이름은 각각 k와 np이며 다른 스케줄러의 경우에도 유사합니다.

사용 예

한 페어드 엔드 도서관
abyss-pe k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

배수 페어드 엔드 도서관
abyss-pe k=64 이름=에콜리 lib='lib1 lib2' \
lib1='lib1_1.fa lib1_2.fa' lib2='lib2_1.fa lib2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

페어드 엔드 과 짝짝 도서관
abyss-pe k=64 이름=에콜리 lib='pe1 pe2' mp='mp1 mp2' \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' pe2='pe2_1.fa pe2_2.fa' \
mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' mp2='mp2_1.fa mp2_2.fa' \
se='se1.fa se2.fa'

포함 RNA-서열 집합
abyss-pe k=64 이름=에콜리 lib=pe1 mp=mp1 long=long1 \
pe1='pe1_1.fa pe1_2.fa' mp1='mp1_1.fa mp1_2.fa' \
long1=long1.fa

MPI
abyss-pe np=8 k=64 name=ecoli in='reads1.fa reads2.fa'

SGE
qsub -N eoli -t 64 -pe openmpi 8 \
abyss-pe n=10 in='reads1.fa reads2.fa'

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 abyss-pe 사용