Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 bp_run_protdist.plp 명령입니다.
프로그램:
이름
run_neighbor - Bioperl을 통해 Phylip의 'protdist' 프로그램을 실행합니다.
개요
run_protdist [-i 입력파일] [-o 출력파일이름]
기술
protdist를 실행할 정렬 파일을 제공합니다. 파일 이름은 .aln 또는 .phy여야 합니다.
이는 clustalw 정렬을 다음으로 변환해야 하는지 결정하는 데 필요합니다.
필립. bioperl이 사용하는 다른 MSA 형식에서 작동하도록 스크립트를 확장할 수 있습니다.
지원합니다. 이는 매우 간단한 수동 파이프라인에 사용하기 위한 것입니다.
입력 파일의 이름은 프로그램에서 예상하는 file.phy 또는 file.aln 형식으로 지정되어야 합니다.
(\S+)\.(\S+) 형식의 파일입니다.
그러면 aa 단백질을 생성하기 위해 'KIMURA' 공식을 사용하는 'protdist' 애플리케이션이 실행됩니다.
거리 매트릭스. phylip3.6을 사용하는 사람들은 사용하고 싶다면 몇 가지 변경을 원할 것입니다.
JTT. 요청이 있는 경우 cmd 줄 인수로 추가하는 데 도움을 드리겠습니다.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 bp_run_protdist.plp를 사용하세요.
