이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 델타 필터 명령입니다.
프로그램:
이름
delta-filter - nucmer 또는 promer에서 델타 정렬 파일을 읽고
정렬
개요
델타 필터 [옵션]
기술
-1 재배열을 허용하는 일대일 정렬( -r 과 -q 정렬)
-g 재정렬을 허용하지 않는 일대일 전역 정렬
-h 도움말 정보 표시
-i 뜨다
최소 정렬 ID [0, 100] 설정, 기본값 0
-l int 최소 정렬 길이 설정, 기본값 0
-m 재배열을 허용하는 다대다 정렬(Union of -r 과 -q 정렬)
-q 각 쿼리의 각 위치를 참조에서 가장 좋은 히트에 매핑하여 다음을 허용합니다.
참조 중복
-r 각 참조의 각 위치를 쿼리에서 가장 좋은 히트에 매핑하여 다음을 허용합니다.
쿼리 중복
-u float 최소 정렬 고유성, 즉 백분율을 설정합니다.
고유 참조 AND 쿼리 시퀀스 [0, 100]에 일치하는 정렬, 기본값 0
-o 뜨다
에 대한 최대 정렬 겹침 설정 -r 과 -q 퍼센트로 옵션
정렬 길이 [0, 100], 기본값 100
-v 필터를 통과하는 정렬 대신 폐기된 정렬을 인쇄합니다.
-b 지도 중복(XOR of -r 과 -q 정렬, 둘 중 하나 또는 둘 다 아님)
nucmer 또는 promer에서 델타 정렬 파일을 읽고 정렬을 기반으로 필터링합니다.
명령줄 스위치에서 출력되는 원하는 정렬만 남겨둡니다.
입력과 동일한 델타 형식의 stdout. 여러 스위치의 경우 작업 순서
다음과 같습니다 : -i -l -u -q -r -g -m -1 -b. 정렬이 이전에 의해 제외된 경우
다음 작업에서는 무시됩니다.
사이의 중요한 차이점 -g 옵션과 -1 과 -m 옵션은 -g
정렬이 순서에서 상호 일관성이 있어야 하는 반면 -1 과 -m
옵션은 상호 일관성이 필요하지 않으므로 전좌를 허용합니다.
반전 등 일반적인 경우 -m 옵션이 최선의 선택이지만 -1 될 수 있습니다
1:1 매핑이 필요한 SNP 찾기와 같은 애플리케이션에 유용합니다. 마지막으로
쿼리 컨티그 또는 시퀀싱 읽기를 참조 게놈에 매핑하려면 다음을 사용하십시오. -q. 그만큼
로 인쇄된 복제본 -b 옵션은 -r 과 -q 에 없는 선형
1대1 정렬. 이러한 정렬은 또한 -1 과 -m
정렬
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 델타 필터 사용
