이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 명령 dsimulator입니다.
프로그램:
이름
dsimulator - 무작위 게놈에 대한 합성 읽기 생성
개요
시뮬레이터 겐렌:더블 [-c더블(20.)] [-b더블(.5)] [-rINT] [-mINT(10000)]
[-sINT(2000)][-xINT(4000)] [-e더블(.15)][-M파일]
기술
시뮬레이터 먼저 크기의 가짜 게놈을 생성합니다. 겐렌*1Mb 길이, AT 바이어스
-b. 그런 다음 평균 길이의 샘플 읽기를 생성합니다. -m 로그 정규 길이에서
표준편차가 있는 분포 -s, 그러나 다음보다 작은 길이의 읽기는 무시합니다. -x. 그것
게놈을 덮기에 충분한 판독값을 수집합니다. -c 시간과 소개 -e 분수 오류
삽입, 삭제 및 대체 비율이 정의된 대로 설정되는 각 읽기
generate.c 내의 상수 INS_RATE(기본값 73%) 및 DEL_RATE(기본값 20%). 하나는 수
또한 다음과 같이 정방향 및 역방향 가닥에서 읽기가 선택되는 속도를 제어합니다.
정의된 상수 FLIP_RATE 설정(기본값 50/50). NS -r 옵션 시드 랜덤
재현 가능하게 생성할 수 있도록 게놈 생성을 위한 번호 생성기
샘플링할 동일한 기본 게놈. 이 매개변수가 없으면 작업 ID
호출의 시드가 난수 생성기를 시드합니다. 출력은 표준으로 전송됩니다.
출력(즉, UNIX 파이프임). 출력은 입력으로 적합한 Pacbio .fasta 형식입니다.
에 fasta2DB(1). 마지막으로, -M 옵션은 각각이 읽는 좌표가
샘플링된 파일은 ASCII로 인코딩된 읽기당 한 줄로 표시된 파일에 기록됩니다.
이 "맵" 파일은 기본적으로 어셈블리에서 모든 읽기가 속하는 위치를 알려줍니다.
디버깅 및 테스트 목적에 유용합니다. 읽기 쌍이 b라고 말하면 b < e이면
읽기는 순방향으로 [b,]에서 샘플링되었으며, b > e에서 [e,b]에서
역방향.
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 dsimulator 사용
