이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 fastaq-filter 명령입니다.
프로그램:
이름
fastaq_filter - 시퀀스를 필터링하여 하위 집합을 얻습니다.
기술
사용법: fastaq_filter [옵션]
시퀀스 길이 및/또는 정규 표현식과 일치하는 이름으로 시퀀스 파일을 필터링합니다.
위치 인수 :
infile 필터링할 입력 파일의 이름
아웃파일
출력 파일 이름
선택 인수 :
-h, --도움
이 도움말 메시지를 표시하고 종료
--최소 길이 INT
유지할 시퀀스의 최소 길이 [0]
--최대_길이 INT
유지할 시퀀스의 최대 길이 [inf]
--정규식 정규식
주어지면 정규 표현식과 일치하는 이름을 가진 읽기만 유지됩니다.
--ids_file 파일 이름
주어지면 주어진 파일에 ID가 있는 읽기만 사용됩니다. 한 줄에 하나의 ID
파일.
-v, --거꾸로 하다
필터와 일치하지 않는 시퀀스만 유지
항해사 파일 for 읽기 쌍 옵션 :
--mate_in 파일 이름
메이트 입력 파일의 이름. 사용하는 경우 다음도 제공해야 합니다. --mate_out
--mate_out 파일 이름
메이트 출력 파일의 이름
--both_mates_pass
기본적으로 메이트 중 하나가 필터를 통과하면 둘 다 출력을 읽습니다. 이 플래그를 사용하여
쌍의 두 읽기가 모두 필터를 통과해야 함
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 fastaq-filter 사용
