Ubuntu Online, Fedora Online, Windows ์จ๋ผ์ธ ์๋ฎฌ๋ ์ดํฐ ๋๋ MAC OS ์จ๋ผ์ธ ์๋ฎฌ๋ ์ดํฐ์ ๊ฐ์ ์ฌ๋ฌ ๋ฌด๋ฃ ์จ๋ผ์ธ ์ํฌ์คํ ์ด์ ์ค ํ๋๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ OnWorks ๋ฌด๋ฃ ํธ์คํ ๊ณต๊ธ์์์ ์คํํ ์ ์๋ gdcm2vtk ๋ช ๋ น์ ๋๋ค.
ํ๋ก๊ทธ๋จ:
์ด๋ฆ
gdcm2vtk - VTK์์ ์ง์ํ๋ ํ์ผ์ DICOM์ผ๋ก ๋ณํํฉ๋๋ค.
๊ฐ์
gdcm2vtk [์ต์ ] ํ์ผ ์ ๋ ฅ ํ์ผ ์ถ๋ ฅ
๊ธฐ์
XNUMXD๋ดํ์ gdcm2vtk VTK์์ ์ง์ํ๋ ๋ชจ๋ ํ์ผ(DICOM ํ์ผ ํฌํจ)์ ์ ๋ ฅ์ผ๋ก ์ฌ์ฉํ๊ณ
DICOM ํ์ผ์ ์ถ๋ ฅ์ผ๋ก ์์ฑํฉ๋๋ค.
๋งค๊ฐ ๋ณ์
file-in ์ ๋ ฅ ํ์ผ ์ด๋ฆ(DICOM ๋๋ VTK ์ง์)
file-out ์ถ๋ ฅ ํ์ผ ์ด๋ฆ(DICOM ๋๋ VTK ์ง์)
์ต์
๊ตฌ์ฒด์ ์ธ ์ต์
--force-rescale ๊ฐ์ ๋ก ํฌ๊ธฐ๋ฅผ ์กฐ์ ํฉ๋๋ค.
--force-spacing ๊ฐ์ ๊ฐ๊ฒฉ.
--palette-color๊ฐ ์ง์๋๋ ๊ฒฝ์ฐ PALETTE COLOR ํ์ผ์ ์์ฑํฉ๋๋ค.
--argb๊ฐ ์ง์๋๋ ๊ฒฝ์ฐ ARGB ํ์ผ์ ์์ฑํฉ๋๋ค.
--compress(์ง์๋๋ ๊ฒฝ์ฐ)๋ ์์ถ ํ์ผ์ ์์ฑํฉ๋๋ค.
--use-vtkdicom vtkDICOMImageReader(GDCM ๋์ )๋ฅผ ์ฌ์ฉํฉ๋๋ค.
--modality๋ ์์์ ์ค์ ํฉ๋๋ค.
--lower-left ์ผ์ชฝ ํ๋จ์ ์ค์ ํฉ๋๋ค.
--shift ์ํํธ๋ฅผ ์ค์ ํฉ๋๋ค.
--์ค์ผ์ผ ์ธํธ ์ค์ผ์ผ.
--compress ์ธํธ ์์ถ(MetaIO).
-T --study-uid ์ฐ๊ตฌ UID.
-S --series-uid ์๋ฆฌ์ฆ UID.
--root-uid ๋ฃจํธ UID.
์์ถ ์ต์
-J --jpeg ์ด๋ฏธ์ง๋ฅผ jpeg๋ก ์์ถํฉ๋๋ค.
-K --j2k ์ด๋ฏธ์ง๋ฅผ j2k๋ก ์์ถํฉ๋๋ค.
-L --jpegls ์ด๋ฏธ์ง๋ฅผ jpeg-ls๋ก ์์ถํฉ๋๋ค.
-R --rle ์ด๋ฏธ์ง๋ฅผ rle๋ก ์์ถํฉ๋๋ค(๋ฌด์์ค ์ ์ฉ).
์ผ๋ฐ ์ต์
-h --๋์๋ง
์ด ๋์๋ง ํ ์คํธ๋ฅผ ์ธ์ํ๊ณ ์ข ๋ฃํ์ญ์์ค.
-v --๋ฒ์
๋ฒ์ ์ ๋ณด๋ฅผ ์ถ๋ ฅํ๊ณ ์ข ๋ฃ
-V --์ฅํฉ
์์ธ ๋ชจ๋(๊ฒฝ๊ณ +์ค๋ฅ).
-W --๊ฒฝ๊ณ
๊ฒฝ๊ณ ๋ชจ๋, ๊ฒฝ๊ณ ์ ๋ณด ์ธ์
-E --์ค๋ฅ
์ค๋ฅ ๋ชจ๋, ์ค๋ฅ ์ ๋ณด ์ธ์
-D --๋๋ฒ๊ทธ
๋๋ฒ๊ทธ ๋ชจ๋, ๋๋ฒ๊ทธ ์ ๋ณด ์ธ์
ํ๊ฒฝ ๋ณ์
GDCM_ROOT_UID ๋ฃจํธ UID
๊ธฐ์
VTK์์ ์ง์ํ๋ ํ์ผ์ DICOM์ผ๋ก ๋ณํํฉ๋๋ค.
์ผ๋ฐ์ ์ธ ์ฌ์ฉ๋ฒ์ ๋ค์๊ณผ ๊ฐ์ต๋๋ค.
$ gdcm2vtk ์ ๋ ฅํ์ผ ์ถ๋ ฅ.dcm
VTK์ ๋ด๋ถ ํฉํ ๋ฆฌ ๋ฉ์ปค๋์ฆ์ ์ฌ์ฉํ์ฌ ํ์ผ์ ์ธ์ํฉ๋๋ค(CanRead ๊ธฐ๋ฅ). ๋ณด๋ค
VTK ์ง์ ํ์ผ:
VTK๊ฐ ์ฝ๊ณ ์ธ ์ ์๋ ์ด๋ฏธ์ง ํ์ผ ํ์์ ๋ฌด์์ ๋๊น? http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ#What_image_file_formats_can_VTK_read_and_write.3F
์ ๋ ฅ ํ์ผ์ 4๊ฐ์ ๊ตฌ์ฑ ์์๊ฐ ์๋ ๊ฒฝ์ฐ 4๋ฒ์งธ ๊ตฌ์ฑ ์์(์ํ)๊ฐ ์ถ๋ ฅ์์ โโ์ ๊ฑฐ๋ฉ๋๋ค.
DICOM์ด ๋ ์ด์ ์ํ ๊ตฌ์ฑ์์๋ฅผ ์ง์ํ์ง ์์ผ๋ฏ๋ก ํ์ผ์ ์ญ์ ํฉ๋๋ค(โargb ์ต์ ์ฐธ์กฐ).
๋ค์ ํ์ผ ํ์์ ๋ํด ํน๋ณํ ์ฃผ์๋ฅผ ๊ธฐ์ธ์์ต๋๋ค.
1. DICOM: ๋ฐฉํฅ ์ฝ์ฌ์ธ ๋ฐ vtkMedicalImageInformation์ด ์ถ๋ ฅ์ผ๋ก ์ ๋ฌ๋ฉ๋๋ค.
2. BMP: ์กฐํ ํ ์ด๋ธ๊ณผ ํจ๊ป ํ์ผ์ ์ ์ฅํ ์ ์์ต๋๋ค(--palette-color ์ฐธ์กฐ).
3. GE Signa: vtkMedicalImageProperties๊ฐ ์ถ๋ ฅ์ผ๋ก ์ ๋ฌ๋ฉ๋๋ค.
4. MINC: ๋ฐฉํฅ ์ฝ์ฌ์ธ์ด ์ถ๋ ฅ์ผ๋ก ์ ๋ฌ๋ฉ๋๋ค.
5. TIFF: vtkTIFFReader๋ ํ์ฌ VTK์์ ์ํ๊ฐ ์ข์ง ์์ต๋๋ค(VTK 5.2 ๋ฐ git/master์์๋ ๋ค๋ฅธ ๋์). ๋น์ ์ด ๋ฌด์์ ํ๊ณ ์๋์ง ์๊ณ ์๋ ๊ฒฝ์ฐ์๋ง ์ฌ์ฉํ์ญ์์ค.
๋ณํ๊ฒ ํ๋ค ๋ฉํ์ด๋ฏธ์ง (mhd, ์ํ)
$ gdcm2vtk ์ ๋ ฅํ์ผ output.mha
์ด ๋ช ๋ น์ ์ ๋ ฅ DICOM ํ์ผ: inputfile์ MetaImage .mha ํ์ผ๋ก ๋ณํํฉ๋๋ค. ๊ฐ์
.mhd ํ์ผ๋ก ์ด๋ํฉ๋๋ค.
๋ณํ๊ฒ ํ๋ค MHA/MHD
$ gdcm2vtk ์ ๋ ฅํ์ผ output.mha
or
$ gdcm2vtk ์ ๋ ฅํ์ผ output.mhd
์ด ๋ช ๋ น์ ์ ๋ ฅ DICOM ํ์ผ์ ๋ณํํฉ๋๋ค: inputfile์ MetaImageData .mha/.mhd๋ก ๋ณํํฉ๋๋ค.
ํ์ผ.
๋ณํ๊ฒ ํ๋ค VTI
$ gdcm2vtk ์ ๋ ฅํ์ผ output.vti
์ด ๋ช ๋ น์ ์ ๋ ฅ DICOM ํ์ผ์ ๋ณํํฉ๋๋ค. inputfile์ XML VTK ImageData .vti๋ก ๋ณํํฉ๋๋ค.
ํ์ผ.
๋ณํ๊ฒ ํ๋ค VTK
$ gdcm2vtk ์ ๋ ฅํ์ผ ์ถ๋ ฅ.vtk
์ด ๋ช ๋ น์ ์ ๋ ฅ DICOM ํ์ผ: inputfile์ ์ด์ VTK ๊ตฌ์กฐ๋ก ๋ณํํฉ๋๋ค.
PointSets .vtk ํ์ผ.
๋ณํ๊ฒ ํ๋ค ๋์ปด
$ gdcm2vtk ์ ๋ ฅ.dcm ์ถ๋ ฅ.dcm
vtkGDCM์ด๋ฏธ์ง ๋ฆฌ๋ ๊ธฐ๋ณธ๊ฐ์ด ์๋ DICOM ํ์ผ์ ์ฝ๋ ๋ฐ ์ฌ์ฉ๋ฉ๋๋ค.
vtkDICOMImageReader. vtkDICOMImageReader๋ฅผ ์ฌ์ฉํ๋ ค๋ฉด โuse-vtkdicom ์ต์ ์ ์ฐธ์กฐํ์ญ์์ค.
์๋ณต ์ฌํ ๋์ปด ~๊น์ง MHD ~๊น์ง ๋์ปด
$ gdcm2vtk ์ ๋ ฅ_ybr.dcm ์ถ๋ ฅ.mhd
$ gdcm2vtk --modality US --imageformat 7 ์ถ๋ ฅ.mhd ์ถ๋ ฅ.dcm
์์ ์ฐธ์กฐ ์น์ ์ ๊ด๋ ํด์์ ์ฌ์ฉํ์ฌ DICOM์ ๋ณํํ๋ ๋ฐฉ๋ฒ์ ๋ณด์ฌ์ค๋๋ค.
YBR_FULL(๋๋ YBR_FULL_422๋ ์์ค)์ ๋ค๋ฅธ ํ์ผ ํ์์ธ MetaImage(mhd)๋ก ๋ณํํฉ๋๋ค. ๋ถํฐ
์ด ํ์ผ ํ์์ ์ ๊ณต๊ฐ์ ์ฒ๋ฆฌํ์ง ์์ผ๋ฏ๋ก ๋ค์์ ์ฌ์ฉํ์ฌ ๋ช ์์ ์ผ๋ก ์ค์ ํด์ผ ํฉ๋๋ค.
โimageformat ๋ช ๋ น์ค ์ต์ . โmodality ๋ช ๋ น์ค ์ต์ ์ ์ฌ๊ธฐ์ ํ์ํฉ๋๋ค.
๊ธฐ๋ณธ ๋ณด์กฐ ์บก์ฒ ์ด๋ฏธ์ง ์คํ ๋ฆฌ์ง ํด๋์ค ์ ํ๊ตฐ์ด YBR์ ํ์ฉํ์ง ์๊ธฐ ๋๋ฌธ์ ๋๋ค.
์ธก๊ด ํด์.
GDCM2VTK ๋ ธํธ
์ค์ ์ฐธ๊ณ ์ฌํญ: ๊ตฌ์กฐํ๋ ๋ด๋ถ VTK๋ ์ ๋ ฅ DICOM์์ ์ฑ์์ง ๋ค์
์ถ๋ ฅ DICOM ์์ฑ๊ธฐ๋ก ์ ๋ฌํฉ๋๋ค. ์ผ๋ถ ์ ๋ณด๋ ๋ณํ ์ค์ ์์ค๋ ์ ์์ต๋๋ค.
DICOM์์ VTK๋ก, DICOM์ผ๋ก. ์ด ์ต์ ์ ์ฃผ๋ก ํ ์คํธ์ ์ฌ์ฉ๋ฉ๋๋ค.
vtkGDCMImageReader/vtkGDCMImageWriter ์กฐํฉ.
์ค์ ์ฐธ๊ณ ์ฌํญ: JPEG์ ๊ฐ์ ์์ค ํ์์์ ๋ณํํ ๋
์์ค์ด ์ค์ํฉ๋๋ค. ์ถ๋ ฅ DICOM์๋ ํ์ํ ์์ค ์ด๋ฏธ์ง๊ฐ ํฌํจ๋ฉ๋๋ค.
์ด๋ฏธ์ง๊ฐ ์ด๋๊ฐ์ ์์ค ์์ถ๋์์์ ๋ํ๋ด๋ ์์ถ ์์ฑ
๊ด๋ก. gdcmimg(์ผ๋ฐ์ ์ธ JPEG ์ฒ๋ฆฌ ๊ฐ์ )๋ ์ฐธ์กฐํ์ญ์์ค.
์ค์ ์ฐธ๊ณ ์ฌํญ: โuse-vtkdicom์ ์ฌ์ฉํ ๋ ์ถ๋ ฅ DICOM ํ์ผ์ ํญ์ ๋ค์๊ณผ ๊ฐ์ด ๊ธฐ๋ก๋ฉ๋๋ค.
์ด ์ ๋ณด๋ ํ๋ ๊ธฐ ์์ฒด์์ ์ฌ์ฉํ ์ ์์ผ๋ฏ๋ก MR ์ด๋ฏธ์ง ์ ์ฅ์์ ๋๋ค. ์ด๊ฒ์ ํ์ฉ
์ด๋ฏธ์ง ๋ฐฉํฅ(ํ์)์ ์ฌ๋ฐ๋ฅด๊ฒ ์ค์ ํฉ๋๋ค.
onworks.net ์๋น์ค๋ฅผ ์ฌ์ฉํ์ฌ gdcm2vtk ์จ๋ผ์ธ ์ฌ์ฉ