์˜์–ดํ”„๋ž‘์Šค์–ด์ŠคํŽ˜์ธ์–ด

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์˜จ์›์Šค ํŒŒ๋น„์ฝ˜

gdcm2vtk - ํด๋ผ์šฐ๋“œ์˜ ์˜จ๋ผ์ธ

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows ์˜จ๋ผ์ธ ์—๋ฎฌ๋ ˆ์ดํ„ฐ ๋˜๋Š” MAC OS ์˜จ๋ผ์ธ ์—๋ฎฌ๋ ˆ์ดํ„ฐ๋ฅผ ํ†ตํ•ด OnWorks ๋ฌด๋ฃŒ ํ˜ธ์ŠคํŒ… ์ œ๊ณต์—…์ฒด์—์„œ gdcm2vtk ์‹คํ–‰

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows ์˜จ๋ผ์ธ ์—๋ฎฌ๋ ˆ์ดํ„ฐ ๋˜๋Š” MAC OS ์˜จ๋ผ์ธ ์—๋ฎฌ๋ ˆ์ดํ„ฐ์™€ ๊ฐ™์€ ์—ฌ๋Ÿฌ ๋ฌด๋ฃŒ ์˜จ๋ผ์ธ ์›Œํฌ์Šคํ…Œ์ด์…˜ ์ค‘ ํ•˜๋‚˜๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ OnWorks ๋ฌด๋ฃŒ ํ˜ธ์ŠคํŒ… ๊ณต๊ธ‰์ž์—์„œ ์‹คํ–‰ํ•  ์ˆ˜ ์žˆ๋Š” gdcm2vtk ๋ช…๋ น์ž…๋‹ˆ๋‹ค.

ํ”„๋กœ๊ทธ๋žจ:

์ด๋ฆ„


gdcm2vtk - VTK์—์„œ ์ง€์›ํ•˜๋Š” ํŒŒ์ผ์„ DICOM์œผ๋กœ ๋ณ€ํ™˜ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

๊ฐœ์š”


gdcm2vtk [์˜ต์…˜] ํŒŒ์ผ ์ž…๋ ฅ ํŒŒ์ผ ์ถœ๋ ฅ

๊ธฐ์ˆ 


XNUMXD๋ดํƒˆ์˜ gdcm2vtk VTK์—์„œ ์ง€์›ํ•˜๋Š” ๋ชจ๋“  ํŒŒ์ผ(DICOM ํŒŒ์ผ ํฌํ•จ)์„ ์ž…๋ ฅ์œผ๋กœ ์‚ฌ์šฉํ•˜๊ณ 
DICOM ํŒŒ์ผ์„ ์ถœ๋ ฅ์œผ๋กœ ์ƒ์„ฑํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

๋งค๊ฐœ ๋ณ€์ˆ˜


file-in ์ž…๋ ฅ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„(DICOM ๋˜๋Š” VTK ์ง€์›)

file-out ์ถœ๋ ฅ ํŒŒ์ผ ์ด๋ฆ„(DICOM ๋˜๋Š” VTK ์ง€์›)

์˜ต์…˜


๊ตฌ์ฒด์ ์ธ ์˜ต์…˜
--force-rescale ๊ฐ•์ œ๋กœ ํฌ๊ธฐ๋ฅผ ์กฐ์ •ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
--force-spacing ๊ฐ•์ œ ๊ฐ„๊ฒฉ.
--palette-color๊ฐ€ ์ง€์›๋˜๋Š” ๊ฒฝ์šฐ PALETTE COLOR ํŒŒ์ผ์„ ์ƒ์„ฑํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
--argb๊ฐ€ ์ง€์›๋˜๋Š” ๊ฒฝ์šฐ ARGB ํŒŒ์ผ์„ ์ƒ์„ฑํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
--compress(์ง€์›๋˜๋Š” ๊ฒฝ์šฐ)๋Š” ์••์ถ• ํŒŒ์ผ์„ ์ƒ์„ฑํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
--use-vtkdicom vtkDICOMImageReader(GDCM ๋Œ€์‹ )๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
--modality๋Š” ์–‘์‹์„ ์„ค์ •ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
--lower-left ์™ผ์ชฝ ํ•˜๋‹จ์„ ์„ค์ •ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
--shift ์‹œํ”„ํŠธ๋ฅผ ์„ค์ •ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
--์Šค์ผ€์ผ ์„ธํŠธ ์Šค์ผ€์ผ.
--compress ์„ธํŠธ ์••์ถ•(MetaIO).
-T --study-uid ์—ฐ๊ตฌ UID.
-S --series-uid ์‹œ๋ฆฌ์ฆˆ UID.
--root-uid ๋ฃจํŠธ UID.

์••์ถ• ์˜ต์…˜
-J --jpeg ์ด๋ฏธ์ง€๋ฅผ jpeg๋กœ ์••์ถ•ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
-K --j2k ์ด๋ฏธ์ง€๋ฅผ j2k๋กœ ์••์ถ•ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
-L --jpegls ์ด๋ฏธ์ง€๋ฅผ jpeg-ls๋กœ ์••์ถ•ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
-R --rle ์ด๋ฏธ์ง€๋ฅผ rle๋กœ ์••์ถ•ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค(๋ฌด์†์‹ค ์ „์šฉ).

์ผ๋ฐ˜ ์˜ต์…˜
-h --๋„์›€๋ง
์ด ๋„์›€๋ง ํ…์ŠคํŠธ๋ฅผ ์ธ์‡„ํ•˜๊ณ  ์ข…๋ฃŒํ•˜์‹ญ์‹œ์˜ค.

-v --๋ฒ„์ „
๋ฒ„์ „ ์ •๋ณด๋ฅผ ์ถœ๋ ฅํ•˜๊ณ  ์ข…๋ฃŒ

-V --์žฅํ™ฉ
์ƒ์„ธ ๋ชจ๋“œ(๊ฒฝ๊ณ +์˜ค๋ฅ˜).

-W --๊ฒฝ๊ณ 
๊ฒฝ๊ณ  ๋ชจ๋“œ, ๊ฒฝ๊ณ  ์ •๋ณด ์ธ์‡„

-E --์˜ค๋ฅ˜
์˜ค๋ฅ˜ ๋ชจ๋“œ, ์˜ค๋ฅ˜ ์ •๋ณด ์ธ์‡„

-D --๋””๋ฒ„๊ทธ
๋””๋ฒ„๊ทธ ๋ชจ๋“œ, ๋””๋ฒ„๊ทธ ์ •๋ณด ์ธ์‡„

ํ™˜๊ฒฝ ๋ณ€์ˆ˜
GDCM_ROOT_UID ๋ฃจํŠธ UID

๊ธฐ์ˆ 


VTK์—์„œ ์ง€์›ํ•˜๋Š” ํŒŒ์ผ์„ DICOM์œผ๋กœ ๋ณ€ํ™˜ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

์ผ๋ฐ˜์ ์ธ ์‚ฌ์šฉ๋ฒ•์€ ๋‹ค์Œ๊ณผ ๊ฐ™์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

$ gdcm2vtk ์ž…๋ ฅํŒŒ์ผ ์ถœ๋ ฅ.dcm

VTK์˜ ๋‚ด๋ถ€ ํŒฉํ† ๋ฆฌ ๋ฉ”์ปค๋‹ˆ์ฆ˜์„ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ ํŒŒ์ผ์„ ์ธ์‹ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค(CanRead ๊ธฐ๋Šฅ). ๋ณด๋‹ค
VTK ์ง€์› ํŒŒ์ผ:

VTK๊ฐ€ ์ฝ๊ณ  ์“ธ ์ˆ˜ ์žˆ๋Š” ์ด๋ฏธ์ง€ ํŒŒ์ผ ํ˜•์‹์€ ๋ฌด์—‡์ž…๋‹ˆ๊นŒ? http://www.vtk.org/Wiki/VTK_FAQ#What_image_file_formats_can_VTK_read_and_write.3F

์ž…๋ ฅ ํŒŒ์ผ์— 4๊ฐœ์˜ ๊ตฌ์„ฑ ์š”์†Œ๊ฐ€ ์žˆ๋Š” ๊ฒฝ์šฐ 4๋ฒˆ์งธ ๊ตฌ์„ฑ ์š”์†Œ(์•ŒํŒŒ)๊ฐ€ ์ถœ๋ ฅ์—์„œ โ€‹โ€‹์ œ๊ฑฐ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
DICOM์ด ๋” ์ด์ƒ ์•ŒํŒŒ ๊ตฌ์„ฑ์š”์†Œ๋ฅผ ์ง€์›ํ•˜์ง€ ์•Š์œผ๋ฏ€๋กœ ํŒŒ์ผ์„ ์‚ญ์ œํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค(โ€“argb ์˜ต์…˜ ์ฐธ์กฐ).

๋‹ค์Œ ํŒŒ์ผ ํ˜•์‹์— ๋Œ€ํ•ด ํŠน๋ณ„ํ•œ ์ฃผ์˜๋ฅผ ๊ธฐ์šธ์˜€์Šต๋‹ˆ๋‹ค.

1. DICOM: ๋ฐฉํ–ฅ ์ฝ”์‚ฌ์ธ ๋ฐ vtkMedicalImageInformation์ด ์ถœ๋ ฅ์œผ๋กœ ์ „๋‹ฌ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
2. BMP: ์กฐํšŒ ํ…Œ์ด๋ธ”๊ณผ ํ•จ๊ป˜ ํŒŒ์ผ์„ ์ €์žฅํ•  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค(--palette-color ์ฐธ์กฐ).
3. GE Signa: vtkMedicalImageProperties๊ฐ€ ์ถœ๋ ฅ์œผ๋กœ ์ „๋‹ฌ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
4. MINC: ๋ฐฉํ–ฅ ์ฝ”์‚ฌ์ธ์ด ์ถœ๋ ฅ์œผ๋กœ ์ „๋‹ฌ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
5. TIFF: vtkTIFFReader๋Š” ํ˜„์žฌ VTK์—์„œ ์ƒํƒœ๊ฐ€ ์ข‹์ง€ ์•Š์Šต๋‹ˆ๋‹ค(VTK 5.2 ๋ฐ git/master์—์„œ๋Š” ๋‹ค๋ฅธ ๋™์ž‘). ๋‹น์‹ ์ด ๋ฌด์—‡์„ ํ•˜๊ณ  ์žˆ๋Š”์ง€ ์•Œ๊ณ  ์žˆ๋Š” ๊ฒฝ์šฐ์—๋งŒ ์‚ฌ์šฉํ•˜์‹ญ์‹œ์˜ค.

๋ณ€ํ•˜๊ฒŒ ํ•˜๋‹ค ๋ฉ”ํƒ€์ด๋ฏธ์ง€ (mhd, ์Œํ•˜)
$ gdcm2vtk ์ž…๋ ฅํŒŒ์ผ output.mha

์ด ๋ช…๋ น์€ ์ž…๋ ฅ DICOM ํŒŒ์ผ: inputfile์„ MetaImage .mha ํŒŒ์ผ๋กœ ๋ณ€ํ™˜ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ๊ฐ™์€
.mhd ํŒŒ์ผ๋กœ ์ด๋™ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

๋ณ€ํ•˜๊ฒŒ ํ•˜๋‹ค MHA/MHD
$ gdcm2vtk ์ž…๋ ฅํŒŒ์ผ output.mha

or

$ gdcm2vtk ์ž…๋ ฅํŒŒ์ผ output.mhd

์ด ๋ช…๋ น์€ ์ž…๋ ฅ DICOM ํŒŒ์ผ์„ ๋ณ€ํ™˜ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค: inputfile์„ MetaImageData .mha/.mhd๋กœ ๋ณ€ํ™˜ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
ํŒŒ์ผ.

๋ณ€ํ•˜๊ฒŒ ํ•˜๋‹ค VTI
$ gdcm2vtk ์ž…๋ ฅํŒŒ์ผ output.vti

์ด ๋ช…๋ น์€ ์ž…๋ ฅ DICOM ํŒŒ์ผ์„ ๋ณ€ํ™˜ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. inputfile์„ XML VTK ImageData .vti๋กœ ๋ณ€ํ™˜ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
ํŒŒ์ผ.

๋ณ€ํ•˜๊ฒŒ ํ•˜๋‹ค VTK
$ gdcm2vtk ์ž…๋ ฅํŒŒ์ผ ์ถœ๋ ฅ.vtk

์ด ๋ช…๋ น์€ ์ž…๋ ฅ DICOM ํŒŒ์ผ: inputfile์„ ์ด์ „ VTK ๊ตฌ์กฐ๋กœ ๋ณ€ํ™˜ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
PointSets .vtk ํŒŒ์ผ.

๋ณ€ํ•˜๊ฒŒ ํ•˜๋‹ค ๋””์ปด


$ gdcm2vtk ์ž…๋ ฅ.dcm ์ถœ๋ ฅ.dcm

vtkGDCM์ด๋ฏธ์ง€ ๋ฆฌ๋” ๊ธฐ๋ณธ๊ฐ’์ด ์•„๋‹Œ DICOM ํŒŒ์ผ์„ ์ฝ๋Š” ๋ฐ ์‚ฌ์šฉ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
vtkDICOMImageReader. vtkDICOMImageReader๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•˜๋ ค๋ฉด โ€“use-vtkdicom ์˜ต์…˜์„ ์ฐธ์กฐํ•˜์‹ญ์‹œ์˜ค.

์™•๋ณต ์—ฌํ–‰ ๋””์ปด ~๊นŒ์ง€ MHD ~๊นŒ์ง€ ๋””์ปด


$ gdcm2vtk ์ž…๋ ฅ_ybr.dcm ์ถœ๋ ฅ.mhd
$ gdcm2vtk --modality US --imageformat 7 ์ถœ๋ ฅ.mhd ์ถœ๋ ฅ.dcm

์œ„์˜ ์ฐธ์กฐ ์„น์…˜์€ ๊ด‘๋„ ํ•ด์„์„ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ DICOM์„ ๋ณ€ํ™˜ํ•˜๋Š” ๋ฐฉ๋ฒ•์„ ๋ณด์—ฌ์ค๋‹ˆ๋‹ค.
YBR_FULL(๋˜๋Š” YBR_FULL_422๋„ ์†์‹ค)์„ ๋‹ค๋ฅธ ํŒŒ์ผ ํ˜•์‹์ธ MetaImage(mhd)๋กœ ๋ณ€ํ™˜ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ๋ถ€ํ„ฐ
์ด ํŒŒ์ผ ํ˜•์‹์€ ์ƒ‰ ๊ณต๊ฐ„์„ ์ฒ˜๋ฆฌํ•˜์ง€ ์•Š์œผ๋ฏ€๋กœ ๋‹ค์Œ์„ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ ๋ช…์‹œ์ ์œผ๋กœ ์„ค์ •ํ•ด์•ผ ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
โ€“imageformat ๋ช…๋ น์ค„ ์˜ต์…˜. โ€“modality ๋ช…๋ น์ค„ ์˜ต์…˜์€ ์—ฌ๊ธฐ์— ํ•„์š”ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
๊ธฐ๋ณธ ๋ณด์กฐ ์บก์ฒ˜ ์ด๋ฏธ์ง€ ์Šคํ† ๋ฆฌ์ง€ ํด๋ž˜์Šค ์ œํ’ˆ๊ตฐ์ด YBR์„ ํ—ˆ์šฉํ•˜์ง€ ์•Š๊ธฐ ๋•Œ๋ฌธ์ž…๋‹ˆ๋‹ค.
์ธก๊ด‘ ํ•ด์„.

GDCM2VTK ๋…ธํŠธ


์ค‘์š” ์ฐธ๊ณ  ์‚ฌํ•ญ: ๊ตฌ์กฐํ™”๋œ ๋‚ด๋ถ€ VTK๋Š” ์ž…๋ ฅ DICOM์—์„œ ์ฑ„์›Œ์ง„ ๋‹ค์Œ
์ถœ๋ ฅ DICOM ์ž‘์„ฑ๊ธฐ๋กœ ์ „๋‹ฌํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ์ผ๋ถ€ ์ •๋ณด๋Š” ๋ณ€ํ™˜ ์ค‘์— ์†์‹ค๋  ์ˆ˜ ์žˆ์Šต๋‹ˆ๋‹ค.
DICOM์—์„œ VTK๋กœ, DICOM์œผ๋กœ. ์ด ์˜ต์…˜์€ ์ฃผ๋กœ ํ…Œ์ŠคํŠธ์— ์‚ฌ์šฉ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
vtkGDCMImageReader/vtkGDCMImageWriter ์กฐํ•ฉ.

์ค‘์š” ์ฐธ๊ณ  ์‚ฌํ•ญ: JPEG์™€ ๊ฐ™์€ ์†์‹ค ํ˜•์‹์—์„œ ๋ณ€ํ™˜ํ•  ๋•Œ
์†์‹ค์ด ์ค‘์š”ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค. ์ถœ๋ ฅ DICOM์—๋Š” ํ•„์š”ํ•œ ์†์‹ค ์ด๋ฏธ์ง€๊ฐ€ ํฌํ•จ๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
์ด๋ฏธ์ง€๊ฐ€ ์–ด๋”˜๊ฐ€์— ์†์‹ค ์••์ถ•๋˜์—ˆ์Œ์„ ๋‚˜ํƒ€๋‚ด๋Š” ์••์ถ• ์†์„ฑ
๊ด€๋กœ. gdcmimg(์ผ๋ฐ˜์ ์ธ JPEG ์ฒ˜๋ฆฌ ๊ฐœ์„ )๋„ ์ฐธ์กฐํ•˜์‹ญ์‹œ์˜ค.

์ค‘์š” ์ฐธ๊ณ  ์‚ฌํ•ญ: โ€“use-vtkdicom์„ ์‚ฌ์šฉํ•  ๋•Œ ์ถœ๋ ฅ DICOM ํŒŒ์ผ์€ ํ•ญ์ƒ ๋‹ค์Œ๊ณผ ๊ฐ™์ด ๊ธฐ๋ก๋ฉ๋‹ˆ๋‹ค.
์ด ์ •๋ณด๋Š” ํŒ๋…๊ธฐ ์ž์ฒด์—์„œ ์‚ฌ์šฉํ•  ์ˆ˜ ์—†์œผ๋ฏ€๋กœ MR ์ด๋ฏธ์ง€ ์ €์žฅ์†Œ์ž…๋‹ˆ๋‹ค. ์ด๊ฒƒ์€ ํ—ˆ์šฉ
์ด๋ฏธ์ง€ ๋ฐฉํ–ฅ(ํ™˜์ž)์„ ์˜ฌ๋ฐ”๋ฅด๊ฒŒ ์„ค์ •ํ•ฉ๋‹ˆ๋‹ค.

onworks.net ์„œ๋น„์Šค๋ฅผ ์‚ฌ์šฉํ•˜์—ฌ gdcm2vtk ์˜จ๋ผ์ธ ์‚ฌ์šฉ


๋ฌด๋ฃŒ ์„œ๋ฒ„ ๋ฐ ์›Œํฌ์Šคํ…Œ์ด์…˜

Windows ๋ฐ Linux ์•ฑ ๋‹ค์šด๋กœ๋“œ

Linux ๋ช…๋ น

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