이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 게놈-음악-galaxyp 명령입니다.
프로그램:
이름
게놈 음악 은하계 - 전체 MuSiC 도구 모음을 순차적으로 실행합니다.
버전
이 문서에서는 게놈 뮤직 갤럭시 버전 0.04(2016-01-01 23:10:18)에 대해 설명합니다.
개요
게놈 음악 갤럭시 [--output-dir=?] --bam-list=? --출력 번들=? --roi-파일=?
--참조 순서=? --maf-파일=? --경로-파일=? [--숫자-임상-데이터-파일=?]
[--카테고리-임상-데이터-파일=?] [--돌연변이-매트릭스-파일=?] [--순열=?]
[--정상-최소-깊이=?] [--종양-최소-깊이=?] [--최소-mapq=?] [--쇼-건너뛰기]
[--무시할 유전자=?] [--bmr=?] [--최대-근접=?] [--bmr-modifier-파일=?]
[--숫자-데이터-테스트 방법=?] [--skip-low-mr-genes] [--max-fdr=?]
[--genetic-data-type=?] [--wu-annotation-headers] [--bmr-groups=?]
[--separate-truncations] [--merge-concurrent-muts] [--skip-non-coding] [--skip-silent]
[--min-mut-genes-per-path=?] [--glm-모델-파일=?] [--프로세서=?] [--aa-범위=?]
[--nuc-range=?] [--reference-build=?] [--known-hits] [--glm-clinical-data-file=?]
[--use-maf-in-glm] [--omimaa-dir=?] [--cosmic-dir=?] [--verbose]
[--임상-상관관계-매트릭스-파일=?]
이 도구는 개별 도구를 실행하는 데 필요한 모든 정보를 매개변수로 사용합니다. NS
사용 예는 다음과 같습니다.
... 음악 재생 \
--bam-list 입력/bams_to_analyze.txt \
--numeric-clinical-data-file 입력/numeric_clinical_data.csv \
--maf 파일 입력/myMAF.tsv \
--output-dir play_output_dir \
--pathway-file 입력/pathway_db \
--참조 시퀀스 입력/refseq/all_sequences.fa \
--roi-file 입력/all_coding_regions.bed \
--genetic-data-type 유전자
필요한 인수
밥 리스트 본문
탭으로 구분된 BAM 파일 목록 [sample_name normal_bam tumor_bam]
출력 번들 본문
Galaxy에서 음악 출력 번들을 저장하려는 위치
수익 파일 본문
탭으로 구분된 ROI 목록 [chr start stop gene_name]
참조 시퀀스 본문
FASTA 형식의 참조 시퀀스 경로
maf 파일 본문
TCGA MAF 사양 v2.3을 사용한 돌연변이 목록
경로 파일 본문
탭으로 구분된 경로 정보 파일
선택 사항 인수
출력 디렉토리
출력 파일 및 하위 디렉토리가 기록될 디렉토리
지정되지 않은 경우 기본값 ''
수치 임상 데이터 파일 본문
샘플 표(y) 대 숫자 임상 데이터 범주(x)
범주형 임상 데이터 파일 본문
샘플 표(y) 대 범주형 임상 데이터 범주(x)
돌연변이 매트릭스 파일 본문
선택적으로 계산 중에 사용되는 샘플 대 유전자 매트릭스를 저장합니다.
순열 번호
P-값을 결정하는 데 사용되는 순열의 수
보통-최소-깊이 정수
일반 BAM 기반을 덮는 것으로 간주하기 위한 최소 읽기 깊이
종양 최소 깊이 정수
종양 BAM 기반이 포함된 것으로 간주하기 위한 최소 판독 깊이
최소 맵q 정수
읽기 깊이 수에 대해 고려할 읽기의 최소 매핑 품질
쇼 스킵 부울
얼마나 많은 돌연변이가 아니라 건너뛴 각각의 돌연변이를 보고하십시오.
지정되지 않은 경우 기본값 'false'(--noshow-skiipped)
노쇼 건너뛴 부울
건너뛴 쇼를 '거짓'으로 설정
무시할 유전자 본문
배경 돌연변이 비율에 대해 무시할 쉼표로 구분된 유전자 목록
비엠 번호
표적 영역의 배경 돌연변이 비율
최대 근접 본문
2개의 돌연변이 사이의 최대 AA 거리
bmr 수정자 파일 본문
[gene_name] 테스트 전에 BMR을 수정하는 유전자당 값의 탭으로 구분된 목록
bmr_수정자]
수치 데이터 테스트 방법 본문
Pearson Correlation의 경우 'cor' 또는 Wilcoxon Rank-Sum Test의 경우 'Wilcox'
수치 임상 데이터.
지정되지 않은 경우 기본값 'cor'
스킵-로우-mr-genes 부울
배경 MR보다 낮은 MR로 유전자 검사 건너뛰기
지정되지 않은 경우 기본값 'true'
noskip-low-mr-유전자 부울
skip-low-mr-genes를 '거짓'으로 설정
최대 fdr 번호
SMG로 간주되는 유전자의 최대 허용 오발견률
지정되지 않은 경우 기본값 '0.2'
유전 데이터 유형 본문
매트릭스 파일의 데이터는 "유전자" 또는 "변형" 유형 데이터여야 합니다.
wu 주석 헤더 부울
wustl 주석 형식 헤더를 기본값으로 사용하려면 이것을 사용하십시오.
nowu 주석 헤더 부울
wu-annotation-headers를 '거짓'으로 설정
bmr 그룹 정수
비교 가능한 BMR을 가진 샘플 클러스터의 수
지정되지 않은 경우 기본값 '1'
분리된 잘림 부울
절단 돌연변이를 별도의 범주로 그룹화
지정되지 않은 경우 기본값 'false'(--noseparate-truncations)
코끝 잘림 부울
분리된 잘림을 '거짓'으로 설정
병합 동시 muts 부울
동일한 샘플에 있는 유전자의 다중 돌연변이는 1로 처리됩니다.
지정되지 않은 경우 기본값 'false'(--nomerge-concurrent-muts)
nomerge-동시-muts 부울
merge-concurrent-muts를 '거짓'으로 설정
스킵 비 코딩 부울
제공된 MAF 파일에서 비코딩 돌연변이 건너뛰기
지정되지 않은 경우 기본값 'true'
noskip 비 코딩 부울
스킵 비코딩을 '거짓'으로 설정
건너뛰기 무음 부울
제공된 MAF 파일에서 자동 돌연변이 건너뛰기
지정되지 않은 경우 기본값 'true'
noskip-silent 부울
건너뛰기를 '거짓'으로 설정
경로당 최소 돌연변이 유전자 정수
이보다 적은 돌연변이 유전자가 있는 경로는 무시됩니다.
지정되지 않은 경우 기본값 '1'
glm 모델 파일 본문
GLM에 대한 모델 유형, 응답 변수, 공변량 등을 설명하는 파일
분석. (설명을 참조하십시오).
가공업자 정수
SMG에서 사용할 프로세서 수('foreach' 및 'doMC' R 패키지 필요)
지정되지 않은 경우 기본값 '1'
범위 정수
히트 근처의 아미노산을 검색할 때 'near' 일치가 얼마나 가까운지 설정
지정되지 않은 경우 기본값 '2'
핵 범위 정수
히트 근처의 뉴클레오티드 위치를 검색할 때 'near' 일치가 얼마나 가까운지 설정
지정되지 않은 경우 기본값 '5'
참조 빌드 본문
"Build36" 또는 "Build37"을 입력합니다.
지정되지 않은 경우 기본값 'Build37'
유명한 히트작 부울
발견이 참신한 경우 해당 유전자에서 알려진 AA 표시
지정되지 않은 경우 기본값 'true'
노쇼 알려진 히트작 부울
인기 있는 히트작을 '거짓'으로 설정
glm 임상 데이터 파일 본문
임상 특성, 돌연변이 프로필, 기타 혼합 임상 데이터(설명 참조).
glm 사용 부울
MAF 파일에서 생성된 변형 행렬을 변형 입력으로 사용하려면 이 플래그를 설정하십시오.
GLM 분석.
지정되지 않은 경우 기본값 'false'(--nouse-maf-in-glm)
nouse-maf-in-glm 부울
use-maf-in-glm을 '거짓'으로 설정
오마-디르 경로
omim 아미노산 돌연변이 데이터베이스 폴더
우주 디렉토리 경로
우주 아미노산 돌연변이 데이터베이스 폴더
말 수가 많은 부울
더 큰 작업 출력을 표시하려면 켜십시오.
지정되지 않은 경우 기본값 'true'
장황한 부울
장황한 '거짓'으로 만들기
임상 상관 관계 매트릭스 파일 본문
선택적으로 계산 중에 내부적으로 사용되는 샘플 대 유전자 매트릭스를 저장합니다.
기술
이 명령은 데이터 세트에서 모든 MuSiC 분석 도구를 실행하는 데 사용할 수 있습니다. 제발
매개변수에 대한 자세한 설명은 개별 도구를 참조하십시오.
작가
토마스 B. 무니, MS
CREDITS
에 대한 크레딧을 참조하십시오. 게놈 음악(1).
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 게놈 음악-갤럭시프(genome-music-galaxyp)를 사용하세요
