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프로그램:

이름

게놈 음악 생존 - 임상 및 돌연변이에 대한 생존 플롯 및 P-값 생성
표현형.

버전

이 문서는 게놈 뮤직 서바이벌 버전 0.04에 대해 설명합니다. (2016-01-01 at 23:10:18)

개요

게놈 음악 서바이벌 --bam-list=? --출력 디렉토리=? [--maf-file=?] [--skip-silent]
[--유전적-데이터-유형=?] [--숫자-임상-데이터-파일=?]
[--카테고리-임상-데이터-파일=?] [--glm-임상-데이터-파일=?]
[--표현형-포함할=?] [--legend-placement=?] [--skip-non-coding]

... 뮤직 서바이벌 \
--bam-list /경로/myBamList.tsv \
--maf 파일 /경로/myMAF.tsv \
--숫자-임상-데이터-파일 /path/myNumericData.tsv \
--categorical-clinical-data-file /path/myClassData.tsv \
--출력 디렉토리 /경로/출력 디렉토리

... 뮤직 서바이벌 \
--bam-list /경로/myBamList.tsv \
--maf 파일 /경로/myMAF.tsv \
--glm-clinical-data-file /경로/myGLMClinicalData.tsv \
--출력 디렉토리 /경로/출력 디렉토리

... 뮤직 서바이벌 \
--bam-list /경로/myBamList.tsv \
--maf 파일 /경로/myMAF.tsv \
--genetic-data-type '유전자' \
--glm-임상-데이터-파일 /경로/myGlmClinicalData.tsv \
--표현형-포함 '인종, 성별, TP53' \
--출력 디렉토리 /경로/출력 디렉토리

필요한 인수

밥 리스트 본문
분석에 포함할 샘플 이름 목록입니다. (설명을 참조하십시오)

출력 디렉토리 본문
출력 파일이 기록될 디렉토리

선택 사항 인수

maf 파일 본문
MAF 형식의 돌연변이 목록

건너뛰기 무음 부울
제공된 MAF 파일에서 자동 돌연변이 건너뛰기

지정되지 않은 경우 기본값 'true'

noskip-silent 부울
건너뛰기를 '거짓'으로 설정

유전 데이터 유형 본문
임상 데이터를 "유전자" 또는 "변이체" 수준 데이터와 연결

지정되지 않은 경우 기본값 'gene'

수치 임상 데이터 파일 본문
샘플 표(y) 대 숫자 임상 데이터 범주(x)

범주형 임상 데이터 파일 본문
샘플 표(y) 대 범주형 임상 데이터 범주(x)

glm 임상 데이터 파일 본문
임상 특성, 돌연변이 프로필, 기타 혼합 임상 데이터(설명 참조).

포함할 표현형 본문
분석에 이러한 유전자 및/또는 표현형만 포함합니다. (쉼표로 구분)

범례 배치 본문
'왼쪽 아래', '왼쪽 위', '오른쪽 위' 또는 '오른쪽 아래' 중 하나를 선택합니다.

지정되지 않은 경우 기본값 'bottomleft'

스킵 비 코딩 부울
제공된 MAF 파일에서 비코딩 돌연변이 건너뛰기

지정되지 않은 경우 기본값 'true'

noskip 비 코딩 부울
스킵 비코딩을 '거짓'으로 설정

기술

이 명령은 다음과 같이 생존 분석을 수행하고 돌연변이 데이터에 대한 생존 곡선을 그립니다.
--phenotypes-to-include 입력을 통해 지정된 관심 임상 특성
매개변수. 수행된 분석에는 Kaplan-Meier 추정기와 Cox가 포함됩니다.
비례 위험 모델. 분석된 각 유전자/임상 특성에 대한 출력에는 생존이 포함됩니다.
곡선, 위험 비율(신뢰 구간 포함), P-값 및 FDR을 설명하는
생존자와 비생존자의 차이의 중요성.

모든 임상 데이터 파일에서 필수(대소문자 구분 안 함) "vital_status"가 검색됩니다.
및 샘플 ID를 통해 표현형과 쌍을 이루는 "days_to_last_followup" 열
생존 분석. 모든 임상 데이터 파일의 첫 번째 열에는 샘플이 포함되어야 합니다.
다른 MuSiC 도구와 동일한 ID. 기본적으로 분석은 존재하는 모든 유전자에 대해 수행됩니다.
MAF에서. 선택적으로 특정 유전자를 나열하여 분석을 제한할 수 있습니다.
(쉼표로 구분) --phenotypes-to-include 입력 매개변수 뒤에 옵니다. 생존 분석은
열 헤더를 추가하여 임상 데이터 파일의 다른 열에서도 수행
--phenotypes-to-include 입력 매개변수 뒤에 지정된 항목 목록으로 이동합니다.

다음은 임상 데이터 입력 파일을 만들기 위한 몇 가지 일반적인 지침입니다.

· 헤더가 필요합니다.

· 각 임상 데이터 파일의 첫 번째 열에는 해당 항목과 일치하는 샘플 ID가 포함되어야 합니다.
--bam-list와 MAF 변형 목록 모두에서(MAF에서 이것은
Tumor_Sample_Barcode 열, 특히).

· 적어도 하나의 임상 데이터 파일 입력에서 "vital_status" 헤더가 있는 열
및 "days_to_last_followup"(대소문자 구분 안 함)이 있어야 합니다. "vital_status"는 반드시
1과 0으로 구분되며, 여기서 0은 '살아 있음', 1은 '사망'을 나타냅니다.

모든 입력 파일은 탭으로 구분해야 합니다.

인수

--bam-목록
각각에 대한 샘플 이름과 정상/종양 BAM 위치가 포함된 파일을 제공합니다. 사용하다
줄당 탭으로 구분된 형식 [sample_name normal_bam tumor_bam]. 이 도구만
다른 모든 열을 건너뛸 수 있도록 sample_name이 필요합니다. sample_name은 다음과 같아야 합니다.
MAF 파일에 사용된 종양 샘플 이름과 동일(16번째 열, 헤더 포함
종양_샘플_바코드).

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