이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 gmx-dyndom 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-dyndom - 구조 회전 보간 및 외삽
개요
gmx 다이나믹 [-f [<.pdb>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]]
[-첫번째 각도 ] [-라스트앵글 ] [-nframe ]
[-최대 각도 ] [-트랜스 ] [-머리 ]
[-꼬리 ]
기술
gmx 다이나믹 읽다 .pdb DynDom의 파일 출력(http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/). 그것
좌표, 회전축의 좌표 및 다음을 포함하는 인덱스 파일을 읽습니다.
도메인. 또한 화살표 파일의 첫 번째와 마지막 원자를 명령으로 사용합니다.
라인 인수(머리와 꼬리)를 사용하고 마지막으로 변환 벡터를 사용합니다(다음에 제공됨).
DynDom 정보 파일) 및 회전 각도(명령줄 인수로도 사용 가능) 만약 각도
DynDom에 의해 결정된 경우에 사용된 두 번째 구조를 복구할 수 있어야 합니다.
DynDom 출력을 생성합니다. 수치 정확도가 제한되어 있기 때문에 이는 다음과 같아야 합니다.
모든 원자 RMSD를 계산하여 검증합니다(사용 gmx 확인) 파일 비교보다는
(diff 사용).
이 프로그램의 목적은 다음과 같이 찾은 회전을 보간하고 외삽하는 것입니다.
DynDom. 결과적으로 길거나 짧은 결합 또는 원자가 겹치는 비물리적 구조
생산될 수 있습니다. 검증을 위해 육안 검사 및 에너지 최소화가 필요할 수 있습니다.
구조.
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-f [<.pdb>] (dyndom.pdb)
단백질 데이터 뱅크 파일
-n [<.ndx>] (도메인.ndx)
색인 파일
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.xtc/.trr/...>] (회전.xtc)
궤적: xtc trr 그루터기 g96 pdb TNG
기타 옵션 :
-첫번째 각도 (0)
회전 벡터에 대한 회전 각도
-라스트앵글 (0)
회전 벡터에 대한 회전 각도
-nframe (11)
통로의 계단 수
-최대 각도 (0)
DymDom은 회전 벡터에 대한 회전 각도를 결정했습니다.
-트랜스 (0)
회전 벡터에 따른 변환(옹스트롬)(DynDom 정보 파일 참조)
-머리 (0 0 0)
화살표 벡터의 첫 번째 원자
-꼬리 (0 0 0)
화살표 벡터의 마지막 원자
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 gmx-dyndom 사용
