gmx-hbond - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

gmx-hbond - 수소 결합 계산 및 분석

개요

gmx hbond [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-숫자 [<.xvg>]] [-g [<.로그>]] [맥 [<.xvg>]]
[-거리 [<.xvg>]] [-앙 [<.xvg>]] [-hx [<.xvg>]]
[-hbn [<.ndx>]] [-hbm [<.xpm>]] [-님 [<.xvg>]]
[-단 [<.xvg>]] [-생명 [<.xvg>]] [-nhbdist [<.xvg>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-뚜 ]
[-xvg ] [-a ] [-r ] [-[아니]다]
[-r2 ] [-쓰레기통 ] [-rbin ] [-[아니요]nitac]
[-[아니요]연락처] [-껍질 ] [-fitstart ]
[-핏엔드 ] [-온도 ] [-덤프 ]
[-max_hb ] [-[아니요]병합] [-아플렌 ]
[-[아니오]정규화] [-P ] [-fitfn ]
[-시작하다 ] [-완성 ]

기술

gmx h본드 수소결합을 계산하고 분석합니다. 수소 결합은 다음을 기준으로 결정됩니다.
각도 수소 - 기증자 - 수용체(XNUMX이 확장됨) 및 거리에 대한 컷오프
기증자 - 수용체(또는 수소 - 수용체를 사용) -노다). OH 및 NH 그룹은 다음과 같이 간주됩니다.
기증자, O는 항상 수락자이고 N은 기본적으로 수락자이지만 전환할 수 있습니다.
사용 -nitacc. 더미 수소 원자는 첫 번째 이전 원자와 연결되어 있다고 가정됩니다.
비수소 원자.

분석을 위해 두 그룹을 지정해야 하며, 이는 동일하거나 동일해야 합니다.
겹치지 않음. 두 그룹 사이의 모든 수소 결합이 분석됩니다.

설정 한 경우 -껍질, 다음을 포함해야 하는 추가 인덱스 그룹을 묻는 메시지가 표시됩니다.
정확히 하나의 원자. 이 경우 껍질 내의 원자 사이에는 수소결합만 존재
하나의 원자로부터의 거리가 고려됩니다.

-ac 옵션을 사용하면 수소 결합의 속도 상수를 다음 모델로 유도할 수 있습니다.
Luzar 및 Chandler(Nature 394, 1996; J. Chem. Phys. 113:23, 2000) 또는 Markovitz의 연구
및 Agmon(J. Chem. Phys 129, 2008). 접촉 동역학을 다음을 사용하여 분석하면
-접촉 옵션인 경우 n(t)는 접촉 내에 있지 않은 모든 쌍으로 정의될 수 있습니다.
시간 t의 거리 r(-r2 옵션을 기본값 0으로 두는 것에 해당) 또는
거리 r2 내에 있는 모든 쌍(두 번째 차단 값 설정에 해당)
-r2 옵션 사용). 자세한 내용과 정의는 언급된 문헌을 참조하세요.

출력:

· -숫자: 시간에 따른 수소결합의 수.

· 맥: 존재 함수의 모든 자기 상관에 대한 평균(0 또는 1)
모든 수소결합의

· -거리: 모든 수소결합의 거리 분포.

· -앙: 모든 수소결합의 각도 분포.

· -hx: n과 n+i가 존재하는 시간에 따른 n-n+i 수소결합의 수
잔수 번호의 경우 i 범위는 0~6입니다. 여기에는 n-n+3, n-n+4 및
단백질의 나선과 관련된 n-n+5 수소 결합.

· -hbn: 선택된 모든 그룹, 선택된 그룹에 대한 기증자, 수소 및 수용체, 모두
삽입에 관련된 모든 그룹과 모든 용매 원자의 수소 결합 원자.

· -hbm: 모든 프레임에 걸쳐 모든 수소 결합에 대한 존재 매트릭스, 여기에는 또한 다음이 포함됩니다.
수소 결합에 용매 삽입에 대한 정보. 주문방법은 그거랑 똑같음
in -hbn 인덱스 파일.

· -단: 각 기간별로 분석된 기증자와 수락자의 수를 적습니다. 이것
사용할 때 특히 유용합니다. -껍질.

· -nhbdist: 결과를 비교하기 위해 수소당 HBonds 수를 계산합니다.
라만 분광학.

참고: 옵션 맥, -생명, -hbn 그리고 -hbm 에 비례하는 메모리 양이 필요합니다.
총 기증자 수에 선택한 그룹의 총 수락자 수를 곱합니다.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG

-s [<.tpr>] (토폴.tpr)
휴대용 xdr 실행 입력 파일

-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

-숫자 [<.xvg>] (hbnum.xvg)
xvgr/xmgr 파일

-g [<.로그>] (hbond.log) (선택 사항)
로그 파일

맥 [<.xvg>] (hbac.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-거리 [<.xvg>] (hbdist.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-앙 [<.xvg>] (hbang.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-hx [<.xvg>] (hbhelix.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-hbn [<.ndx>] (hbond.ndx) (선택 사항)
색인 파일

-hbm [<.xpm>] (hbmap.xpm) (선택 사항)
X PixMap 호환 매트릭스 파일

-님 [<.xvg>] (기증자.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-단 [<.xvg>] (다넘.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-생명 [<.xvg>] (hblife.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-nhbdist [<.xvg>] (nhbdist.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

기타 옵션 :

-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)

-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)

-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용

-뚜 (추신)
시간 값의 단위: fs, ps, ns, us, ms, s

-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음

-a (30)
차단 각도(도, 수소 - 기증자 - 수용체)

-r (0.35)
컷오프 반경(nm, X - 억셉터, 다음 옵션 참조)

-[아니]다 (예)
거리 기증자-수용체(TRUE인 경우) 또는 수소-수용체(FALSE) 사용

-r2 (0)
두 번째 차단 반경. 주로 유용함 -접촉 그리고 맥

-쓰레기통 (1)
Binwidth 각도 분포(도)

-rbin (0.005)
Binwidth 거리 분포(nm)

-[아니요]nitac (예)
질소 원자를 수용체로 간주

-[아니요]연락처 (아니)
수소결합을 찾지 말고 단지 차단 거리 내의 접촉만 찾으십시오.

-껍질 (-1)
> 0인 경우, 하나의 입자 주위 #nm 껍질 내의 수소 결합만 계산합니다.

-fitstart (1)
다음을 얻기 위해 상관 함수 피팅을 시작하는 시간(ps)
HB 파괴 및 형성에 대한 순방향 및 역방향 속도 상수. 와 함께 -젬핏
우리는 제안 -fitstart 0

-핏엔드 (60)
다음을 얻기 위해 상관 함수 피팅을 중지해야 하는 시간(ps)입니다.
HB 차단 및 형성에 대한 순방향 및 역방향 속도 상수(
-젬핏)

-온도 (298.15)
HB 파괴에 해당하는 Gibbs 에너지를 계산하기 위한 온도(K)
개혁

-덤프 (0)
단일에서 첫 번째 N개의 수소 결합 ACF를 덤프합니다. .xvg 디버깅용 파일

-max_hb (0)
HB 정규화에 사용되는 이론적 최대 수소 결합 수
자기 상관 함수. 프로그램이 잘못 추정하는 경우 유용할 수 있습니다.

-[아니요]병합 (예)
동일한 공여체와 수용체 사이에 수소 결합이 다르지만 수소 결합은 다음과 같습니다.
단일 H-결합으로 취급됩니다. 주로 ACF에 중요합니다.

-아플렌 (-1)
ACF의 길이, 기본값은 프레임 수의 절반입니다.

-[아니오]정규화 (예)
ACF 정규화

-P (0)
ACF에 대한 르장드르 다항식 차수(0은 없음을 나타냄): 0, 1, 2, 3

-fitfn (없음)
맞춤 기능: 없음, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-시작하다 (0)
상관 함수의 지수 맞춤을 시작할 시간

-완성 (-1)
상관 함수의 지수 피팅을 종료하는 시간, -1은 다음까지입니다.
end

KNOWN 문제점

· 옵션 -소금 선택한 hbond에서 작동했던 것이 고장났으므로
당분간 가능합니다.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 gmx-hbond를 사용하십시오.