Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 gmx-insert-molecules 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-insert-molecules - 기존 공석에 분자 삽입
개요
gmx 삽입 분자 [-f [<.gro/.g96/...>]] [-시 [<.gro/.g96/...>]]
[-ip [<.dat>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-상자 ]
[-nmol ] [-노력하다 ] [-씨 ]
[-반지름 ] [-규모 ] [- 박사 ]
[-썩음 ]
기술
gmx 삽입 분자 삽입 -nmol 에 지정된 시스템의 사본 -시 입력 파일.
삽입은 다음과 같이 주어진 용질 형태의 빈 공간으로 발생합니다.
-f, 또는 주어진 빈 상자에 -상자. 둘 다 지정 -f 과 -상자 처럼 행동 -f하지만,
삽입하기 전에 용질 주위에 새 상자를 배치합니다. 존재하는 모든 속도는
버렸다.
기본적으로 삽입 위치는 무작위입니다(초기 시드가 다음과 같이 지정됨). -씨).
프로그램은 까지 반복 -nmol 상자에 분자가 삽입되었습니다. 분자는 아니다
기존 원자와 삽입된 원자 사이의 거리가 삽입됩니다.
분자는 두 원자의 반 데르 발스 반지름을 기반으로 한 합보다 작습니다. 데이터베이스
(vdwradii.dat) 반 데르 발스 반경의 프로그램에 의해 읽고 결과 반지름
크기 조정 -규모. 반지름이 데이터베이스에서 발견되지 않으면 해당 원자에
(미리 조정된) 거리 -반지름.
총 -nmol * -노력하다 포기하기 전에 삽입 시도가 이루어집니다. 증가하다 -노력하다 만약에 당신이
채울 몇 개의 작은 구멍이 있습니다. 옵션 -썩음 삽입 분자가
삽입 시도 전에 무작위로 방향이 지정됩니다.
대안적으로, 분자는 position.dat에 정의된 위치에만 삽입될 수 있습니다.
(-ip). 해당 파일에는 3개의 열(x,y,z)이 있어야 합니다.
입력 분자 위치(-시). 따라서 해당 파일에 절대
위치, 분자는 사용하기 전에 (0,0,0) 중심에 있어야 합니다. gmx 삽입 분자
(예를 들어 gmx editconf -센터). 해당 파일에서 #으로 시작하는 주석은 무시됩니다.
선택권 - 박사 삽입 시험 중 최대 허용 변위를 정의합니다. -노력하다 과
-썩음 기본 모드에서와 같이 작동합니다(위 참조).
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-f [<.gro/.g96/...>] (프로틴.그로) (선택 사항)
삽입할 기존 구성: 그루터기 g96 pdb BRK ENT ESP tpr
-시 [<.gro/.g96/...>] (삽입.gro)
삽입할 구성: 그루터기 g96 pdb BRK ENT ESP tpr
-ip [<.dat>] (위치.dat) (선택 사항)
미리 정의된 삽입 시도 위치
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.gro/.g96/...>] (아웃.그로)
삽입 후 출력 구성: 그루터기 g96 pdb BRK ENT ESP
기타 옵션 :
-상자 (0 0 0)
상자 크기(nm)
-nmol (0)
삽입할 여분의 분자 수
-노력하다 (10)
삽입 시도 -nmol 시대 -노력하다 시대
-씨 (1997)
무작위 생성기 시드
-반지름 (0.105)
기본 반 데르 발스 거리
-규모 (0.57)
데이터베이스에서 Van der Waals 반지름을 곱하기 위한 배율 인수
공유/gromacs/top/vdwradii.dat. 기본값 0.57은 다음과 가까운 밀도를 생성합니다.
물에 있는 단백질의 경우 1000g/l.
- 박사 (0 0 0)
위치에서 x/y/z로 허용되는 변위 -ip 파일
-썩음
삽입된 분자를 무작위로 회전: xyz, z, 없음
onworks.net 서비스를 사용하여 gmx-insert-molecules 온라인 사용
