이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 gmx-spol 명령입니다.
프로그램:
이름
gmx-spol - 용질 주변의 용매 쌍극자 방향 및 분극 분석
개요
gmx 스폴 [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[지금]
[-xvg ] [-[아니오]com] [- 재지방 ] [-rmin ]
[-rmax ] [-담그다 ] [-bw ]
기술
gmx 스폴 용질 주변의 쌍극자를 분석합니다. 분극성 물에 특히 유용합니다.
기준 원자 그룹 또는 질량 기준 중심(옵션 -com) 및 그룹
용매 원자가 필요합니다. 이 프로그램은 용매 원자 그룹을 분자로 나눕니다.
각 용매 분자에 대해 참조 그룹에서 가장 가까운 원자까지의 거리 또는
COM이 결정됩니다. 이러한 거리의 누적 분포가 표시됩니다. 각각
사이의 거리 -rmin 과 -rmax 거리 벡터와 쌍극자의 내적
용매 분자가 결정됩니다. 순전하(이온)가 있는 용매 분자의 경우
이온의 순전하는 각 이온을 선택할 때 모든 원자에서 균등하게 뺍니다.
이러한 쌍극자 구성 요소의 평균이 인쇄됩니다. 양극화에 대해서도 마찬가지입니다.
여기서 평균 쌍극자는 순간 쌍극자에서 뺍니다. 의 크기
평균 쌍극자는 옵션으로 설정됩니다. -담그다, 방향은 다음의 벡터에 의해 정의됩니다.
두 번째와 두 번째 사이의 중간점에 선택된 용매 그룹의 첫 번째 원자
세 번째 원자.
옵션
입력 파일을 지정하는 옵션:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
궤적: xtc trr CPT 그루터기 g96 pdb TNG
-s [<.tpr>] (토폴.tpr)
휴대용 xdr 실행 입력 파일
-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일
출력 파일을 지정하는 옵션:
-o [<.xvg>] (scdist.xvg)
xvgr/xmgr 파일
기타 옵션 :
-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)
-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)
-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용
-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 과 .pdb 파일
-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음
-[아니오]com (아니)
질량 중심을 기준 위치로 사용
- 재지방 (1)
용매 분자의 참조 원자
-rmin (0)
최대 거리(nm)
-rmax (0.32)
최대 거리(nm)
-담그다 (0)
평균 쌍극자(D)
-bw (0.01)
빈 너비
onworks.net 서비스를 사용하여 gmx-spol 온라인 사용
