gmx-tcaf - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

gmx-tcaf - 액체의 점도 계산

개요

gmx tcaf [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-오 [<.xvg>]] [-오아 [<.xvg>]] [-o [<.xvg>]] [-의 [<.xvg>]]
[-oc [<.xvg>]] [-ov [<.xvg>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[지금] [-xvg ] [-몰] [-[아니오]k34]
[-중량 ] [-아플렌 ] [-[아니오]정규화] [-P ]
[-fitfn ] [-시작하다 ] [-완성 ]

기술

gmx tcaf 횡방향 전류 자기상관을 계산합니다. 이들은 추정하는 데 사용됩니다
전단 점도 등 자세한 내용은 Palmer, Phys를 참조하십시오. Rev. E 49(1994) pp 359-366.

횡방향 전류는 k-벡터 (1,0,0) 및 (2,0,0)을 사용하여 각각 계산됩니다.
전에, y- 그리고 z-방향, (1,1,0) 및 (1,-1,0) 또한 2개의 다른 평면(이러한
벡터는 독립적이지 않음) 및 (1,1,1) 및 3개의 다른 상자 대각선(또한 독립적이지 않음
독립적 인). 각 k-벡터에 대해 사인 및 코사인이 다음과 함께 사용됩니다.
2개의 수직 방향의 속도. 이것은 총 16*2*2=64 가로를 제공합니다.
전류. 하나의 자기상관이 각 k-벡터에 맞게 계산되어 16을 제공합니다.
TCAF. 이러한 TCAF 각각은 f(t) = exp(-v)(cosh(Wv) + 1/W sinh(Wv)), v = -t/(2
tau), W = sqrt(1 - 4 tau eta/rho k^2), 이는 16개의 tau 및 eta 값을 제공합니다. 핏
가중치는 시간 상수 w에 따라 기하급수적으로 감소합니다. -중량) exp(-t/w)로, 그리고
TCAF 및 적합도는 시간 5*w까지 계산됩니다. eta 값은 1 - a에 맞춰져야 합니다.
eta(k) k^2, 이로부터 k=0에서 전단 점도를 추정할 수 있습니다.

상자가 입방체일 때 옵션을 사용할 수 있습니다. -oc, 이는 전체 TCAF의 평균입니다.
길이가 같은 k-벡터. 결과적으로 더 정확한 TCAF가 생성됩니다. 둘 다 큐빅
TCAF 및 맞춤은 다음에 기록됩니다. -oc 입방 에타 추정값도 다음과 같이 기록됩니다. -ov.

옵션을 -몰, 횡전류는 원자 대신 분자로 결정됩니다. 에
이 경우 인덱스 그룹은 원자 번호 대신 분자 번호로 구성되어야 합니다.

k-의존 점도 -ov 파일은 eta(k) = eta_0 (1 - ak^2)에 맞춰져야 합니다.
무한 파장에서 점도를 얻기 위해.

참고 : 좌표와 속도를 충분히 자주 작성해야 합니다. 처음의,
지수가 아닌 자기 상관 함수의 일부는 다음을 얻는 데 매우 중요합니다.
좋은 자세.

옵션

입력 파일을 지정하는 옵션:

-f [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
완전 정밀 탄도: trr CPT TNG

-s [<.tpr/.gro/...>] (토폴.tpr) (선택 사항)
구조+질량(db): tpr 그루터기 g96 pdb 브르크 엔트

-n [<.ndx>] (인덱스.ndx) (선택 사항)
색인 파일

출력 파일을 지정하는 옵션:

-오 [<.xvg>] (transcur.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-오아 [<.xvg>] (tcaf_all.xvg)
xvgr/xmgr 파일

-o [<.xvg>] (tcaf.xvg)
xvgr/xmgr 파일

-의 [<.xvg>] (tcaf_fit.xvg)
xvgr/xmgr 파일

-oc [<.xvg>] (tcaf_cub.xvg) (선택 사항)
xvgr/xmgr 파일

-ov [<.xvg>] (visc_k.xvg)
xvgr/xmgr 파일

기타 옵션 :

-b (0)
궤적에서 읽을 첫 번째 프레임(ps)

-e (0)
궤적에서 읽을 마지막 프레임(ps)

-dt (0)
t MOD dt = 처음(ps)일 때만 프레임 사용

-[지금 (아니)
출력 보기 .xvg, .xpm, .주당 순 이익 과 .pdb 파일

-xvg
xvg 플롯 형식: xmgrace, xmgr, 없음

-몰 (아니)
분자의 TCAF 계산

-[아니오]k34 (아니)
또한 k=(3,0,0) 및 k=(4,0,0) 사용

-중량 (5)
TCAF 적합 가중치에 대한 지수 감쇠 시간

-아플렌 (-1)
ACF의 길이, 기본값은 프레임 수의 절반입니다.

-[아니오]정규화 (예)
ACF 정규화

-P (0)
ACF에 대한 르장드르 다항식 차수(0은 없음을 나타냄): 0, 1, 2, 3

-fitfn (없음)
맞춤 기능: 없음, exp, aexp, exp_exp, exp5, exp7, exp9

-시작하다 (0)
상관 함수의 지수 맞춤을 시작할 시간

-완성 (-1)
상관 함수의 지수 피팅을 종료하는 시간, -1은 다음까지입니다.
end

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