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go2rdfp - 클라우드 온라인

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터를 통해 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 go2rdfp 실행

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 go2rdfp 명령입니다.

프로그램:

이름


go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - 변환 도구 및 해당 래퍼

개요


go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml 온톨로지/*.ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml 온톨로지/gene_ontology.obo

기술


모든 GO/OBO 스타일 온톨로지 파일을 구문 분석하고 다른 형식으로 작성합니다.

인수
-e 오류 파일

XML에 구문 분석 오류를 씁니다. 기본값은 STDERR입니다(잘에는 구문 분석 오류가 없어야 합니다.
형성된 파일)

-p FORMAT

사용할 파서를 결정합니다. 지정하지 않으면 파일을 기반으로 추측합니다.
접미사. 형식은 아래 참조

-w|작가 FORMAT

출력 형식 - 목록은 아래 참조

-|xslt XSLT

XSLT 변환의 이름 또는 파일 이름

이것은 파일 시스템의 아무 곳에서나 파일에 대한 절대 경로이거나
xslt의 이름이어야 합니다. 예

go2fmt.pl -xslt oboxm_to_owl go.obo

이름이 지정되면 먼저 $GO_ROOT/xml/xsl/*.xsl이 검색됩니다. 만약
GO_ROOT가 설정되지 않은 경우 GO가 설치된 펄 모듈 디렉토리가 검색됩니다(
일반 설치 프로세스를 따르면 xslt가 여기에 자동으로 설치됩니다.)

-use_cache
이 스위치가 지정되면 캐싱 모드가 켜집니다.

캐싱 모드를 사용하면 파일을 처음 구문 분석할 때 추가 파일이
구문 분석이 빠른 특수 형식으로 내보냅니다. 이 파일은 동일한 파일 이름을 갖습니다
".cache" 접미사가 있는 것을 제외하고 원본 파일로.

다음에 파일을 구문 분석할 때 이 프로그램은 자동으로 존재 여부를 확인합니다.
".cache" 파일의. 파일이 존재하고 지정한 파일보다 최신인 경우 이
대신 구문 분석됩니다. 존재하지 않으면 다시 작성됩니다.

이것은 b에 대한 속도 향상을 가져올 것입니다 아래 출력 형식(예:
경로 목록). 대부분의 출력 형식은 이벤트 기반 구문 분석과 함께 작동하므로 객체를 캐싱하면
이점이 없으며 실제로 캐시를 우회하는 것보다 느립니다.

형식
쓰기 가능한 형식은

계속해
접미사가 ".ontology"인 파일

온톨로지 DAG를 저장합니다.

go_def
접미사가 ".defs"인 파일

go_xref
GO 용어에 대한 외부 데이터베이스 참조

접미사가 "2go"인 파일(예: ec2go, metacyc2go)

go_assoc
GO를 사용한 유전자 또는 유전자 산물의 주석

접두사가 "gene-association"인 파일.

obo_text
접미사가 ".obo"인 파일

이것은 기존 GO 플랫 파일 형식을 대체하는 새로운 파일 형식입니다. 그것
온톨로지, 정의 및 외부 참조를 처리합니다(연결은 아님).

obo_xml
접미사가 ".obo.xml" 또는 ".obo-xml"인 파일

위의 OBO 플랫 파일 형식의 XML 버전입니다.

프롤로그
프롤로그 사실 - 이것을 사용하려면 프롤로그 컴파일러/인터프리터가 필요합니다. 당신은 할 수 있습니다
이러한 사실에 대해 Obol 또는 다가오는 Bio-LP 프로젝트를 사용하여 추론

tbl 단순(손실) 표 표현

개요
온톨로지 파일과 연관 파일 모두에 사용할 수 있습니다.

경로 목록
루트에 대한 모든 경로를 보여줍니다.

올빼미 올빼미 형식(기본값: OWL-DL)

OWL은 온톨로지를 위한 W3C 표준 형식입니다.

이것을 실행하려면 전체 go-dev 배포판의 XSL 파일이 필요합니다. XML 참조
섹션http://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
GO::Model::Graph 객체의 YAML 표현

obj_storable
perl GO::Model::Graph 객체의 덤프. 이를 위해 CPAN에서 저장 가능해야 합니다.
일하다. 이것은 빠른 액세스를 위해 파일 시스템에 개체를 캐시하기 위한 것입니다. NS
obj_storable 표현은 이식 가능하지 않을 수 있습니다.

text_html
html로 변환된 OBO 출력 형식

godb_prestore
GODB 관계형 스키마에 직접 매핑되는 XML(다음을 사용하여 로드할 수 있음)
Stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
Chado 관계형 스키마에 직접 매핑되는 XML(그런 다음 다음을 사용하여 로드할 수 있습니다.
Stag-storenode.pl)

사용 설명서
<http://www.godatabase.org/dev>

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 go2rdfp 사용


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