hmm2search - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

hmm2search - 프로필 HMM을 사용하여 시퀀스 데이터베이스 검색

개요

흠2검색 [옵션] 흠 파일 시퀀스 파일

기술

흠2검색 HMM을 읽습니다. 흠 파일 그리고 검색 시퀀스 파일 상당히 유사하기 때문에
시퀀스 일치.

시퀀스 파일 현재 작업 디렉토리에서 먼저 찾은 다음 디렉토리에서 찾습니다.
환경 변수에 의해 명명됨 BLASTDB. 이를 통해 사용자는 기존 BLAST 데이터베이스를 사용할 수 있습니다.
사이트에 대해 BLAST가 구성된 경우.

흠2검색 시퀀스의 크기에 따라 실행하는 데 몇 분 또는 몇 시간이 걸릴 수 있습니다.
데이터 베이스. 출력을 파일로 리디렉션하는 것이 좋습니다.

출력은 XNUMX개의 섹션으로 구성됩니다. 최고 점수 시퀀스의 순위 목록,
최고 점수를 받은 도메인의 순위 목록, 모든 최고 점수를 받은 도메인에 대한 정렬 및
점수 히스토그램. 시퀀스 점수는 도메인 점수보다 높을 수 있습니다.
시퀀스에 두 개 이상의 도메인이 있는 경우 동일한 시퀀스입니다. 시퀀스 점수는
모든 도메인을 고려합니다. 이상의 점수를 얻은 모든 시퀀스 -E 과 -T 컷오프가 표시됩니다.
첫 번째 목록에서 매주 이 목록에서 찾은 도메인은 두 번째 목록에 표시됩니다.
도메인 조회수. 원하는 경우 E-값 및 비트 점수 임계값도 적용할 수 있습니다.
도메인 목록을 사용하여 --둥근 천장 과 --domT 옵션을 제공합니다.

옵션

-h 간단한 도움말 인쇄 다음을 포함한 모든 옵션의 버전 번호 및 요약이 포함됩니다.
전문가 옵션.

-A 정렬 출력을 다음으로 제한합니다. 최고의 점수를 받은 도메인. -A0 끄다
정렬 출력을 사용하고 출력 파일의 크기를 줄이는 데 사용할 수 있습니다.

-E 시퀀스별 순위 적중 목록에 대한 E-값 컷오프를 다음으로 설정합니다. , 어디에 하는
양의 실수. 기본값은 10.0입니다. E-값이 더 나은 적중(적음)
보다) 이 임계값이 표시됩니다.

-T 시퀀스별 순위 적중 목록에 대한 비트 점수 컷오프를 다음으로 설정합니다. , 어디에 is
실수. 기본값은 음의 무한대입니다. 기본적으로 임계값은 다음과 같습니다.
비트 점수가 아닌 E-값으로 제어됩니다. 비트 점수가 더 나은 적중
(보다 큼) 이 임계값이 표시됩니다.

-Z 마치 시퀀스 데이터베이스를 본 것처럼 E-값 점수를 계산합니다.
시퀀스. 기본값은 데이터베이스 파일에 표시된 시퀀스 수입니다.
.

전문가 옵션

--compat
2.1.1-1998 공개 릴리스인 HMMER 2001의 출력 형식을 사용하십시오. 그렇게 제공
2.1.1 파서는 다시 작성할 필요가 없습니다.

--cpu
프로그램이 실행될 최대 CPU 수를 설정합니다. 기본값은 다음을 사용하는 것입니다.
머신의 모든 CPU. HMMER_NCPU 환경 변수를 재정의합니다. 오직
스레드 버전의 HMMER(대부분 시스템의 기본값)에 영향을 미칩니다.

--cut_ga
Pfam GA(수집 임계값) 점수 컷오프를 사용합니다. --globT와 동일
--domT , 그러나 GA2 및 GA1 컷오프는 HMM 파일에서 읽습니다. 흠2빌드
정렬 파일에 Pfam 친화적인 주석이 달린 경우 이러한 컷오프를 거기에 넣습니다.
정렬 형식(확장 SELEX 또는 스톡홀름 형식) 및 선택적 GA
주석 줄이 있었습니다. 이러한 컷오프가 HMM 파일에 설정되어 있지 않으면 --cut_ga
작동하지 않습니다.

--cut_tc
Pfam TC(신뢰할 수 있는 기준) 점수 기준을 사용하세요. --globT와 동일 --domT
, 그러나 TC2 및 TC1 컷오프는 HMM 파일에서 읽습니다. hmm2build는 이것을 넣습니다
Pfam 친화적인 정렬로 정렬 파일에 주석이 달린 경우 컷오프됩니다.
형식(확장 SELEX 또는 스톡홀름 형식) 및 선택적 TC 주석 줄은
현재의. 이러한 컷오프가 HMM 파일에 설정되어 있지 않으면 --cut_tc 작동하지 않습니다.

--cut_nc
Pfam NC(잡음 차단) 점수 차단을 사용합니다. --globT와 동일 --domT ,
그러나 NC1 및 NC2 컷오프는 HMM 파일에서 읽혀집니다. hmm2build는 이것을 넣습니다
Pfam 친화적인 정렬로 정렬 파일에 주석이 달린 경우 컷오프됩니다.
형식(확장 SELEX 또는 스톡홀름 형식) 및 선택적 NC 주석 라인은
현재의. 이러한 컷오프가 HMM 파일에 설정되어 있지 않으면 --cut_nc 작동하지 않습니다.

--둥근 천장
도메인별 순위 히트 목록에 대한 E-값 컷오프를 다음으로 설정합니다. , 어디에 하는
양의 실수. 기본값은 무한대입니다. 기본적으로 다음의 모든 도메인은
첫 번째 임계값을 통과한 시퀀스는 두 번째 목록에 보고되므로
시퀀스별 목록에 보고된 도메인 수가
도메인별 목록에 나타나는 번호입니다.

--domT
도메인별 순위 히트 목록에 대한 비트 점수 컷오프를 다음으로 설정합니다. , 어디에 하는
실수. 기본값은 음의 무한대입니다. 기본적으로 다음의 모든 도메인은
첫 번째 임계값을 통과한 시퀀스는 두 번째 목록에 보고되므로
시퀀스별 목록에 보고된 도메인 수가
도메인별 목록에 나타나는 번호입니다. 중대한 참고 사항 : 하나의 도메인만
순서는 이 매개변수에 의해 절대적으로 제어됩니다. --domT. 두 번째 및
시퀀스의 후속 도메인은 사실상 0의 비트 점수 임계값을 갖습니다.
HMMER 작동 방식에 대한 세부정보입니다. HMMER는 최소한 한 번의 통과가 필요합니다.
시퀀스별 메인 모델; 두 개 이상의 패스(두 개 이상의 도메인)를 수행하려면
다중 도메인 정렬은 단일 도메인 정렬보다 더 나은 점수를 가져야 하며,
따라서 추가 도메인은 긍정적인 점수에 기여해야 합니다. 사용자 가이드 보기
자세한 내용은.

--앞으로
Viterbi 알고리즘 대신 Forward 알고리즘을 사용하여
시퀀스 점수. 도메인별 점수는 여전히 Viterbi 알고리즘에 의해 결정됩니다.
일부에서는 Forward가 원격 탐지에 더 민감한 알고리즘이라고 주장했습니다.
서열 상동체; 그러나 HMMER를 사용한 나의 실험에서는 이를 확인하지 못했습니다.

--정보
입력 시퀀스 파일 형식에 있습니다 ; Babelfish 형식을 실행하지 마십시오
자동 감지. 이것은 프로그램의 신뢰성을 다소 증가시킵니다.
Babelfish는 실수를 할 수 있습니다. 무인, 높은-
HMMER의 처리량 실행. 유효한 형식 문자열에는 FASTA, GENBANK, EMBL, GCG,
PIR, 스톡홀름, SELEX, MSF, CLUSTAL 및 PHYLIP. 에 대한 사용자 안내서를 참조하십시오.
전체 목록.

--null2
사후 두 번째 Null 모델을 끕니다. 기본적으로 각 정렬은 다음에 의해 다시 채점됩니다.
다음 중 하나에서 가능한 편향된 구성을 고려하는 후처리 단계
HMM 또는 표적 서열. 이는 데이터베이스 검색에 거의 필수적이며,
특히 로컬 정렬 모델의 경우. 이렇게 될 가능성은 매우 적습니다
후처리로 인해 실제 일치 항목이 제거될 수 있으며 이러한 경우 --null2 개선 될 수있다
편향된 구성을 허용하여 특이성을 감소시키는 대신 민감도를 높입니다.
통과합니다.

--pvm PVM(병렬 가상 머신)에서 실행합니다. PVM이 이미 실행 중이어야 합니다. 그만큼
클라이언트 프로그램 hmm2search-pvm 모든 PVM 노드에 설치해야 합니다. 선택적 PVM
지원은 HMMER로 컴파일되어야 합니다.

--xnu 표적 단백질 서열의 XNU 필터링을 켭니다. 핵산에는 영향을 미치지 않습니다.
시퀀스. 시범 실험에서는 --xnu 비해 성능이 떨어지는 것 같습니다.
기본 사후 null2 모델입니다.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 hmm2search를 사용하세요.