hmmer2 - 클라우드에서의 온라인

프로그램:

이름

HMMER - 프로파일 숨김 Markov 모델 소프트웨어

개요

흠2정렬
여러 시퀀스를 프로필 HMM에 정렬합니다.

흠2빌드
주어진 다중 서열 정렬로부터 HMM 프로파일을 구축합니다.

흠2보정
HMM 사전 프로필에 대한 적절한 통계적 유의성 매개변수 결정
데이터베이스 검색을 수행합니다.

hmm2변환하다
HMMER 프로필 HMM을 GCG 프로필과 같은 다른 형식으로 변환합니다.

흠2방출
프로필 HMM에서 확률적으로 시퀀스를 생성합니다.

흠2페치
HMM 데이터베이스에서 HMM 검색

hmm2index
HMM 데이터베이스에 대한 바이너리 SSI 인덱스 생성

hmm2pfam
시퀀스로 프로파일 HMM 데이터베이스를 검색합니다.
쿼리 시퀀스의 도메인).

흠2검색
HMM 프로필을 사용하여 서열 데이터베이스를 검색합니다(예: 추가 상동체 찾기).
모델화된 가족).

기술

이 프로그램은 프로파일 숨겨진 마르코프 모델(프로파일 HMM)을 사용하여 기본 모델을 모델링합니다.
단백질이나 핵산 서열 계열의 구조적 합의.

옵션

All 흠머 프로그램은 다음과 같은 경우 명령줄 구문과 옵션에 대한 간략한 요약을 제공합니다.
인수 없이 호출됩니다. 단일 인수로 호출하면 -h (즉, 도움),
프로그램은 거의 사용되지 않는 정보를 포함하여 더 자세한 명령줄 사용 정보를 보고합니다.
실험적이고 전문가적인 옵션. -h 다음과 같은 경우에 유용한 버전 번호를 보고합니다.
나에게 버그나 문제를 보고해야 합니다.

각각의 흠머 프로그램에는 명령줄 사용법을 간략하게 요약하는 자체 매뉴얼 페이지가 있습니다. 있다
튜토리얼이 포함된 소프트웨어 배포와 함께 제공되는 사용자 가이드
프로그램 소개와 자세한 설명.

만나다 http://hmmer.janelia.org/ 온라인 문서 및 현재 HMMER 릴리스.

일반적으로 초보 사용자에게는 명령줄 옵션이 필요하지 않습니다. 기본값은 다음과 같습니다.
대부분의 상황에서 최적의 성능을 발휘하도록 설정됩니다. 단일 소문자인 옵션
문자(예: -a )는 자주 사용될 것으로 예상되는 "공통" 옵션입니다.
많은 응용 프로그램에서 중요합니다. 단일 대문자로 구성된 옵션(예: -B )
일반적으로 덜 일반적인 옵션이지만 일부 응용 프로그램에서는 중요할 수도 있습니다. 옵션
이는 완전한 단어입니다(예: --말 수가 많은 ) 거의 사용되지 않거나 실험적이거나 전문가입니다.
옵션. 일부 실험 옵션은 내가 진행 중인 실험에만 사용됩니다.
HMMER가 지원되지 않거나 적절하게 문서화되지 않을 수 있습니다.

순차 FILE 형식

일반적으로, 흠머 가장 일반적인 생물학적 서열 파일 형식을 읽으려고 시도합니다. 그것
파일 형식을 자동 감지합니다. 또한 서열이 단백질인지 여부도 자동 감지합니다.
또는 핵산. 일반적인 IUPAC 축퇴 코드 외에도 표준 IUPAC 축퇴 코드가 허용됩니다.
4자리 또는 20자리 코드.

정렬되지 않음 시퀀스
정렬되지 않은 시퀀스 파일은 FASTA, Swissprot, EMBL, GenBank, PIR,
Intelligenetics, Strider 또는 GCG 형식. 이러한 형식은
사용자 가이드.

순서 정렬
다중 서열 정렬은 CLUSTALW, SELEX 또는 GCG MSF 형식일 수 있습니다. 이것들
형식은 사용자 가이드에 설명되어 있습니다.

환경 변수

대규모 stable 시퀀스 및 HMM 데이터베이스를 쉽게 사용할 수 있도록 흠머 시퀀스 파일을 찾습니다
현재 작업 디렉토리와 지정된 시스템 디렉토리의 HMM 파일
환경 변수로.

BLASTDB
시퀀스 데이터베이스의 디렉터리 위치를 지정합니다. 예: /seqlibs/폭발-
DB/. BLAST 소프트웨어를 사용하는 설치에서 이 환경 변수는 다음과 같습니다.
이미 설정되어 있습니다.

HMMERDB
HMM 데이터베이스의 디렉터리 위치를 지정합니다. 예: /seqlibs/pfam/.

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