ipcress - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

ipcress - In-silico PCR 실험 시뮬레이션 시스템

개요

아이크레스 [ 옵션 ] <프라이머 파일> <순서 경로>

기술

아이크레스 이다 In-실리코 PCR E실험 S모방 S시스템

이것은 PCR 실험의 시뮬레이션을 위한 도구입니다. 프라이머가 포함된 파일을 제공합니다.
및 일련의 시퀀스를 사용하여 PCR 산물을 예측합니다.

Ipcress는 NCBI의 e-PCR 프로그램과 유사하지만 훨씬 빠르며
프라이머 근처에 모호성 기호가 있을 때 일치를 식별하는 데 문제가 있음
끝.

많은 프라이머 쌍을 함께 제공하는 경우 ipcress는 다음에서 PCR 실험을 시뮬레이션합니다.
병렬, 많은 실험의 게놈 전체 시뮬레이션을 허용합니다. 많이 사용합니다
도서관 무죄하다 시퀀스 비교 도구.

입력 FORMAT

ipcress에 대한 입력은 각 실험을 설명하는 단순한 공백으로 구분된 파일입니다.
선. 각 줄에는 다음 5개 필드가 있습니다.

id 이 실험의 식별자
프라이머_A 첫 번째 프라이머의 순서
프라이머_B 두 번째 프라이머의 시퀀스
min_product_len 보고할 최소 제품 길이
max_product_len 보고할 최대 제품 길이

다음은 이 형식의 예입니다.

ID0001 CATGCATGCATGC CGATGCANGCATGCT 900 1100

출력 FORMAT

출력 형식은 한 줄에 하나의 PCR 제품을 설명합니다.
"ipcress:"가 접두사로 붙고 다음 11개 필드가 뒤따릅니다.

시퀀스 ID 시퀀스 식별자
실험 ID PCR 실험 ID
제품_길이 PCR 산물 길이
프라이머_5 5' 프라이머(A 또는 B)
pos_5 5' 프라이머의 위치
불일치_5 5' 프라이머의 불일치 수
프라이머_3 |
pos_3 | 3' 프라이머에 대한 동일한 필드
불일치_3 |
설명 PCR 산물에 대한 설명

설명 필드는 다음 4개 문자열 중 하나입니다.

앞으로 일반 제품, 프라이머 A 다음에 B
회전 보상 일반 제품, 프라이머 B 다음에 A
싱글_에이 primer_A만 생성한 불량 제품
싱글_B primer_B에서만 생성된 불량 제품

사람이 읽을 수 있는 출력도 표시되며 구문 분석용으로 설계되지 않았습니다(참조:
-- 꽤 아래).

일반 옵션

대부분의 인수에는 짧고 긴 형식이 있습니다. 긴 형태
시간이 지남에 따라 안정적일 가능성이 높으므로 다음과 같은 스크립트에 사용해야 합니다.
아이피스에 전화해.

-h | --단기 도움말
도움말을 표시합니다. 사용 가능한 옵션, 기본값에 대한 간략한 요약이 표시됩니다.
및 현재 설정된 값.

--도움
기본값, 현재 설정된 값,
및 각 매개변수를 설정하는 데 사용할 수 있는 환경 변수입니다. 있을 것이다
필수 옵션을 표시합니다. 필수 옵션에는
기본값이며 ipcress를 실행하려면 값이 제공되어야 합니다. 필수 옵션인 경우
순서대로 사용되며 해당 플래그는 명령줄에서 건너뛸 수 있습니다(예제 참조
아래에). 이 매뉴얼 페이지와 달리 이 옵션의 정보는 항상 표시됩니다.
최신 버전의 프로그램으로 현재까지.

-v | --번역
버전 번호를 표시합니다. 또한 빌드 날짜와 같은 기타 정보를 표시합니다.
및 glib 버전이 사용되었습니다.

FILE 입력 옵션

-i | --입력
위에서 설명한 ipcress 파일 형식의 PCR 실험 데이터.

-s | --순서
시퀀스를 지정합니다. 여기에 여러 파일을 지정할 수 있으므로 FSM이 줄어듭니다.
오버 헤드를 구축하고 프로세스를 실행하는 것보다 ipcress를 더 빠르게 실행합니다.
갈라져.

IPCESS 매개 변수

-m | --불일치
프라이머당 허용되는 불일치 수를 지정합니다. 불일치를 허용하면 감소
프로그램의 속도는 큰 프라이머 이웃으로 구성되어야 하며,
시퀀스의 각 스캔 전에 더 적은 수의 실험을 메모리에 맞출 수 있습니다.
데이터베이스.

-M | --메모리
프로그램이 사용해야 하는 메모리 양을 지정합니다. 더 많은 메모리를 만들었습니다.
사용 가능한 ipcress는 더 많은 PCR 실험을 수행할 수 있으므로 더 빠르게 실행됩니다.
시퀀스 데이터베이스의 각 스캔에서. 여기에 사용된 메모리는 포함되지 않습니다.
스캔(일부 결과 및 시퀀스 저장용), 따라서 실제
사용된 메모리가 약간 더 높습니다.

-p | --예쁜
구문 분석용이 아닌 사람이 읽을 수 있는 형식으로 결과를 표시합니다.

-P | --제품
FASTA 형식 시퀀스로 PCR 제품을 표시합니다.

-S | --씨앗
FSM에 대한 wordneighbourhood의 시드 길이를 지정합니다. XNUMX으로 설정하면,
전체 프라이머가 사용됩니다. 짧은 단어는 이웃의 크기를 줄이지 만
ipcress가 위양성 일치를 필터링하는 데 걸리는 시간을 늘립니다.

환경

아직 문서화되지 않았습니다.

사용 예

아이크레스 테스트.ipress 시퀀스.파스타
이것은 ipcress를 사용할 수 있는 가장 간단한 방법입니다.
아이크레스 dbsts_human.ipress --순서 ncbi30/*.fasta --불일치 1
입력 파일을 일련의 fasta 파일과 비교하여 각각에 하나의 불일치를 허용합니다.
뇌관.

버전

이 문서는 exonerate 패키지 버전 2.2.0과 함께 제공됩니다.

onworks.net 서비스를 사용하여 ipcress 온라인 사용