Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 실행할 수 있는 macs2_bdgdiff 명령입니다.
프로그램:
이름
macs2_bdgdiff - ChIP 시퀀싱을 위한 모델 기반 분석
기술
사용법: macs2 bdgdiff [-h] --t1 T1BDG --t2 T2BDG --c1 C1BDG --c2 C2BDG
[-C 컷오프] [-l 최소] [-g 최대 간격] [--d1 깊이1]
[--d2 깊이2] [--outdir OUTDIR] (--o-접두사 OPREFIX | -o OFILE OFILE OFILE)
선택 인수 :
-h, --도움
이 도움말 메시지를 표시하고 종료
--t1 T1BDG
조건 1에 대한 MACS 파일업 베드 그래프. callpeak와 호환되지 않음 --SPMR 출력.
필요한
--t2 T2BDG
조건 2에 대한 MACS 파일업 베드 그래프. callpeak와 호환되지 않음 --SPMR 출력.
필요한
--c1 C1BDG
MACS는 조건 1에 대한 람다 bedGraph를 제어합니다. callpeak와 호환되지 않습니다. --SPMR
산출. 필수의
--c2 C2BDG
MACS는 조건 2에 대한 람다 bedGraph를 제어합니다. callpeak와 호환되지 않습니다. --SPMR
산출. 필수의
-C 끊다, --끊다 끊다
logLR 컷오프. 기본값: 3(우도비=1000)
-l 민렌, --분렌 민렌
미분 영역의 최소 길이입니다. 작은 영역을 제거하려면 더 큰 값을 사용해 보세요.
기본값: 200
-g 맥스갭, --최대 간격 MAXGAP
인근 차등 영역을 병합하기 위한 최대 간격입니다. 넓은 범위에 대해 더 넓은 간격을 고려하십시오.
점수. 최대 간격은 최소 길이(-g). 기본값: 100
--d1 깊이1, --깊이1 깊이1
조건 1의 시퀀싱 깊이(비중복 읽기 수(백만 단위))입니다.
와 함께 사용 --d2. 다음에 대한 설명을 참조하세요. --d2 할당 방법은 아래를 참조하세요.
기본값 : 1
--d2 깊이2, --깊이2 깊이2
조건 2의 시퀀싱 깊이(비중복 읽기 수(백만 단위))입니다.
와 함께 사용 --d1. DEPTH1 및 DEPTH2는 스케일링을 계산하는 데 사용됩니다.
더 큰 표본을 더 작은 표본 수준으로 축소하기 위해 각 표본에 대해 계수를 적용합니다.
예를 들어 10만 개의 조건 1과 20만 개의 조건 2를 비교하는 경우 다음을 사용합니다.
--d1 10 --d2 20이면 조건 2에 대한 bedGraph의 파일업 값은 다음과 같이 나뉩니다.
2. 기본값: 1
--outdir 아웃디어
지정하면 모든 출력 파일이 해당 디렉토리에 기록됩니다. 기본값:
현재 작업 디렉토리
--o-접두사 접두사
출력 파일 접두사. 실제 파일 이름은 PREFIX_cond1.bed로 지정됩니다.
PREFIX_cond2.bed 및 PREFIX_common.bed. 와 상호 배타적 -o/--파일.
-o OFILE OFILE OFILE, --offile OFILE OFILE OFILE
출력 파일 이름. 세 가지 인수를 순서대로 제공해야 합니다. 1. 고유 영역에 대한 파일
조건 1; 2. 조건 2의 고유 지역에 대한 파일 3. 공통 영역에 대한 파일
두 조건 모두에서. 참고: 다음과 상호 배타적입니다. --o-접두사.
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