Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 macs2 명령입니다.
프로그램:
이름
macs2 - macs2 - 칩 시퀀싱을 위한 모델 기반 분석
기술
사용법: macs2 [-h] [--버전]
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
...
막스2 -- 칩 시퀀싱을 위한 모델 기반 분석
위치 인수 :
{callpeak,bdgpeakcall,bdgbroadcall,bdgcmp,bdgopt,cmbreps,bdgdiff,filterdup,predictd,pileup,randsample,refinepeak}
콜피크
주요 MACS2 기능: 정렬 결과에서 피크를 호출합니다.
bdgpeakcall
bedGraph 출력에서 피크를 호출합니다. 참고: 동일한 염색체의 모든 영역
bedGraph 파일은 연속적이어야 하므로 MACS2의 bedGraph 파일만
허용.
bdgbroadcall
bedGraph 출력에서 넓은 피크를 호출합니다. 참고: 동일한 염색체의 모든 영역
bedGraph 파일은 연속적이어야 하므로 MACS2의 bedGraph 파일만
허용.
bdgcmp bedGraph의 두 신호 트랙을 비교하여 잡음을 빼십시오. 참고: 모든 지역의
bedGraph 파일의 동일한 염색체는 연속적이어야 하므로 bedGraph 파일만
MACS2에서 허용됩니다.
bdgopt bedGraph 파일의 점수 열에 대한 작업. 참고: 동일한 지역의 모든 지역
bedGraph 파일의 염색체는 연속적이어야 하므로
MACS2는 허용됩니다.
cmbreps
복제 점수의 BEDGraph를 결합합니다. 참고: 동일한 지역의 모든 지역
bedGraph 파일의 염색체는 연속적이어야 하므로
MACS2는 허용됩니다.
bdgdiff
쌍을 이룬 XNUMX개의 침대 그래프 파일을 기반으로 한 차동 피크 감지. 참고: 모든 지역
bedGraph 파일의 동일한 염색체에서 연속적이어야 하므로 bedGraph만
MACS2의 파일은 허용됩니다.
필터업
동일한 위치에서 중복 읽기를 제거한 다음 허용 가능한 형식을 BED로 변환
형식입니다.
예측
정렬 결과에서 d 또는 조각 크기를 예측합니다. *중복은 필터링하지 않습니다*
파일업 지정된 확장 크기(조각 크기 또는 MACS의 d)로 정렬된 읽기 파일업
언어). 중복 읽기 필터링 또는 시퀀싱을 위한 단계가 없음에 유의하십시오.
깊이 스케일링, 그래서 특정 사전/사후 처리를 수행해야 할 수도 있습니다.
무작위 표본
총 읽기의 무작위 샘플 수/백분율.
정제 피크
(실험적) 원시 읽기 정렬을 수행하고 피크 서밋을 수정하고 점수를 부여합니다.
waston/crick 태그의 균형을 측정합니다. SPP에서 영감을 얻었습니다.
선택 인수 :
-h, --도움
이 도움말 메시지를 표시하고 종료
--번역
프로그램의 버전 번호를 표시하고 종료
각 명령의 명령줄 옵션에 다음을 입력하십시오. macs2 COMMAND -h
onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 macs2 사용
