map2slimp - 클라우드에서 온라인

프로그램:

이름

map2slim - 유전자 연관을 '슬림' 온톨로지에 매핑합니다.

개요

CD 이동
map2slim GO_slims/goslim_generic.obo 온톨로지/gene_ontology.obo 유전자 연합/gene_association.fb

기술

GO Slim 파일과 현재 온톨로지(하나 이상의 파일에서)가 주어지면 이 스크립트는 다음을 매핑합니다.
GO의 용어에 대한 유전자 연관 파일(전체 GO에 대한 주석 포함)
날씬한.

스크립트를 사용하여 가장 많이 포함된 새 유전자 연관 파일을 만들 수 있습니다.
적절한 GO 슬림 액세스 또는 카운트 모드에서 고유한 유전자를 제공합니다.
각 슬림 기간에 대한 제품 수

연결 파일 형식은 다음과 같습니다.

<http://www.geneontology.org/GO.annotation.shtml#파일>

인수

-b 버킷 날씬한 파일
이 인수는 추가 버킷 조건 슬림 온톨로지; 아래 문서를 참조하십시오
설명. 버킷 용어를 포함한 새로운 슬림 온톨로지 파일은
버킷 날씬한 파일

-아웃맵 날씬한 매핑 파일
이것은 전체 온톨로지의 모든 용어에 대한 매핑 파일을 생성합니다.
가장 적절한 약어와 조상인 모든 약어. 이것을 사용하면
옵션, 유전자 연관 파일을 제공하지 마십시오

쇼 이름
(-outmap에서만 작동)

슬림 매핑 파일에 용어 이름 표시

-c 이렇게 하면 map2slim이 매핑하지 않고 assoc 파일의 수를 제공하게 됩니다.

-t와 함께 사용될 때 -c 들여쓰기가 반영되도록 출력을 탭합니다.
슬림 파일의 트리 계층

-o 아웃 파일
이렇게 하면 매핑된 연관(또는 개수)이 지정된 파일이 아닌 지정된 파일에 기록됩니다.
화면

다운로드

이 스크립트는 고펄 패키지, CPAN에서 사용 가능

<http://search.cpan.org/~cmungall/go-perl/>

이 스크립트는 go-perl을 설치하지 않으면 작동하지 않습니다.

매핑 연산
GO는 트리가 아니라 DAG입니다. 이것은 종종 GO 용어에서 하나 이상의 경로가 있음을 의미합니다.
루트 Gene_Ontology 노드까지; 경로는 슬림에서 여러 항과 교차할 수 있습니다.
온톨로지 - 하나의 주석이 여러 개의 슬림 용어에 매핑될 수 있음을 의미합니다!

(주의 아래 이미지를 보려면 온라인으로 봐야 합니다.
전에, http://www.geneontology.org 사이트에서 다음 URL을 볼 수 있습니다.
<http://geneontology.cvs.sourceforge.net/*체크아웃*/geneontology/go-dev/go-perl/doc/map2slim.gif>
)

가상의 예 파란색 원은 GO 슬림의 용어를 나타내고 노란색 원은
전체 온톨로지의 용어. 완전한 온톨로지는 슬림을 포함하므로 파란색 용어는 다음과 같습니다.
온톨로지에서도.

GO ID는 SLIM ID에 매핑됩니다. 모든 SLIM 조상
===== =================================
5 2+3 2,3,1
6 3 만 3,1
7 4 만 4,3,1
8 3 만 3,1
9 4 만 4,3,1
10 2+3 2,3,1

두 번째 열은 슬림 다이렉트 매핑에서 가장 적절한 ID를 보여줍니다. 2번째
열은 슬림의 모든 조상을 보여줍니다.

특히 ID 9의 매핑에 유의하십시오. 이 매핑에는 루트에 대한 두 개의 경로가 있습니다.
Slim via 3과 4, 3은 4에 포함되기 때문에 폐기됩니다.

반면에 10은 2와 3 모두에 매핑됩니다. 둘 다 XNUMX와 XNUMX의 첫 번째 Slim ID이기 때문입니다.
루트에 대한 두 개의 유효한 경로이며 어느 쪽도 다른 경로를 포함하지 않습니다.

사용된 알고리즘은 다음과 같습니다.

전체 온톨로지에서 하나의 용어를 매핑하려면: 루트 노드를 통해 모든 유효한 경로를 찾습니다.
완전한 온톨로지

각 경로에 대해 경로에서 발생한 첫 번째 슬림 용어를 사용합니다.

이 집합에서 중복되는 모든 슬림 용어(예: 다른 슬림 용어에 포함된 슬림 용어)를 버립니다.
세트에서

버킷 조건
-b 옵션으로 스크립트를 실행하면 버킷 용어가 추가됩니다. 임의의 항 P에 대해
Slim, P에 자식 C가 하나 이상 있으면 버킷 용어 P'가 P 아래에 생성됩니다.
P의 후손인 전체 온톨로지의 모든 용어를 매핑하기 위한 포괄적인 용어이지만
슬림 온톨로지에서 P의 자식의 후손이 아닙니다.

예를 들어, Slim generic.0208에는 다음과 같은 용어와 구조가 있습니다.

%DNA 결합 ; GO:0003677
%염색질 결합 ; GO:0003682
%전사 인자 활동 ; GO:0003700, GO:0000130

버킷 용어를 추가하면 다음과 같이 표시됩니다.

%DNA 결합 ; GO:0003677
%염색질 결합 ; GO:0003682
%전사 인자 활동 ; GO:0003700 ; 동의어:GO:0000130
@bucket:Z-OTHER-DNA 결합 ; Slim_temp_id:12

단일 결합과 같은 DNA 결합의 다른 자식인 전체 온톨로지의 용어
좌초된 DNA 결합과 그 자손은 버킷 용어에 매핑됩니다.

버킷 용어는 일시적이며 용이하게 하기 위해서만 존재하는 얇은 ID를 가지고 있습니다.
매핑. 외부에서 사용해서는 안됩니다.

버킷 용어에는 Z-OTHER 접두사가 있습니다. Z는 용어가 다음과 같은지 확인하는 해킹입니다.
항상 알파벳 순서의 마지막에 나열됩니다.

버킷 용어가 사용되는 경우 알고리즘이 약간 수정됩니다. 버킷 기간에는
날씬하지 않은 다른 모든 형제 자매들과의 암묵적인 관계.

Do I 필요한 것 버킷 자귀?

오늘날 대부분의 슬림 파일은 완전히 또는 거의 '완벽'합니다. 즉, 간격이 없습니다.
이것은 -b 옵션이 눈에 띄는 다른 결과를 생성하지 않음을 의미합니다. 예를 들어,
주석이 없는 버킷 용어 OTHER-binding이 생성된 것을 볼 수 있습니다.
GO에서 바인딩의 자식은 슬림 파일에 표시됩니다.

버킷 옵션은 이전에 아카이브된 슬림 파일 중 일부에만 실제로 필요하며,
정적이며 상당히 임시적인 방식으로 생성되었습니다. 그들은 '갭'을 축적하는 경향이 있습니다.
시간이 지남에 따라(예: GO는 바인딩의 새 자식을 추가하지만 정적 슬림 파일은
날짜, 따라서 이 새로운 용어에 주석이 달린 모든 유전자 산물은 OTHER-binding에 매핑됩니다.
날씬한)

그래프 불일치
슬림 온톨로지 파일(들)은 현재 파일과 관련하여 오래되었을 수 있습니다.
존재론.

현재 map2slim은 슬림 그래프와 그래프 사이의 그래프 불일치에 플래그를 지정하지 않습니다.
전체 온톨로지 파일; 전체 온톨로지를 실제 그래프로 간주합니다. 그러나, 그
슬림 온톨로지는 다음을 선택하는 경우 결과 형식을 지정하는 데 사용됩니다. -t -c 옵션으로.

출력
일반 모드에서는 표준 형식의 유전자 연관 파일이 작성됩니다. GO ID 열
(5) GO Slim ID가 포함됩니다. 매핑은 테이블의 두 번째 열에 해당합니다.
위에. 출력 파일에는 입력 파일보다 더 많은 행이 포함될 수 있습니다. 이것은
일부 전체 GO ID에는 둘 이상의 관련 슬림 ID가 있기 때문입니다.

COUNT 모드

map2slim은 -c 옵션과 함께 실행할 수 있습니다. 이 옵션은 고유한 유전자 수를 제공합니다.
각 슬림 용어에 매핑된 제품. 열은 다음과 같습니다

GO 기간
첫 번째 열은 GO ID와 용어 이름입니다(용어 이름은 다음과 같이 제공됩니다.
전체 GO 및 슬림 온톨로지 모두에서 발견됩니다. 일반적으로 동일합니다.
그러나 때때로 슬림 파일은 GO 파일의 변경 사항보다 뒤쳐집니다)

이것이 가장 관련성이 높은 슬림 용어인 유전자 산물의 수
이것이 가장 적절한/직접 슬림인 별개의 유전자 산물의 수
ID. 가장 직접적인 것은 연관이 이 용어에 대해 직접적으로 이루어짐을 의미합니다.
또는 이 슬림 기간의 어린이에게 연결이 이루어지고 어린이 슬림이 없습니다.
연관이 매핑되는 용어입니다.

대부분의 슬림의 경우 이 수는 직접 연결 수와 동일합니다.
이 슬림 용어에 매핑됩니다. 그러나 일부 오래된 슬림 파일은
"갭"을 인정하십시오. 예를 들어, 슬림에 "생물학적 과정"의 모든 자식이 있는 경우
"behavior"를 제외하고 "behavior" 또는 그 자식에 대한 모든 주석은
여기에서 계산

아래 예를 참조하십시오

슬림 용어와 관련이 있다고 추론되는 유전자 산물의 수
그리고 이것의 후손에 주석이 달린 별개의 유전자 산물의 수
Slim ID(또는 Slim ID에 직접 주석이 추가됨).

구식 깃발
GO 온톨로지

예를 들면; 다음과 같이 -t 및 -c를 사용하는 경우:

map2slim -t -c GO_slims/goslim_generic.obo 온톨로지/gene_ontology.obo 유전자 협회/gene_association.fb

그러면 결과의 일부가 다음과 같이 보일 수 있습니다.

GO:0008150 생물학적 프로세스(생물학적 프로세스) 34 10025 생물학적 프로세스
GO:0007610 행동(행동) 632 632 생물학적 과정
GO:0000004 생물학적 과정 불명 (생물학적 과정 불명) 832 832 생물학적 과정
GO:0007154 cell communication (cell communication) 333 1701 bio-process
GO:0008037 세포 인식(세포 인식) 19 19 bio_process
19개의 상품이 GO:0008037 또는 그 자식 중 하나에 매핑되었습니다. (GO:0008037은 슬림의 리프 노드이므로 두 카운트가 동일합니다).

반면에 GO:0008150은 이것이 가장 관련성이 높은 34개의 제품만 가져옵니다.
기간. 이는 대부분의 주석이 슬림에서 GO:0008150의 일부 자식에 매핑되기 때문입니다.
예: GO:0007610(동작). 이 34개의 유전자 산물은
GO:0008150, 또는 날씬하지 않은 이 학기의 어떤 아이에게. 이것은 가리킬 수 있습니다
슬림의 '틈'. -b 옵션과 함께 map2slim을 실행하면 이러한 간격이 '연결'됩니다.
인공 필러 용어.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인으로 map2slimp 사용