maqview - 클라우드의 온라인

프로그램:

이름

Maqview - Maq 정렬 인덱서 및 뷰어

개요

맥 인덱스 -i|-v|-b [-c in.cns] 지도에서 [chr[:스타트[-end]] [...]]

맥뷰 [-c in.cns] 지도에서

기술

막뷰 정렬 파일에 대한 빠른 임의 액세스를 달성하는 프로그램 세트입니다.
`에 의해 생성맥 map'을 표시하고 멋진 GUI(그래픽 사용자
상호 작용). 속도, 메모리 및 디스크 사용 면에서 매우 효율적입니다. 막뷰 ~에 근거하다
OpenGL은 Mac OS X과 Linux 모두에서 작동하는 것으로 알려져 있습니다. Windows로의 이식은 원칙적으로
쉽게.

맥 인덱스
맥 인덱스 -i|-v|-b [-c in.cns] 지도에서 [chr[:스타트[-end]] [...]]

-i 정렬 파일 인덱싱

-v `maq mapview' 형식으로 지정된 영역의 정렬을 인쇄합니다.

-b 바이너리 .map 형식으로 지정된 영역의 정렬을 덤프합니다.

-c FILE maqview에서 동시에 볼 수 있도록 Maq 합의 파일을 인덱싱합니다.

프로그램 맥 인덱스 maq 정렬 파일을 인덱싱합니다. 지도에서 또는 모든 읽기를 빠르게 검색합니다.
하나 또는 여러 지역. 중 하나 -i, -v 과 -b 사용되어야 합니다. 을위한 -v or -b, 적어도 하나
`chrX', `chrX:1000' 또는 `chrX:1,000-2,000'과 같은 영역을 지정해야 합니다. 여러 지역
허용됩니다.

맥뷰
맥뷰 [-c in.cns] 지도에서

-c FILE Maq 합의 파일

프로그램 맥뷰 그래픽 창에 읽기 정렬을 표시합니다. 언제 in.cns is
지정된 경우 최상위 시퀀스가 ​​참조이고 그 뒤에 Maq 컨센서스 시퀀스가 ​​옵니다.
그렇지 않으면 다수결 합의가 계산됩니다.

Maqview에는 시퀀스 보기와 상자 보기의 두 가지 보기가 있습니다. 시퀀스 보기에서 시퀀스 읽기
화면에 인쇄됩니다. 어두운 베이스는 낮은 베이스 품질을 나타내고 빨간색 베이스 품질을 나타냅니다.
다음과 같은 경우 참조와 비교하여 차이점을 보여줍니다. in.cns 지정되거나
그렇지 않은 경우 다수결 합의. 상자 보기에서 다른 유형의 뉴클레오티드는
A는 녹색, C는 청록색, G는 주황색, T는 빨간색, 어두운 색상 상자로 표시
N은 회색입니다. 색상의 채도는 기본 품질과 굵기 선을 나타냅니다.
읽기 수는 읽기 정렬의 매핑 품질을 보여줍니다. 확대/축소만 지원됩니다.
상자 보기에서. 두 보기 모두에서 창 하단의 상태 표시줄에
키 터치에 대한 정보를 읽고 마우스가 가리키는 이름과 기본 품질을 읽습니다.

정렬 탐색은 다양한 키 바인딩으로 수행됩니다.

· 키 바인딩:

? 도움말 표시
출구
시퀀스 보기
상자 보기
p 이전 참조 시퀀스로 전환
n 다음 참조 시퀀스로 전환
r 새로 고침

가 가리키는 위치로 이동
시간 / XNUMX 베이스 왼쪽으로 이동
내가 / 한 기지 오른쪽으로 이동
케이 / 한 줄 위로 이동
제이 / 한 줄 아래로 이동
> 다음 읽기로 이동
< 이전 읽기로 이동
NS / 현재 참조의 시작 부분으로 이동
NS / 현재 참조의 끝으로 이동
유 / 한 페이지 왼쪽으로 이동
/ 한 페이지 오른쪽으로 이동
100 기지로 이동
1000 기지로 이동

+ 새 보기 추가
- 현재 보기 제거

오른쪽 자동 스크롤 켜기/끄기 전환
^b 왼쪽 자동 스크롤 켜기/끄기 전환
+ 확대
- 축소
0 기본 배율로 확대
q 매핑 품질 표시/숨기기 전환
e 토글 디스플레이 SE/PE 매핑 품질
o 새 정렬 파일 열기

· 정수를 입력한 다음 필요한 위치로 이동합니다.

· 정수를 입력하고 다음 이외의 키를 누릅니다. 스크롤 속도를 높이려면
지정된 요인.

· 왼쪽 버튼을 클릭하고 사각형의 노란색 십자가를 드래그하여 시퀀스를 따라 이동합니다. 오른쪽
참조를 클릭하여 열을 강조 표시합니다.

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