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미니맵 - 클라우드의 온라인

Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터를 통해 OnWorks 무료 호스팅 제공업체에서 미니맵 실행

이것은 Ubuntu Online, Fedora Online, Windows 온라인 에뮬레이터 또는 MAC OS 온라인 에뮬레이터와 같은 여러 무료 온라인 워크스테이션 중 하나를 사용하여 OnWorks 무료 호스팅 공급자에서 실행할 수 있는 명령 미니맵입니다.

프로그램:

이름


미니맵 - 긴 DNA 서열 사이의 빠른 매핑

개요


미니맵 [-lSOV] [-k kmer] [-w 윈사이즈] [-I 배치 크기] [-d 덤프파일] [-f OccThres] [-r
대역폭] [-m 최소 공유] [-c 최소 개수] [-L 최소 일치] [-g 최대 간격] [-T 먼지Thres] [-t
nThread] [-x 사전] target.fa query.fa > 출력.paf

기술


미니맵은 두 개 사이의 여러 대략적인 매핑 위치를 효율적으로 찾는 도구입니다.
읽기와 참조 게놈 사이, 게놈과
긴 시끄러운 읽기 사이. Minimap에는 인덱싱 및 매핑 단계가 있습니다. 인덱싱에서
단계에서는 해시 테이블에서 대상 시퀀스의 대규모 배치에 대한 모든 최소화기를 수집합니다. ~에
매핑 단계에서는 동일선상 최소화 적중의 양호한 클러스터를 식별합니다. 미니맵은
대상과 쿼리 시퀀스 간에 자세한 정렬을 생성하지 않습니다. 그것만
이러한 클러스터의 대략적인 시작 및 끝 좌표를 출력합니다.

옵션


색인 옵션
-k INT k-mer 길이 최소화 [15]

-w INT 최소화 창 크기[k-mer 길이의 2/3]. 최소화기는 가장 작은 k-mer입니다.
w 연속 k-mer의 창에서.

-I NUM 최대 로드 NUM 인덱싱 [4G]을 위해 대상 기지를 RAM으로 지정합니다. 이상이 있는 경우
NUM 기지 target.fa, 미니맵을 읽어야 합니다. query.fa 그것을 매핑하기 위해 여러 번
대상 시퀀스의 각 배치에 대해. NUM k/K/m/M/g/G로 끝날 수 있습니다.

-d FILE 최소화 인덱스를 다음으로 덤프 FILE [덤프 없음]

-l 그것을 표시 target.fa 실제로 옵션에 의해 생성된 최소화 지수 -d가 아닌
FASTA 또는 FASTQ 파일.

매핑 옵션
-f 흙손 상단 무시 흙손 가장 많이 발생하는 최소화 프로그램의 비율 [0.001]

-r INT 초기 최소화 적중 클러스터링 [500]에 대한 대략적인 대역폭. ㅏ 최소화기
대상 및 쿼리 시퀀스 모두에 존재하는 최소화기입니다. ㅏ 최소화기
클러스터 대상 사이의 잠재적으로 동일선상에 있는 최소화 적중 그룹입니다.
및 쿼리 시퀀스.

-m 흙손 다음과 같은 경우 초기 최소화 히트 클러스터를 병합합니다. 흙손 또는 더 높은 비율의 최소화기
클러스터 간에 공유됨[0.5]

-c INT 다음을 포함하는 경우 최소화 히트 클러스터를 유지합니다. INT 최소 조회수 이상 [4]

-L INT 공선형화 후 일치 횟수가 다음과 같은 경우 최소화 히트 클러스터를 폐기
기지는 아래에 있습니다 INT [40]. 이 옵션은 주로 출력 크기를 줄입니다. 그것은 가지고있다
속도와 피크 메모리에 거의 영향을 미치지 않습니다.

-g INT 간격에서 최소화 히트 클러스터 분할 INT-bp 이상을 포함하지 않는 것
모든 최소기 적중 [10000]

-T INT SDUST 점수 임계값으로 쿼리 시퀀스의 마스크 영역 INT; 비활성화하려면 0
[0]. SDUST는 복잡성이 낮은 하위 시퀀스를 식별하는 알고리즘입니다. 그렇지 않다
기본적으로 활성화됩니다. SDUST가 선호되는 경우 20에서 25 사이의 값은
추천합니다. 임계값이 높을수록 시퀀스를 덜 마스킹합니다.

-S all-vs-all 매핑을 수행합니다. 이 모드에서 쿼리 시퀀스 이름이
대상 시퀀스 이름보다 사전식으로 더 크면 둘 사이의 적중
억제됩니다. 쿼리 시퀀스 이름이 대상 이름과 동일한 경우
대각선 최소화 히트도 억제됩니다.

-O 다른 히트와 멀리 떨어져 있는 경우 미니마이저 히트를 떨어뜨립니다(실험적). 이것
옵션은 분기된 두 종의 긴 염색체를 매핑하는 데 유용합니다.

-x STR 다음을 기준으로 여러 설정 변경 STR [설정되지 않음]. 적용하는 것이 좋습니다
다음 옵션이 재정의할 수 있도록 다른 옵션보다 먼저 이 옵션
이 옵션으로 수정된 여러 설정.

아바10k PacBio 또는 Oxford Nanopore all-vs-all 읽기 매핑(-Sw5 -L100 -m0)의 경우.

입출력 옵션
-t INT 스레드 수 [3]. Minimap은 수집 시 최대 XNUMX개의 스레드를 사용합니다.
대상 시퀀스에 대한 최소화, 최대 사용 INT매핑 시 +1 스레드(
추가 스레드는 자주 유휴 상태이고 CPU 시간이 거의 걸리지 않는 I/O용입니다.

-V 버전 번호를 stdout으로 인쇄

출력 FORMAT


Minimap은 PAF(Pairwise mApping Format)로 매핑 위치를 출력합니다. PAF는 TAB-
에 설명된 대로 최소 12개의 필드로 구성된 각 행이 있는 구분된 텍스트 형식
다음 표 :

┌────┬──────────────────────────────────────────────── ───────────────────────────┐
타입상품 설명
├────┼──────────────────────────────────────────────── ───────────────────────────┤
│ 1 │ 문자열 │ 쿼리 시퀀스 이름 │
│ 2 │ int │ 쿼리 시퀀스 길이 │
│ 3 │ int │ 쿼리 시작 좌표(0부터 시작) │
│ 4 │ int │ 쿼리 종료 좌표(0부터 시작) │
│ 5 │ char │ 쿼리와 대상이 같은 가닥이면 `+'; `-' 반대일 경우 │
│ 6 │ 문자열 │ 대상 시퀀스 이름 │
│ 7 │ int │ 대상 시퀀스 길이 │
│ 8 │ int │ 원래 가닥의 대상 시작 좌표 │
│ 9 │ int │ 원래 가닥의 대상 끝 좌표 │
│ 10 │ int │ 매핑에서 일치하는 염기의 수 │
│ 11 │ int │ 매핑에서 간격을 포함한 숫자 기반 │
│ 12 │ int │ 매핑 품질(0-255, 누락된 경우 255) │
└────┴──────────────────────────────────────────────── ───────────────────────────┘

정렬을 사용할 수 있는 경우 열 11은 시퀀스 일치의 총 수를 제공합니다.
정렬의 불일치 및 간격; 열 10을 열 11로 나눈 값은 정렬을 제공합니다.
신원. 미니맵은 자세한 정렬을 생성하지 않으므로 이 두 열은
근사치를 내다. PAF는 선택적으로 SAM과 유사한 유형의 키-값에 추가 필드를 가질 수 있습니다.
체재. Minimap은 클러스터의 최소화 히트 수를 cm 태그에 기록합니다.

onworks.net 서비스를 사용하여 온라인에서 미니맵 사용


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